Nápověda

Pluskal Tomáš

Publikace ASEP

Označit vše / Zobrazit všechny roky / Zrušit označení

Označit vše / Zobrazit vše / Zrušit označení

Nalezeno záznamů: 23

0639422 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Brungs, Corinna - Schmid, Robin - Heuckeroth, S. - Mazumdar, Aninda - Drexler, Matúš - Šácha, Pavel - Dorrestein, P. C. - Petras, D. - Nothias, L.-F. - Veverka, Václav - Nencka, Radim - Kameník, Zdeněk - Pluskal, Tomáš
MSnLib: efficient generation of open multi-stage fragmentation mass spectral libraries.
Nature Methods. Roč. 22, č. 10 (2025), s. 2028-2031. ISSN 1548-7091. E-ISSN 1548-7105
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5103; GA MŠMT(CZ) EH22_008/0004597; GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Výzkumná infrastruktura: CIISB III - 90242
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61388971
Klíčová slova: trees * spectrometry
Obor OECD: Biochemical research methods; Analytical chemistry (MBU-M)
Impakt faktor: 32.1, rok: 2024 ; AIS: 26.419, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41592-025-02813-0
Schmid, Robin
- Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0369868

0585897 - ÚOCHB 2025 RIV AT eng C - Konferenční příspěvek (zahraniční konf.)
Bushuiev, A. - Bushuiev, Roman - Kouba, P. - Filkin, A. - Gabrielová, M. - Gabriel, M. - Sedlář, J. - Pluskal, Tomáš - Damborský, J. - Mazurenko, S. - Šivic, J.
Learning to design protein-protein interactions with enhanced generalization.
ICLR 2024. The Twelfth International Conference on Learning Representations. Vienna: ICLR, 2024.
[ICLR 2024. International Conference on Learning Representations /12./. Vienna (AT), 07.05.2024-11.05.2024]
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2023055; GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254; RECETOX RI II - 90269
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: protein-protein interactions * protein design * generalization * self-supervised learning * equivariant 3D representations
Obor OECD: Other biological topics
https://openreview.net/forum?id=xcMmebCT7s
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0353542

0585960 - ÚOCHB 2025 RIV AT eng C - Konferenční příspěvek (zahraniční konf.)
Bushuiev, A. - Bushuiev, Roman - Sedlář, J. - Pluskal, Tomáš - Damborský, J. - Mazurenko, S. - Šivic, J.
Revealing data leakage in protein interaction benchmarks.
GEM-2024. ICLR 2024 Workshop on Generative and Experimental Perspectives for Biomolecular Design. Vienna: ICLR, 2024.
[ICLR 2024. International Conference on Learning Representations /12./. Vienna (AT), 07.05.2024-11.05.2024]
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2023055; GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254; RECETOX RI II - 90269
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: protein-protein interactions * data leakage * benchmarks * data splits
Obor OECD: Other biological topics
https://openreview.net/forum?id=ORMXYUK5IY
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0353594

0605077 - ÚOCHB 2025 RIV US eng C - Konferenční příspěvek (zahraniční konf.)
Bushuiev, Roman - Bushuiev, A. - de Jonge, N. F. - Young, A. - Kretschmer, F. - Samusevich, Raman - Heirman, J. - Wang, F. - Zhang, L. - Dührkop, K. - Ludwig, M. - Haupt, N. A. - Kalia, A. - Brungs, Corinna - Schmid, Robin - Greiner, R. - Wang, B. - Wishart, D. S. - Liu, L. P. - Rousu, J. - Bittremieux, W. - Rost, H. - Mak, T. D. - Hassoun, S. - Huber, F. - van der Hooft, J. J. J. - Stravs, M. A. - Böcker, S. - Šivic, J. - Pluskal, Tomáš
MassSpecGym: A benchmark for the discovery and identification of molecules.
NeurIPS 2024. 38th Conference on Neural Information Processing Systems. San Diego: NeurIPS, 2024.
[NeurIPS 2024. Conference on Neural Information Processing Systems /38./. Vancouver (CA), 10.12.2024-15.12.2024]
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: molecule discovery * mass spectrometry * small molecules * metabolomics * generative modeling * benchmark * dataset
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
https://doi.org/10.48550/arXiv.2410.23326
Šivic, J.
- Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0362656

0619770 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Damiani, Tito - Jarmusch, A. K. - Aron, A. T. - Petras, D. - Phelan, V. V. - Zhao, H. N. - Bittremieux, W. - Acharya, D. D. - Ahmed, M. M. A. - Bauermeister, A. - Bertin, M. J. - Boudreau, P. D. - Borges, R. M. - Bowen, B. P. - Brown, C. J. - Chagas, F. O. - Clevenger, K. D. - Correia, M. S. P. - Crandall , W. J. - Crüsemann, M. - Fahy, E. - Fiehn, O. - Garg, N. - Gerwick, W. H. - Gilbert, J. R. - Schmid, Robin - Pluskal, Tomáš … celkem 74 autorů
A universal language for finding mass spectrometry data patterns.
Nature Methods. Roč. 22, č. 6 (2025), s. 1247-1254. ISSN 1548-7091. E-ISSN 1548-7105
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EH22_010/0002733; GA ČR(CZ) GM21-11563M
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: iron-binding * flame retardants * discovery
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 32.1, rok: 2024 ; AIS: 26.419, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41592-025-02660-z
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0366409

0618185 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Damiani, Tito - Smith, Joshua - Hebra, Téo - Perković, Milana - Čičak, Marijo - Kadlecová, Alžběta - Rybka, V. - Dračínský, Martin - Pluskal, Tomáš
Computational metabolomics reveals overlooked chemodiversity of alkaloid scaffolds in Piper fimbriulatum.
Plant Journal. Roč. 121, č. 5 (2025), č. článku e70086. ISSN 0960-7412. E-ISSN 1365-313X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M; GA MŠMT(CZ) EH22_010/0002733
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: Piper fimbriulatum * Piperaceae * alkaloids * mass spectrometry * computational metabolomics * Wikidata * angiosperms * technical advance
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.7, rok: 2024 ; AIS: 1.647, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1111/tpj.70086
Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0365077

0567693 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Damiani, Tito - Bonciarelli, S. - Thallinger, G. G. - Koehler, N. - Krettler, C. A. - Salihoğlu, A. K. - Korf, A. - Pauling, J. K. - Pluskal, Tomáš - Ni, Z. - Goracci, L.
Software and Computational Tools for LC-MS-Based Epilipidomics: Challenges and Solutions.
Analytical Chemistry. Roč. 95, č. 1 (2023), s. 287-303. ISSN 0003-2700. E-ISSN 1520-6882
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: mass spectrometry data * targeted lipidomics * metabolomics data
Obor OECD: Analytical chemistry
Impakt faktor: 6.8, rok: 2023 ; AIS: 1.224, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.analchem.2c04406
Thallinger, G. G.
- Ni, Z.
- Goracci, L.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0338926

0618108 - ÚOCHB 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
El Abiead, Y. - Rutz, A. - Zuffa, S. - Amer, B. - Xing, S. - Brungs, Corinna - Schmid, Robin - Correia, M. S. P. - Caraballo-Rodríguez, A. M. - Zarrinpar, A. - Mannochio-Russo, H. - Witting, M. - Mohanty, I. - Pluskal, Tomáš - Bittremieux, W. - Knight, R. - Patterson, A. D. - van der Hooft, J. J. J. - Böcker, S. - Dunn, W. B. - Linington, R. G. - Wishart, D. S. - Wolfender, J.-L. - Fiehn, O. - Zamboni, N. - Dorrestein, P. C.
Discovery of metabolites prevails amid in-source fragmentation.
Nature Metabolism. Roč. 7, č. 3 (2025), s. 435-437. E-ISSN 2522-5812
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: mass
Impakt faktor: 20.8, rok: 2024 ; AIS: 8.859, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1038/s42255-025-01239-4
Dorrestein, P. C.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0364961

0644670 - ÚOCHB 2027 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Engst, Martin - Brokeš, Martin - Čalounová, Tereza - Samusevich, Raman - Bushuiev, Roman - Bushuiev, A. - Chatpatanasiri, R. - Tajovská, Adéla - Akmeşe, Safa Mert - Perković, Milana - Soldát, Matouš - Šivic, J. - Pluskal, Tomáš
MARTS-DB: a database of mechanisms and reactions of terpene synthases.
BMC Bioinformatics. Roč. 27, č. 1 (2026), č. článku 10. ISSN 1471-2105. E-ISSN 1471-2105
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 101170268 - TerpenCode; European Commission(XE) 101168583 - ModBioTerp
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: database * terpenoid * terpene synthase * carbocation rearrangement * reaction mechanism * terpene
Impakt faktor: 3.3, rok: 2024 ; AIS: 1.203, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s12859-025-06341-8
Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374533

0571021 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Fallon, T. R. - Čalounová, Tereza - Mokrejš, Martin - Weng, J. K. - Pluskal, Tomáš
transXpress: a Snakemake pipeline for streamlined de novo transcriptome assembly and annotation.
BMC Bioinformatics. Roč. 24, č. 1 (2023), č. článku 133. ISSN 1471-2105. E-ISSN 1471-2105
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: de novo transcriptome assembly * RNA-seq * non-model organisms * transcriptome annotation * differential expression analysis * reproducible software * high-performance computing
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 2.9, rok: 2023 ; AIS: 1.324, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s12859-023-05254-8
Weng, J. K.
- Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0342339

0582920 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Hebra, Téo - Smrčková, Helena - Elkatmis, B. - Převorovský, M. - Pluskal, Tomáš
POMBOX: A Fission Yeast Cloning Toolkit for Molecular and Synthetic Biology.
ACS Synthetic Biology. Roč. 13, č. 2 (2024), s. 558-567. ISSN 2161-5063
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: Schizosaccharomyces pombe * Golden Gate * MoClo * toolkit * plasmid * genomic integration
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.9, rok: 2024 ; AIS: 1.235, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acssynbio.3c00529
Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0350961

0586544 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Heuckeroth, S. - Damiani, Tito - Smirnov, A. - Mokshyna, Olena - Brungs, Corinna - Korf, Ansgar - Smith, Joshua David - Stincone, P. - Dreolin, N. - Nothias, L.-F. - Hyötyläinen, T. - Orešič, M. - Karst, U. - Dorrestein, P. C. - Petras, D. - Du, X. - van der Hooft, J. J. J. - Schmid, Robin - Pluskal, Tomáš
Reproducible mass spectrometry data processing and compound annotation in MZmine 3.
Nature Protocols. Roč. 19, č. 9 (2024), s. 2597-2641. ISSN 1754-2189. E-ISSN 1750-2799
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M; GA MŠMT(CZ) EH22_010/0002733
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: metabolomics data * spectra * repository
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 16, rok: 2024 ; AIS: 7.426, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1038/s41596-024-00996-y
Schmid, Robin
- Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0354007

0576534 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kouba, P. - Kohout, P. - Haddadi, F. - Bushuiev, A. - Samusevich, Raman - Sedlář, J. - Damborský, J. - Pluskal, Tomáš - Šivic, J. - Mazurenko, S.
Machine Learning-Guided Protein Engineering.
ACS Catalysis. Roč. 13, č. 21 (2023), s. 13863-13895. ISSN 2155-5435. E-ISSN 2155-5435
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M; GA MŠMT(CZ) LM2023055; GA MŠMT LX22NPO5102
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Výzkumná infrastruktura: RECETOX RI II - 90269
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: activity * artificial intelligence * biocatalysis * deep learning * protein design
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 11.7, rok: 2023 ; AIS: 2.948, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acscatal.3c02743
Pluskal, Tomáš
- Šivic, J.
- Mazurenko, S.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0346095

0643722 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kurfürst, Jaroslav - Volek, Martin - Samusevich, Raman - Pluskal, Tomáš - Curtis, Edward A.
Using structured libraries, selection, and machine learning to rapidly explore the sequence space of a fluorescent deoxyribozyme.
Nucleic Acids Research. Roč. 53, č. 22 (2025), č. článku gkaf1348. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA24-11210S; GA MŠMT(CZ) EH22_008/0004575
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: in vitro selection * fitness landscape * RNA * aptamers
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 13.1, rok: 2024 ; AIS: 5.99, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/nar/gkaf1348
Curtis, Edward A.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0373591

0586053 - ÚOCHB 2025 RIV US eng M - Část monografie knihy
Mutabdžija, Lana - Myoli, A. - de Jonge, N. F. - Damiani, Tito - Schmid, Robin - van der Hooft, J. J. J. - Tugizimana, F. - Pluskal, Tomáš
Studying Plant Specialized Metabolites Using Computational Metabolomics Strategies.
Plant Functional Genomics: Methods and Protocols. Vol. 2. New York: Humana Press, 2024 - (Maghuly, F.), s. 97-136. Methods in Molecular Biology, 2788. ISBN 978-1-0716-3781-4
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: plant metabolomics * specialized metabolites * MZmine * molecular networking * GNPS * SIRIUS * MS2LDA * MS2Query
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
https://doi.org/10.1007/978-1-0716-3782-1_7
Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0353657

0566870 - ÚOCHB 2024 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Ni, Z. - Wölk, M. - Jukes, G. - Mendivelso Espinosa, K. - Ahrends, R. - Aimo, L. - Álvarez-Jarreta, J. - Andrews, S. - Andrews, R. - Bridge, A. - Clair, G. C. - Conroy, M. J. - Fahy, E. - Gaud, C. - Goracci, L. - Hartler, J. - Hoffmann, N. - Kopczyinki, D. - Korf, A. - Lopez-Clavijo, A. F. - Malik, A. - Ackerman, J. M. - Molenaar, M. R. - O’Donovan, C. - Pluskal, Tomáš - Shevchenko, A. - Slenter, D. - Siuzdak, G. - Kutmon, M. - Tsugawa, H. - Willighagen, E. L. - Xia, J. - O’Donnell, V. B. - Fedorova, M.
Guiding the choice of informatics software and tools for lipidomics research applications.
Nature Methods. Roč. 20, č. 2 (2023), s. 193-204. ISSN 1548-7091. E-ISSN 1548-7105
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: LC-MS * identification * knowledgebase
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 36.1, rok: 2023 ; AIS: 24.681, rok: 2023
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1038/s41592-022-01710-0
O’Donnell, V. B.
- Fedorova, M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0338141

0598521 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Pakkir Shah, A. K. - Walter, A. - Ottosson, F. - Russo, F. - Navarro-Diaz, M. - Boldt, J. - Kalinski, J. C. J. - Kontou, E. E. - Elofson, J. - Polyzois, A. - González-Marín, C. - Farrell, S. - Aggerbeck, M. R. - Pruksatrakul, T. - Chan, N. - Wang, Y. - Pöchhacker, M. - Brungs, Corinna - Cámara, B. - Caraballo-Rodríguez, A. M. - Cumsille, A. - de Oliveira, F. - Dührkop, K. - El Abiead, Y. - Geibel, C. - Graves, L. G. - Hansen, M. - Heuckeroth, S. - Knoblauch, S. - Kostenko, A. - Kuijpers, M. C. M. - Mildau, K. - Papadopoulos Lambidis, S. - Portal Gomes, P. W. - Schramm, T. - Steuer-Lodd, K. - Stincone, P. - Tayyab, S. - Vitale, G. A. - Wagner, B. C. - Xing, S. - Yazzie, M. T. - Zuffa, S. - de Kruijff, M. - Beemelmanns, C. - Link, H. - Mayer, C. - van der Hooft, J. J. J. - Damiani, Tito - Pluskal, Tomáš - Dorrestein, P. - Stanstrup, J. - Schmid, Robin - Wang, M. - Aron, A. - Ernst, M. - Petras, D.
Statistical analysis of feature-based molecular networking results from non-targeted metabolomics data.
Nature Protocols. Roč. 20, č. 1 (2025), s. 92-162. ISSN 1754-2189. E-ISSN 1750-2799
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EH22_010/0002733; GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: mass spectrometry data * chromatography/mass spectrometry * untargeted metabolomics
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 16, rok: 2024 ; AIS: 7.426, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1038/s41596-024-01046-3
Ernst, M.
- Petras, D.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0356179

0619105 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Rudt, E. - Froning, M. - Heuckeroth, S. - Ortmann, L. - Diemand, J. - Hörnschemeyer, L. - Pleger, A. - Vinzelberg, M. - Schmid, Robin - Pluskal, Tomáš - Dobrindt, U. - Hayen, H. - Korf, Ansgar
Rapid MALDI-MS/MS-Based Profiling of Lipid A Species from Gram-Negative Bacteria Utilizing Trapped Ion Mobility Spectrometry and mzmine.
Analytical Chemistry. Roč. 97, č. 14 (2025), s. 7781-7788. ISSN 0003-2700. E-ISSN 1520-6882
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: tandem mass spectrometry * Escherichia coli * chromatography
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 6.7, rok: 2024 ; AIS: 1.132, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.analchem.4c05989
Korf, Ansgar
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0365869

0574795 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Schmid, Robin - Heuckeroth, S. - Korf, A. - Smirnov, A. - Myers, O. - Dyrlund, T. S. - Bushuiev, Roman - Murray, K. J. - Hoffmann, N. - Lu, M. - Sarvepalli, A. - Zhang, Z. - Fleischauer, M. - Dührkop, K. - Wesner, M. - Hoogstra, S. J. - Rudt, E. - Mokshyna, Olena - Brungs, Corinna - Ponomarov, Kirill - Mutabdžija, Lana - Damiani, Tito - Pudney, C. J. - Earll, M. - Helmer, P. O. - Fallon, T. R. - Schulze, T. - Rivas-Ubach, A. - Bilbao, A. - Richter, H. - Nothias, L. F. - Wang, M. - Orešič, M. - Weng, J. K. - Böcker, S. - Jeibmann, A. - Hayen, H. - Karst, U. - Dorrestein, P. C. - Petras, D. - Du, X. - Pluskal, Tomáš
Integrative analysis of multimodal mass spectrometry data in MZmine 3.
Nature Biotechnology. Roč. 41, č. 4 (2023), s. 447-449. ISSN 1087-0156. E-ISSN 1546-1696
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: mass spectrometry * data processing * ion mobility * MALDI
Obor OECD: Analytical chemistry
Impakt faktor: 33.1, rok: 2023 ; AIS: 27.963, rok: 2023
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1038/s41587-023-01690-2
Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0344852

0635650 - ÚOCHB 2026 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Smith, Joshua David - Tvrdoňová Stillerová, Vendula - Dračínský, Martin - Popr, Martin - Angermeier Gaustad, H. L. - Lorenzi, Quentin - Smrčková, Helena - Reinhardt, J. K. - Liénard, M. A. - Bednárová, Lucie - Šácha, Pavel - Pluskal, Tomáš
Discovery and isolation of novel capsaicinoids and their TRPV1-related activity.
European Journal of Pharmacology. Roč. 999, July (2025), č. článku 177700. ISSN 0014-2999. E-ISSN 1879-0712
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Výzkumná infrastruktura: CZ-OPENSCREEN IV - 90252
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:68378050
Klíčová slova: natural products * vanilloids * capsaicin * MS/MS spectrometry * calcium imaging * TRPV1 * metabolomics
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.7, rok: 2024 ; AIS: 0.879, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.ejphar.2025.177700
Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0366686

0637566 - ÚOCHB 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Strobel, M. - Gil-de-la-Fuente, A. - Zare Shahneh, M. R. - El Abiead, Y. - Bushuiev, Roman - Bushuiev, A. - Pluskal, Tomáš - Wang, M.
An evaluation methodology for machine learning-based tandem mass spectra similarity prediction.
BMC Bioinformatics. Roč. 26, č. 1 (2025), č. článku 174. ISSN 1471-2105. E-ISSN 1471-2105
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: mass spectrometry * metabolomics * spectral similarity measure * machine learning * benchmark
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 3.3, rok: 2024 ; AIS: 1.203, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s12859-025-06194-1
Wang, M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368403

0635644 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Tekel, Andrej - Orságh, Martin - Dračínský, Martin - Pluskal, Tomáš
Bacterial Fluorinase FIA1 and Evolutionarily Related, Lysine-free StDUF62 Show Distinct Diastereoselectivity and Salt Sensitivity.
ACS Omega. Roč. 10, č. 20 (2025), s. 20509-20514. ISSN 2470-1343. E-ISSN 2470-1343
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: adenosyl-l-methionine * S-adenosylmethionine * protein
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.3, rok: 2024 ; AIS: 0.673, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acsomega.5c00855
Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0366676

0643529 - ÚOCHB 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Zhao, H. N. - Kvitne, K. E. - Brungs, Corinna - Mohan, S. - Charron-Lamoureux, V. - Bittremieux, W. - Tang, R. - Schmid, Robin - Lamichhane, S. - Xing, S. - El Abiead, Y. - Andalibi, M. S. - Mannochio-Russo, H. - Ambre, M. - Avalon, N. E. - Bryant, M. - Burnett, L. A. - Caraballo-Rodríguez, A. M. - Maya, M. C. - Chin, L. - Corominas, L. - Ellis, R. J. - Franklin, D. - Girod, S. - Gomes, P. W. P. - Pluskal, Tomáš … celkem 59 autorů
A resource to empirically establish drug exposure records directly from untargeted metabolomics data.
Nature Communications. Roč. 16, December (2025), č. článku 10600. ISSN 2041-1723. E-ISSN 2041-1723
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: N-acyl taurines * mass spectrometry * HIV infection
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 15.7, rok: 2024 ; AIS: 5.611, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41467-025-65993-5
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0373379