Brázda Václav

RIV - aktuální sběr

Označit vše / Zobrazit vše / Zrušit označení

Nalezeno záznamů: 10

Článek v odborném periodiku

0586755 - BFÚ 2025 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Bartas, M. - Brázda, Václav - Pečinka, P.
Special Issue “Bioinformatics of Unusual DNA and RNA Structures”.
International Journal of Molecular Sciences. Roč. 25, č. 10 (2024), č. článku 5226. ISSN 1661-6596. E-ISSN 1422-0067
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: b-dna * repeats * visualization * stability * server
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.9, rok: 2024 ; AIS: 1.121, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/1422-0067/25/10/5226
Bartas, M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0355309

0604124 - BFÚ 2025 RIV CZ eng J - Článek v odborném periodiku
Bartas, M. - Cerven, J. - Valková, Natalia - Volna, A. - Dobrovolná, Michaela - Šislerová, Lucie - Baldvinsson, H. - Pečinka, P. - Brázda, Václav
RNA analysis of the longest living vertebrate Greenland shark revealed an abundance of LINE-like elements in its transcriptome.
Czech Polar Reports. Roč. 13, č. 2 (2023), s. 210-227. ISSN 1805-0689. E-ISSN 1805-0697
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: somniosus-microcephalus * reverse-transcriptase * protein * cancer * prediction * alignment * accurate * database * search * Greenland shark * transcriptome * bioinformatics * line1 * longevity research * Somniosus microcephalus
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 0.5, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://journals.muni.cz/CPR/article/view/38141

Bartas, M. Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0361474

0582377 - BFÚ 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Brázda, Václav - Valková, Natalia - Dobrovolná, Michaela - Mergny, Jean-Louis
Abundance of G-Quadruplex Forming Sequences in the Hepatitis Delta Virus Genomes.
ACS Omega. Roč. 9, č. 3 (2024), s. 4096-4101. ISSN 2470-1343. E-ISSN 2470-1343
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: rna g-quadruplex * dna
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.3, rok: 2024 ; AIS: 0.673, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsomega.3c09288
Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0352960

0600915 - BFÚ 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Brázda, Václav - Šislerová, Lucie - Cucchiarini, A. - Mergny, Jean-Louis
G-quadruplex propensity in H. neanderthalensis, H. sapiens and Denisovans mitochondrial genomes.
NAR Genomics and Bioinformatics. Roč. 6, č. 2 (2024), č. článku lqae060. E-ISSN 2631-9268
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: displacement-loop * genetic history * dna * sequence * rna * introgression * mtdna
Obor OECD: Cell biology
Impakt faktor: 2.8, rok: 2024 ; AIS: 2.536, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nargab/article/6/2/lqae060/7685155?login=true

Brázda, Václav Mergny, Jean-Louis
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0358184

0600747 - BFÚ 2025 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Gajarský, M. - Stadlbauer, Petr - Šponer, Jiří - Cucchiarini, A. - Dobrovolná, Michaela - Brázda, Václav - Mergny, Jean-Louis - Trantírek, L. - Zivkovic, M.L.
DNA Quadruplex Structure with a Unique Cation Dependency.
Angewandte Chemie - International Edition. Roč. 63, č. 7 (2024), č. článku e202313226. ISSN 1433-7851. E-ISSN 1521-3773
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-23718S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: telomeric g-quadruplex * amber force-field * center-dot-g * molecular-dynamics * nucleic-acids * k+ solution * simulations * insights * reveals
Obor OECD: Organic chemistry
Impakt faktor: 16.9, rok: 2024 ; AIS: 3.51, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.202313226
Trantírek, L.
- Zivkovic, M.L.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0358042

0602933 - BFÚ 2025 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Satta, G. - Trajkovski, M. - Cantara, Alessio - Mura, M. - Meloni, C. - Olla, G. - Dobrovolná, Michaela - Pisano, L. - Gaspa, S. - Salis, A. - De Luca, L. - Mocci, F. - Brázda, Václav - Plavec, J. - Carraro, M.
Complex Biophysical and Computational Analyses of G-Quadruplex Ligands: The Porphyrin Stacks Back.
Chemistry - A European Journal. Roč. 30, č. 69 (2024). ISSN 0947-6539. E-ISSN 1521-3765
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * monovalent ion parameters * targeting g-quadruplexes * telomeric g-quadruplex * c-myc * force-field * nucleic-acids * mass-spectrometry * accurate docking * promoter region * dna
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.7, rok: 2024 ; AIS: 0.762, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://chemistry-europe.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/chem.202402600
Plavec, J.
- Carraro, M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0360662

0599971 - BFÚ 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Stefan, U. - Brázda, Václav - Plavec, J. - Marusic, M.
The influence of G-tract and loop length on the topological variability of putative five and six G-quartet DNA structures in the human genome.
International Journal of Biological Macromolecules. Roč. 280, NOV 2024 (2024), č. článku 136008. ISSN 0141-8130. E-ISSN 1879-0003
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: g-quadruplex structures * telomeric dna * oligonucleotides * stability * sequences * dynamics
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 8.5, rok: 2024 ; AIS: 1.013, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S014181302406817X?via%3Dihub
Marusic, M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0357942

0600735 - BFÚ 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Vojsovič, Matůš - Kratochvilová, Libuše - Valková, Natalia - Šislerová, Lucie - El Rashed, Z. - Menichini, P. - Inga, A. - Monti, P. - Brázda, Václav
Transactivation by partial function P53 family mutants is increased by the presence of G-quadruplexes at a promoter site.
Biochimie. Roč. 216, JAN 2024 (2024), s. 14-23. ISSN 0300-9084. E-ISSN 1638-6183
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: tp63 mutations * binding-sites * dna * cancer * evolution * identification * reveal * p63 * Protein-DNA interactions
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3, rok: 2024 ; AIS: 0.729, rok: 2024
Způsob publikování: Open access s časovým embargem
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908423002535?via%3Dihub
Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0358030

0604288 - BFÚ 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Warner, E. F. - Bohalova, Natalia - Brázda, Václav - Waller, Z.A.E. - Bidula, S.
Analysis of putative quadruplex-forming sequences in fungal genomes: novel antifungal targets?
Microbial Genomics. Roč. 7, č. 5 (2021), č. článku 000570. ISSN 2057-5858. E-ISSN 2057-5858
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA18-15548S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: i-motif * gene promoters * g4 dna * metabolism * regulator * virulence * growth * server * laea * Fungi * in-silico * virulence * drug resistance * Aspergillus fumigatus * G-quadruplexes * i-motifs
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 4.868, rok: 2021 ; AIS: 2.139, rok: 2021
Způsob publikování: Open access
https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/mgen/10.1099/mgen.0.000570
Bidula, S.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0361696

Ostatní výsledky

0567735 - BFÚ 2025 RIV CH eng O - Ostatní výsledky
Bowater, R. P. - Brázda, Václav
Impacts of Molecular Structure on Nucleic Acid-Protein Interactions.
2023. International Journal of Molecular Sciences. MDPI. Roč. 24, č. 1 (2023), č. článku 407. ISSN 1661-6596. E-ISSN 1422-0067
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: cruciform * DNA base sequence * DNA structure * G-quadruplex * nucleic acid-protein interactions * z-dna
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
https://www.mdpi.com/1422-0067/24/1/407

Bowater, R. P. Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0360801