0636203 - BFÚ 2026 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Bartas, M. - Petrovic, M. - Brázda, Václav - Trenz, O. - Durcansky, A. - Šťastný, J.
CpX Hunter web tool allows high-throughput identification of CpG, CpA, CpT, and CpC islands: A case study in Drosophila genome.
Journal of Biological Chemistry. Roč. 301, č. 6 (2025), č. článku 108537. ISSN 0021-9258. E-ISSN 1083-351X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: dna methylation * melanogaster
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.9, rok: 2024 ; AIS: 1.458, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0021925825003862?via%3Dihub
Šťastný, J.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368435

0555058 - BFÚ 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Bartas, M. - Slychko, K. - Brázda, Václav - Cerveny, J. - Beaudoin, C. - Blundell, T. L. - Pečinka, Petr
Searching for New Z-DNA/Z-RNA Binding Proteins Based on Structural Similarity to Experimentally Validated Z alpha Domain.
International Journal of Molecular Sciences. Roč. 23, č. 2 (2022), č. článku 768. ISSN 1661-6596. E-ISSN 1422-0067
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: editing enzyme adar1 * z-beta domain * handed z-dna * non-b dna * crystal-structure
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.6, rok: 2022 ; AIS: 1.03, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/1422-0067/23/2/768
Pečinka, Petr
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0340266

0558374 - BFÚ 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Bartas, M. - Volna, A. - Beaudoin, C. - Poulsen, E. - Cerven, J. - Brázda, Václav - Špunda, V. - Blundell, T. L. - Pečinka, P.
Unheeded SARS-CoV-2 proteins? A deep look into negative-sense RNA.
Briefings in Bioinformatics. Roč. 23, č. 3 (2022). ISSN 1467-5463. E-ISSN 1477-4054
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: web server * visualization * translation * prediction * mechanism * helicase
Obor OECD: Cell biology
Impakt faktor: 9.5, rok: 2022 ; AIS: 2.456, rok: 2022
Způsob publikování: Open access s časovým embargem
https://academic.oup.com/bib/article/23/3/bbac045/6539840?login=true
Blundell, T. L.
- Pečinka, P.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0339542

0557781 - BFÚ 2023 RIV FR eng J - Článek v odborném periodiku
Bohalova, Natalia - Dobrovolná, Michaela - Brázda, Václav - Bidula, S.
Conservation and over-representation of G-quadruplex sequences in regulatory regions of mitochondrial DNA across distinct taxonomic sub-groups.
Biochimie. Roč. 194, MAR 2022 (2022), s. 28-34. ISSN 0300-9084. E-ISSN 1638-6183
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA18-15548S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: r-loops * rna * sites * Mitochondria * Genome
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.9, rok: 2022 ; AIS: 0.757, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908421002947?via%3Dihub
Bidula, S.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0339565

0582377 - BFÚ 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Brázda, Václav - Valková, Natalia - Dobrovolná, Michaela - Mergny, Jean-Louis
Abundance of G-Quadruplex Forming Sequences in the Hepatitis Delta Virus Genomes.
ACS Omega. Roč. 9, č. 3 (2024), s. 4096-4101. ISSN 2470-1343. E-ISSN 2470-1343
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: rna g-quadruplex * dna
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.3, rok: 2024 ; AIS: 0.673, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsomega.3c09288
Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0352960

0574515 - BFÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Brázda, Václav - Dobrovolná, Michaela - Bohalova, Natalia - Mergny, Jean-Louis
G-quadruplexes in the evolution of hepatitis B virus.
Nucleic Acids Research. Roč. 51, č. 14 (2023), s. 7198-7204. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: FORMING SEQUENCES * GENOME * TRANSCRIPTION
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 16.7, rok: 2023 ; AIS: 5.863, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nar/article/51/14/7198/7217046?login=true

Brázda, Václav Mergny, Jean-Louis
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0350075

0551529 - BFÚ 2023 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Brázda, Václav - Bohalova, Natalia - Bowater, R. P.
New telomere to telomere assembly of human chromosome 8 reveals a previous underestimation of G-quadruplex forming sequences and inverted repeats.
Gene. Roč. 810, FEB 5 2022 (2022), č. článku 146058. ISSN 0378-1119. E-ISSN 1879-0038
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA18-15548S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: messenger-rna * dna * G-quadruplex * Inverted repeat * Genome sequence of human chromosome 8 * Non-B DNA structures
Obor OECD: Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
Impakt faktor: 3.5, rok: 2022 ; AIS: 0.579, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378111921006533?via%3Dihub

Brázda, Václav Bowater, R. P.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0340615

0556798 - BFÚ 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Cantara, Alessio - Luo, Y. - Dobrovolna, M. - Bohalova, Natalia - Fojta, Miroslav - Verga, D. - Guittat, L. - Cucchiarini, A. - Savrimoutou, S. - Haberli, C. - Guillon, J. - Keiser, J. - Brázda, Václav - Mergny, Jean-Louis
G-quadruplexes in helminth parasites.
Nucleic Acids Research. Roč. 50, č. 5 (2022), s. 2719-2735. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: antiprotozoal evaluation * small-molecule * g-quartet * dna * genome * stability
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 14.9, rok: 2022 ; AIS: 5.391, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nar/article/50/5/2719/6541030?login=true
Brázda, Václav
- Mergny, Jean-Louis
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0340439

0644611 - BFÚ 2026 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Cucchiarini, A. - Kledus, Filip - Luo, Y. - Brázda, Václav - Mergny, Jean-Louis
Quadruplexes with a grain of salt: influence of cation type and concentration on DNA G4 stability.
European Biophysics Journal With Biophysics Letters. Roč. 54, č. 8 (2025), s. 589-599. ISSN 0175-7571. E-ISSN 1432-1017
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: potassium channels * diversity * Cations * Ionic strength * G-quadruplex * Duplex-quadruplex competition * Halophile
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 2.4, rok: 2024 ; AIS: 0.567, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://link.springer.com/article/10.1007/s00249-025-01772-w?utm_source=getftr&utm_medium=getftr&utm_campaign=getftr_pilot&getft_integrator=clarivate
Brázda, Václav
- Mergny, Jean-Louis
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374454

0640808 - BFÚ 2026 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Dobrovolná, Michaela - Bowater, R. P. - Pečinka, P. - Brázda, Václav - Bartas, M.
High-Resolution Assembly of the Human Y Chromosome Identifies a Vast Landscape of Inverted Repeats Associated with Structural and Functional Genomic Features.
International Journal of Molecular Sciences. Roč. 26, č. 20 (2025), č. článku 10180. ISSN 1661-6596. E-ISSN 1422-0067
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: regulatory elements * region * sequences * server * promo * inverted repeats * human genome * chromosome Y * t2t * bioinformatics * non-B DNA structures
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.9, rok: 2024 ; AIS: 1.121, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/1422-0067/26/20/10180
Brázda, Václav
- Bartas, M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0371650

0560261 - BFÚ 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Dobrovolná, Michaela - Bohalova, Natalia - Peška, Vratislav - Wang, J. - Luo, Y. - Bartas, M. - Volna, A. - Mergny, Jean-Louis - Brázda, Václav
The Newly Sequenced Genome of Pisum sativum Is Replete with Potential G-Quadruplex-Forming Sequences-Implications for Evolution and Biological Regulation.
International Journal of Molecular Sciences. Roč. 23, č. 15 (2022), č. článku 8482. ISSN 1661-6596. E-ISSN 1422-0067
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: G-quadruplex * G4 propensity * chloroplast DNA * sequence prediction
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.6, rok: 2022 ; AIS: 1.03, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/1422-0067/23/15/8482
Mergny, Jean-Louis
- Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0340527

0644603 - BFÚ 2026 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Dubový, P. - Hradilová-Svíženská, I. - Brázda, Václav - Jambrichova, A. - Svobodová, V. - Joukal, M.
The Intrinsic Neuronal Activation of the CXCR4 Signaling Axis Is Associated with a Pro-Regenerative State in Cervical Primary Sensory Neurons Conditioned by a Sciatic Nerve Lesion.
International Journal of Molecular Sciences. Roč. 26, č. 1 (2025), č. článku 193. ISSN 1661-6596. E-ISSN 1422-0067
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: chemokines * inhibition * cytokines * amd3100 * cxcl12 * mtor * sciatic nerve * transection * pre-conditioning * axon regeneration
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.9, rok: 2024 ; AIS: 1.121, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/1422-0067/26/1/193
Dubový, P.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374450

0600747 - BFÚ 2025 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Gajarský, M. - Stadlbauer, Petr - Šponer, Jiří - Cucchiarini, A. - Dobrovolná, Michaela - Brázda, Václav - Mergny, Jean-Louis - Trantírek, L. - Zivkovic, M.L.
DNA Quadruplex Structure with a Unique Cation Dependency.
Angewandte Chemie - International Edition. Roč. 63, č. 7 (2024), č. článku e202313226. ISSN 1433-7851. E-ISSN 1521-3773
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-23718S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: telomeric g-quadruplex * amber force-field * center-dot-g * molecular-dynamics * nucleic-acids * k+ solution * simulations * insights * reveals
Obor OECD: Organic chemistry
Impakt faktor: 16.9, rok: 2024 ; AIS: 3.51, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.202313226
Trantírek, L.
- Zivkovic, M.L.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0358042

0571535 - BFÚ 2024 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Havlík, J. - Brázda, Václav - Stanek, K. - Ježek, M. - Šťastný, J.
Feature-overlapper: The tool for DNA analysis overlap.
Software Impacts. Roč. 16, MAY 2023 (2023), č. článku 100498. ISSN 2665-9638. E-ISSN 2665-9638
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: dna * R-loop * G-quadruplex * Annotation
Obor OECD: Cell biology
Impakt faktor: 1.3, rok: 2023 ; AIS: 0.461, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2665963823000350?via%3Dihub

Havlík, J. Šťastný, J.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0349900

0604216 - BFÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Kledus, Filip - Dobrovolná, Michaela - Mergny, Jean-Louis - Brázda, Václav
Asymmetric distribution of G-quadruplex forming sequences in genomes of retroviruses.
Scientific Reports. Roč. 15, č. 1 (2025), č. článku 76. ISSN 2045-2322. E-ISSN 2045-2322
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: terminal repeat promoter * rna g-quadruplexes * myc g-quadruplex * dna * nucleolin * binding * transcription * protein
Obor OECD: Cell biology
Impakt faktor: 3.9, rok: 2024 ; AIS: 1.029, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41598-024-82613-2
Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368161

0583206 - BFÚ 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Kratochvilová, Libuše - Vojsovič, Matůš - Valková, Natalia - Šislerová, Lucie - El Rashed, Z. - Inga, A. - Monti, P. - Brázda, Václav
The presence of a G-quadruplex prone sequence upstream of a minimal promoter increases transcriptional activity in the yeast Saccharomyces cerevisiae.
Bioscience Reports. Roč. 43, č. 12 (2023), č. článku BSR20231348. ISSN 0144-8463. E-ISSN 1573-4935
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: small-molecule * thioflavin t * dna * p53 * transactivation * visualization * specificities * evolution * region
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.8, rok: 2023 ; AIS: 0.676, rok: 2023
Způsob publikování: Omezený přístup
https://portlandpress.com/bioscirep/article/43/12/BSR20231348/233764/The-presence-of-a-G-quadruplex-prone-sequence
Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0351205

0569309 - BFÚ 2024 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Pečinka, P. - Bohalova, Natalia - Volna, A. - Kundratova, K. - Brázda, Václav - Bartas, M.
Analysis of G-Quadruplex-Forming Sequences in Drought Stress-Responsive Genes, and Synthesis Genes of Phenolic Compounds in Arabidopsis thaliana.
Life. Roč. 13, č. 1 (2023), č. článku 199. E-ISSN 2075-1729
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: G-quadruplex * pqs * Arabidopsis thaliana * drought stress * phenolic compounds
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.2, rok: 2023 ; AIS: 0.655, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/2075-1729/13/1/199
Bartas, M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0344341

0583620 - BFÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Porubiakova, Otilia - Havlík, J. - Indu, Indu - Sedy, M. - Přepechalová, Veronika - Bartas, M. - Bidula, S. - Šťastný, J. - Fojta, Miroslav - Brázda, Václav
Variability of Inverted Repeats in All Available Genomes of Bacteria.
Microbiology Spectrum. Roč. 11, č. 4 (2023). ISSN 2165-0497. E-ISSN 2165-0497
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: dna-structure * sticky dna * sp-nov. * evolution * stability * binding * server * gene * rnas
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 3.7, rok: 2023 ; AIS: 1.02, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://journals.asm.org/doi/epub/10.1128/spectrum.01648-23
Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0351624

0605153 - BFÚ 2026 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Solar, P. - Brázda, Václav - Bareš, M. - Zamani, A. - Emamiaref, P. - Joukal, A. - Kubíčková, L. - Krocka, E. - Hasanova, K. - Joukal, M.
Inflammatory changes in the choroid plexus following subarachnoid hemorrhage: the role of innate immune receptors and inflammatory molecules.
Frontiers in Cellular Neuroscience. Roč. 18, JAN 7 2025 (2025), č. článku 1525415. ISSN 1662-5102. E-ISSN 1662-5102
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: chemoattractant protein-1 mcp-1 * cerebral blood-flow * rat-brain * monocytes * cells * expression * epithelium * vasospasm * relevance * cx(3)cr1 * subarachnoid hemorrhage * stroke * choroid plexus
Obor OECD: Neurosciences (including psychophysiology
Impakt faktor: 4, rok: 2024 ; AIS: 1.364, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.frontiersin.org/journals/cellular-neuroscience/articles/10.3389/fncel.2024.1525415/full
Joukal, M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368340

0644099 - BFÚ 2027 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Šislerová, Lucie - Petrovic, M. - Dobrovolná, Michaela - Šťastný, J. - Rozmaric, T. - Dworak, H. - Kratochvilová, Libuše - Vesela, Lenka - Schadl, B. - Gruber, F. - Grillari, J. - Freystatter, C. - Ogrodnik, M. - Brázda, Václav
G-quadruplex motifs prediction and visualization in Sus scrofa genome.
Genomics. Roč. 118, č. 1 (2026), č. článku 111168. ISSN 0888-7543. E-ISSN 1089-8646
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: dna secondary structures * identification * G-quadruplexes * Sus scrofa * Homo sapiens * Targeted therapies
Obor OECD: Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
Impakt faktor: 3, rok: 2024 ; AIS: 0.723, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0888754325001843?pes=vor&utm_source=clarivate&getft_integrator=clarivate
Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374143

0600735 - BFÚ 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Vojsovič, Matůš - Kratochvilová, Libuše - Valková, Natalia - Šislerová, Lucie - El Rashed, Z. - Menichini, P. - Inga, A. - Monti, P. - Brázda, Václav
Transactivation by partial function P53 family mutants is increased by the presence of G-quadruplexes at a promoter site.
Biochimie. Roč. 216, JAN 2024 (2024), s. 14-23. ISSN 0300-9084. E-ISSN 1638-6183
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: tp63 mutations * binding-sites * dna * cancer * evolution * identification * reveal * p63 * Protein-DNA interactions
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3, rok: 2024 ; AIS: 0.729, rok: 2024
Způsob publikování: Open access s časovým embargem
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908423002535?via%3Dihub
Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0358030