RIV - aktuální sběr
0603909 - BC 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Afonin, D.A. - Gerasimov, E. S. - Škodová-Sveráková, Ingrid - Záhonová, Kristýna - Gahura, Ondřej - Albanaz, A.T.S. - Myšková, Eva - Byková, A. - Paris, Zdeněk - Lukeš, Julius - Opperdoes, F. R. - Horváth, A. - Zimmer, S.L. - Yurchenko, V.
Blastocrithidia nonstop mitochondrial genome and its expression are remarkably insulated from nuclear codon reassignment.
Nucleic Acids Research. Roč. 52, č. 7 (2024), s. 3870-3885. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-01026S; GA ČR(CZ) GF23-08669L; GA MŠMT(CZ) EH22_008/0004575
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: transfer-rna * leishmania-tarentolae * complex-i * phytomonas-serpens * trypanosoma-brucei * minicircle genome * kinetoplast dna * alignment * import * genes
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 13.1, rok: 2024 ; AIS: 5.99, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/nar/gkae168
Zimmer, S.L.
- Yurchenko, V.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0361206
0586440 - BC 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Grybchuk, D. - Galan, A. - Klocek, D. - Macedo, D.H. - Wolf, A. - Votýpka, Jan - Butenko, Anzhelika - Lukeš, Julius - Neri, U. - Záhonová, Kristýna - Kostygov, A. Y. - Koonin, E. - Yurchenko, V.
Identification of diverse RNA viruses in Obscuromonas flagellates (Euglenozoa: Trypanosomatidae: Blastocrithidiinae).
Virus Evolution. Roč. 10, č. 1 (2024), č. článku veae037. E-ISSN 2057-1577
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-14356S
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: genetic-code * alignment * sequence * evolution * genomics * codons * fungus * genus * Obscuromonas * Blastocrithidia * dsRNA viruses * Narnaviridae * Mitoviridae * Qin-like virus
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4, rok: 2024 ; AIS: 1.628, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/ve/veae037
Koonin, E.
- Yurchenko, V.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0361583
0584660 - BC 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Chmelova, L. - Záhonová, Kristýna - Albanaz, A.T.S. - Hrebenyk, L. - Horváth, A. - Yurchenko, V. - Škodová-Sveráková, Ingrid
Distribution and Functional Analysis of Isocitrate Dehydrogenases across Kinetoplastids.
Genome Biology and Evolution. Roč. 16, č. 3 (2024), č. článku evae042. ISSN 1759-6653. E-ISSN 1759-6653
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: procyclic trypanosoma-brucei * tricarboxylic-acid cycle * krebs cycle * enzyme-activities * model selection * blood-stream * metabolism * evolution * phosphorylation * mitochondrion * TCA cycle * Krebs cycle * isocitrate dehydrogenase * nadp(+) * nad(+) * cofactor preference
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 2.8, rok: 2024 ; AIS: 1.197, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/gbe/evae042
Yurchenko, V.
- Škodová-Sveráková, Ingrid
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0361611
0601789 - BC 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Jerlstrom-Hultqvist, J. - Gallot-Lavallee, L. - Salas-Leiva, D.E. - Curtis, B.A. - Záhonová, Kristýna - Čepička, I. - Stairs, C.W. - Pipaliya, S. - Dacks, Joel Bryan - Archibald, J.M. - Roger, A.J.
A unique symbiosome in an anaerobic single-celled eukaryote.
Nature Communications. Roč. 15, č. 1 (2024), č. článku 9726. ISSN 2041-1723. E-ISSN 2041-1723
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: horizontal gene-transfer * desulfovibrio trichonymphae * genome * bacterial * alignment * vitamin-b-12 * evolution * sequence * identification * algorithm
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 15.7, rok: 2024 ; AIS: 5.611, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41467-024-54102-7
Jerlstrom-Hultqvist, J. Roger, A.J.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0361680
0599967 - BC 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Novák, J. - Treitli, S.C. - Füssy, Z. - Záhonová, Kristýna - Hamplová, B. - Hrdá, Š. - Hampl, V.
V9 Hypervariable Region Metabarcoding Primers for Euglenozoa and Metamonada.
Environmental DNA. Roč. 6, č. 5 (2024), č. článku e70022. E-ISSN 2637-4943
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: ribosomal-rna gene * diversity * communities * eukaryotes * program * bias * tool * v4 * 18s-v9 * Euglenozoa * freshwater diversity * metabarcoding * Metamonada
Obor OECD: Cell biology
Impakt faktor: 6.2, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1002/edn3.70022
Novák, J. Hampl, V.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0362094
0583676 - BC 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Opperdoes, F. R. - Záhonová, Kristýna - Škodová-Sveráková, Ingrid - Bučková, B. - Chmelova, L. - Lukeš, Julius - Yurchenko, V.
In silico prediction of the metabolism of Blastocrithidia nonstop, a trypanosomatid with non-canonical genetic code.
BMC Genomics. Roč. 25, č. 1 (2024), č. článku 184. ISSN 1471-2164. E-ISSN 1471-2164
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-14356S
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: leishmania-major * serine hydroxymethyltransferase * biosynthetic-pathway * alternative oxidase * fumarate reductase * bodo-saltans * fatty-acids * life-cycle * complex-i * brucei * Blastocrithidia * In silico * Metabolic predictions * Trypanosomatid * Non-canonical genetic code
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.7, rok: 2024 ; AIS: 1.031, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s12864-024-10094-8
Yurchenko, V.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0362096
0604889 - BC 2025 RIV CH eng M - Část monografie knihy
Konupková, A. - Tomečková, L. - Záhonová, Kristýna - Oborník, Miroslav - Füssy, Z.
Easier Lost than Found? What We Know about Plastid Genome Reduction.
Endosymbiotic Organelle Acquisition. Cham: Springer Cham, 2024 - (Schwartzbach, S.; Kroth, P.; Oborník, M.), (2024), s. 147-181. Solutions to the Problem of Protein Localization and Membrane Passage. ISBN 978-3-031-57444-3
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000759; GA ČR(CZ) GA21-03224S
Institucionální podpora: RVO:60077344
Klíčová slova: Comparative genomics * Complete plastid loss * Endosymbiotic gene transfer * Horizontal gene transfer * Intron expansion * Minicircles * Nonphotosynthetic plastids * Plastid genome topology * Reductive evolution * Repeat expansion * Serial endosymbiosis
Obor OECD: Microbiology
https://doi.org/10.1007/978-3-031-57446-7_5
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0362421