Nápověda

Biriukov Denys

Publikace ASEP

Označit vše / Zobrazit všechny roky / Zrušit označení

Označit vše / Zobrazit vše / Zrušit označení

Nalezeno záznamů: 11

0576127 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Biriukov, Denys - Javanainen, Matti
Efficient Simulations of Solvent Asymmetry Across Lipid Membranes Using Flat-Bottom Restraints.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 19, č. 18 (2023), s. 6332-6341. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5103
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: linear constraint solver * particle mesh Ewald * molecular dynamics
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.7, rok: 2023 ; AIS: 1.425, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jctc.3c00614

Biriukov, Denys Javanainen, Matti
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0345727

0557831 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Biriukov, Denys - Wang, H.-W. - Rampal, N. - Tempra, Carmelo - Kula, Patrik - Neuefeind, J. C. - Stack, A. G. - Předota, M.
The “good,“ the “bad,“ and the “hidden“ in neutron scattering and molecular dynamics of ionic aqueous solutions.
Journal of Chemical Physics. Roč. 156, č. 19 (2022), č. článku 194505. ISSN 0021-9606. E-ISSN 1089-7690
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: solvation structure * free energy * simulations
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 4.4, rok: 2022 ; AIS: 0.912, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1063/5.0093643

Biriukov, Denys Stack, A. G.
Trvalý odkaz: http://hdl.handle.net/11104/0331710

0638973 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Habajec, Antun - Vitek, Marco - Biriukov, Denys - Rončević, I.
Porphyrins as a Platform for Lithium-Selective Two-Dimensional Membranes.
Journal of Physical Chemistry Letters. Roč. 16, č. 36 (2025), s. 9408-9413. ISSN 1948-7185
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5103; GA ČR GA24-10982S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: hydration * liquid * water
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 4.6, rok: 2024 ; AIS: 1.176, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.5c01874
Rončević, I.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0369492

0574257 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Chu, B. - Biriukov, Denys - Bischoff, M. - Předota, M. - Roke, S. - Marchioro, A.
Evolution of the electrical double layer with electrolyte concentration probed by second harmonic scattering.
Faraday Discussions. Roč. 246, October (2023), s. 407-425. ISSN 1359-6640. E-ISSN 1364-5498
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: surface charge density * colloidal silica * water molecules
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.3, rok: 2023 ; AIS: 0.87, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1039/D3FD00036B
Marchioro, A.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0344596

0571449 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Kontkanen, O. V. - Biriukov, Denys - Futera, Z.
Applicability of perturbed matrix method for charge transfer studies at bio/metallic interfaces: a case of azurin.
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 25, č. 17 (2023), s. 12479-12489. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: biological electron transfer * density functional theory * reorganization free energies
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 2.9, rok: 2023 ; AIS: 0.624, rok: 2023
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1039/D3CP00197K
Futera, Z.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0342666

0557550 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kontkanen, O. V. - Biriukov, Denys - Futera, Z.
Reorganization free energy of copper proteins in solution, in vacuum, and on metal surfaces.
Journal of Chemical Physics. Roč. 156, č. 17 (2022), č. článku 175101. ISSN 0021-9606. E-ISSN 1089-7690
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: Pseudomonas aeruginosa azurin * biological electron transfer * linear constraint solver
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 4.4, rok: 2022 ; AIS: 0.912, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1063/5.0085141
Futera, Z.
Trvalý odkaz: http://hdl.handle.net/11104/0331515

0597799 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Nencini, Ricky - Tempra, Carmelo - Biriukov, Denys - Riopedre Fernández, Miguel - Cruces Chamorro, Victor - Polák, J. - Mason, Philip E. - Ondo, D. - Heyda, J. - Ollila, O. H. S. - Jungwirth, Pavel - Javanainen, Matti - Martinez-Seara, Hector
Effective Inclusion of Electronic Polarization Improves the Description of Electrostatic Interactions: The prosECCo75 Biomolecular Force Field.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 20, č. 17 (2024), s. 7546-7559. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-19561S
GRANT EU: European Commission(XE) 101095957 - Q-SCALING
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: molecular dynamics simulations * solute-solute interactions * linear constraint solver
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.5, rok: 2024 ; AIS: 1.52, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jctc.4c00743
Martinez-Seara, Hector
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0355613

0561693 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Nguyen, Man Thi Hong - Biriukov, Denys - Tempra, Carmelo - Baxová, Katarína - Martinez-Seara, Hector - Evci, Huseyin - Singh, Vandana - Šachl, Radek - Hof, Martin - Jungwirth, Pavel - Javanainen, Matti - Vazdar, Mario
Ionic Strength and Solution Composition Dictate the Adsorption of Cell-Penetrating Peptides onto Phosphatidylcholine Membranes.
Langmuir. Roč. 38, č. 37 (2022), s. 11284-11295. ISSN 0743-7463. E-ISSN 1520-5827
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX19-26854X
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61388955
Klíčová slova: linear constraint solver * particle mesh Ewald * molecular dynamics
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.9, rok: 2022 ; AIS: 0.665, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.langmuir.2c01435
Javanainen, Matti
- Vazdar, Mario
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0334213

0598061 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Riopedre Fernández, Miguel - Košťál, Vojtěch - Martinek, Tomáš - Martinez-Seara, Hector - Biriukov, Denys
Developing and Benchmarking Sulfate and Sulfamate Force Field Parameters via Ab Initio Molecular Dynamics Simulations To Accurately Model Glycosaminoglycan Electrostatic Interactions.
Journal of Chemical Information and Modeling. Roč. 64, č. 18 (2024), s. 7122-7134. ISSN 1549-9596. E-ISSN 1549-960X
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: generalized gradient approximation * solute-solute interactions * linear constraint solver
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.3, rok: 2024 ; AIS: 1.526, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jcim.4c00981
Martinez-Seara, Hector
- Biriukov, Denys
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0355827

0578077 - ÚOCHB 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Riopedre Fernández, Miguel - Biriukov, Denys - Dračínský, Martin - Martinez-Seara, Hector
Hyaluronan-arginine enhanced and dynamic interaction emerges from distinctive molecular signature due to electrostatics and side-chain specificity.
Carbohydrate Polymers. Roč. 325, February (2024), č. článku 121568. ISSN 0144-8617. E-ISSN 1879-1344
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-19561S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: hyaluronan * arginine * molecular dynamics * NMR * sugar–peptide interactions
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 12.5, rok: 2024 ; AIS: 1.433, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.carbpol.2023.121568
Martinez-Seara, Hector
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0347110

0584553 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Vazdar, K. - Tempra, Carmelo - Olžyńska, A. - Biriukov, Denys - Cwiklik, Lukasz - Vazdar, M.
Stealthy Player in Lipid Experiments? EDTA Binding to Phosphatidylcholine Membranes Probed by Simulations and Monolayer Experiments.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 127, č. 24 (2023), s. 5462-5469. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5103
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: chelating agents * force field * calcium
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 2.8, rok: 2023 ; AIS: 0.678, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.3c03207
Cwiklik, Lukasz
- Vazdar, M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0352462