0585897 - ÚOCHB 2025 RIV AT eng C - Konferenční příspěvek (zahraniční konf.)
Bushuiev, A. - Bushuiev, Roman - Kouba, P. - Filkin, A. - Gabrielová, M. - Gabriel, M. - Sedlář, J. - Pluskal, Tomáš - Damborský, J. - Mazurenko, S. - Šivic, J.
Learning to design protein-protein interactions with enhanced generalization.
ICLR 2024. The Twelfth International Conference on Learning Representations. Vienna: ICLR, 2024.
[ICLR 2024. International Conference on Learning Representations /12./. Vienna (AT), 07.05.2024-11.05.2024]
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2023055; GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254; RECETOX RI II - 90269
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: protein-protein interactions * protein design * generalization * self-supervised learning * equivariant 3D representations
Obor OECD: Other biological topics
https://openreview.net/forum?id=xcMmebCT7s
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0353542
Uložit do RIV jako O

0605077 - ÚOCHB 2025 RIV US eng C - Konferenční příspěvek (zahraniční konf.)
Bushuiev, Roman - Bushuiev, A. - de Jonge, N. F. - Young, A. - Kretschmer, F. - Samusevich, Raman - Heirman, J. - Wang, F. - Zhang, L. - Dührkop, K. - Ludwig, M. - Haupt, N. A. - Kalia, A. - Brungs, Corinna - Schmid, Robin - Greiner, R. - Wang, B. - Wishart, D. S. - Liu, L. P. - Rousu, J. - Bittremieux, W. - Rost, H. - Mak, T. D. - Hassoun, S. - Huber, F. - van der Hooft, J. J. J. - Stravs, M. A. - Böcker, S. - Šivic, J. - Pluskal, Tomáš
MassSpecGym: A benchmark for the discovery and identification of molecules.
NeurIPS 2024. 38th Conference on Neural Information Processing Systems. San Diego: NeurIPS, 2024.
[NeurIPS 2024. Conference on Neural Information Processing Systems /38./. Vancouver (CA), 10.12.2024-15.12.2024]
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: molecule discovery * mass spectrometry * small molecules * metabolomics * generative modeling * benchmark * dataset
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
https://doi.org/10.48550/arXiv.2410.23326
Šivic, J.
- Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0362656
Uložit do RIV jako O

0586544 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Heuckeroth, S. - Damiani, Tito - Smirnov, A. - Mokshyna, Olena - Brungs, Corinna - Korf, Ansgar - Smith, Joshua David - Stincone, P. - Dreolin, N. - Nothias, L.-F. - Hyötyläinen, T. - Orešič, M. - Karst, U. - Dorrestein, P. C. - Petras, D. - Du, X. - van der Hooft, J. J. J. - Schmid, Robin - Pluskal, Tomáš
Reproducible mass spectrometry data processing and compound annotation in MZmine 3.
Nature Protocols. Roč. 19, č. 9 (2024), s. 2597-2641. ISSN 1754-2189. E-ISSN 1750-2799
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M; GA MŠMT(CZ) EH22_010/0002733
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: metabolomics data * spectra * repository
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 16, rok: 2024 ; AIS: 7.426, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1038/s41596-024-00996-y
Schmid, Robin
- Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0354007