Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.

0637715 - BFÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Akagi, T. - Segawa, T. - Uchida, R. - Tanaka, H. - Shirasawa, K. - Yamagishi, N. - Yaegashi, H. - Natsume, S. - Takagi, H. - Abe, A. - Okuno, M. - Toyoda, A. - Sato, K. - Honniden, Y. - Zhang, C. - Ushijima, K. - Patzak, J. - Horáková, Lucie - Bačovský, Václav - Hobza, Roman - Charlesworth, D. - Itoh, T. - Ono, E.
Evolution and functioning of an X-A balance sex-determining system in hops.
Nature Plants. Roč. 11, č. 7 (2025), s. 1339-1352. ISSN 2055-026X. E-ISSN 2055-0278
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-00301S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: y-chromosome * humulus-lupulus * rna * genome * transcriptome * degeneration * expression * mechanism * alignment * reveals
Obor OECD: Plant sciences, botany
Impakt faktor: 13.6, rok: 2024 ; AIS: 5.703, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.nature.com/articles/s41477-025-02017-6

Akagi, T. Itoh, T.
- Ono, E.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368861

0643356 - BFÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Alpizar-Sosa, E. A. - Saura, A. - Fajkus, Petr - Polakova, E. - Havlová, Kateřina - Albanaz, A.T.S. - Fajkus, Jiří - Yurchenko, V.
Leishmania mexicana telomeres at high resolution: Ku80, TERT, and alternative lengthening mechanisms.
BMC Genomics. Roč. 26, č. 1 (2025), č. článku 955. ISSN 1471-2164. E-ISSN 1471-2164
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-04769S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: terminal transferase * yeast ku * maintenance * protein * chromosomes * expression * pathways
Obor OECD: Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
Impakt faktor: 3.7, rok: 2024 ; AIS: 1.031, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://link.springer.com/article/10.1186/s12864-025-12154-z?utm_source=getftr&utm_medium=getftr&utm_campaign=getftr_pilot&getft_integrator=clarivate
Yurchenko, V.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374151

0640255 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Andrsova, P. - Prachařová, J. - Novohradský, Vojtěch - Sterbinska, S. - Starha, P. - Kašpárková, J. - Brabec, V.
Phototoxicity of Half-Sandwich Rhodium(III) Complexes with Anthracene and Biphenyl Substituents toward Mammalian Cancer Cells and Multicellular Tumor Spheroids.
Journal of Medicinal Chemistry. Roč. 68, č. 19 (2025), s. 20360-20376. ISSN 0022-2623. E-ISSN 1520-4804
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: rhodium * phototoxicity * tumor spheroids * oncosis * efficient * ruthenium * algorithm * design * nad(+) * dna
Obor OECD: Pharmacology and pharmacy
Impakt faktor: 6.8, rok: 2024 ; AIS: 1.585, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jmedchem.5c01406
Brabec, V.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0371658

0643358 - BFÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Arkhiptsava, K. - Richtar, J. - Truksa, J. - Apaydin, D. H. - Víteček, Jan - Kalina, M. - Eder, D. - Krajčovič, J.
Side-chain engineering drives biocompatibility in polythiophenes.
European Polymer Journal. Roč. 241, DEC 15 2025 (2025), č. článku 114388. ISSN 0014-3057. E-ISSN 1873-1945
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA24-10469S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: direct arylation polymerization * conducting polymers * semiconductor * performance * sulfate * probes * Semiconductors
Obor OECD: Polymer science
Impakt faktor: 6.3, rok: 2024 ; AIS: 0.82, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0014305725006767?pes=vor&utm_source=clarivate&getft_integrator=clarivate

Arkhiptsava, K. Richtar, J.
- Krajčovič, J.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374034

0617109 - BFÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Ashraf, R. - Polášek-Sedláčková, Hana - Marini, V. - Procházková, J. - Hasanova, Z. - Zacpalová, M. - Boudova, M. - Krejčí, L.
RECQ4-MUS81 interaction contributes to telomere maintenance with implications to Rothmund-Thomson syndrome.
Nature Communications. Roč. 16, č. 1 (2025), č. článku 1302. ISSN 2041-1723. E-ISSN 2041-1723
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM22-20303M
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: holliday junction resolution * chromosomal instability * mus81 endonuclease * anaphase bridges * gene-expression * protein * recombination * recq4 * helicase * blm
Obor OECD: Cell biology
Impakt faktor: 15.7, rok: 2024 ; AIS: 5.611, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41467-025-56518-1
Krejčí, L.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368349

0644612 - BFÚ 2026 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Balarynová, J. - Klčová, B. - Čegan, Radim - Raabe, K. - Krejčí, P. - Bednář, P. - Potěšil, D. - Pustka, V. - Tarkowská, D. - Tureckova, V. - Zdráhal, Z. - Honys, D. - Smýkal, P.
Translational and epitranscriptomic regulation of seed germination in Arabidopsis thaliana genotypes with contrasting dormancy phenotypes.
Plant Molecular Biology. Roč. 115, č. 6 (2025), č. článku 135. ISSN 0167-4412. E-ISSN 1573-5028
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EH22_008/0004581
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: messenger-rna methylation * gene-expression * proteomic analysis * n-6-methyladenosine * reveals * gibberellin * highlights * distinct
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.8, rok: 2024 ; AIS: 0.888, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://link.springer.com/article/10.1007/s11103-025-01659-6?utm_source=getftr&utm_medium=getftr&utm_campaign=getftr_pilot&getft_integrator=clarivate
Honys, D.
- Smýkal, P.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374458

0636203 - BFÚ 2026 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Bartas, M. - Petrovic, M. - Brázda, Václav - Trenz, O. - Durcansky, A. - Šťastný, J.
CpX Hunter web tool allows high-throughput identification of CpG, CpA, CpT, and CpC islands: A case study in Drosophila genome.
Journal of Biological Chemistry. Roč. 301, č. 6 (2025), č. článku 108537. ISSN 0021-9258. E-ISSN 1083-351X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: dna methylation * melanogaster
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.9, rok: 2024 ; AIS: 1.458, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0021925825003862?via%3Dihub
Šťastný, J.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368435

0618993 - BFÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Bártová, Eva - Stixová, Lenka - Kovaříková, Alena
N4-acetylcytidine and other RNA modifications in epitranscriptome: insight into DNA repair and cancer development.
Epigenomics. Roč. 17, č. 6 (2025), s. 411-422. ISSN 1750-1911. E-ISSN 1750-192X
Grant CEP: GA TA ČR LUAUS25085
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: nucleotide excision-repair * ribosomal-rna * nuclear-rna * homologous recombination * gene-expression * human nat10 * cell-cycle * damage
Obor OECD: Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
Impakt faktor: 2.6, rok: 2024 ; AIS: 0.682, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/17501911.2025.2473308
Bártová, Eva
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0366245

0617927 - BFÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Beresova, L. - Víteček, Jan - Protivankova, I. - Dudka, M. - Chromá, K. - Skrott, Z. - Buchtová, T. - Poláková, Kamila - Novotný, J. - Nováková, L. - Bartek, J. - Mistrik, M.
Uncovering pre-cytokinetic block in cancer cells under shear stress using a disturbed flow-generating device.
Scientific Reports. Roč. 15, č. 1 (2025), č. článku 6457. ISSN 2045-2322. E-ISSN 2045-2322
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: activation * Fluid shear stress * Circulating tumor cells * Fluidic systems * Metastasis * Mitosis
Obor OECD: Biochemical research methods
Impakt faktor: 3.9, rok: 2024 ; AIS: 1.029, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41598-024-83058-3
Mistrik, M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368407

0637010 - ÚŽFG 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Bosáková, Michaela - Abraham, Sara P. - Wachtell, D. - Zieba, J. T. - Kot, A. - Nita, Alexandru - Czyrek, A. A. - Koudelka, A. - Ursachi, V. - Feketová, Z. - Rico-Llanos, G. - Svozilová, Kateřina - Kočerová, Petra - Fafílek, Bohumil - Gregor, T. - Kotásková, J. - Duran, I. - Vaňhara, P. - Doubek, M. - Mayer, J. - Souček, Karel - Krakow, D. - Krejčí, Pavel
Endoplasmic reticulum stress disrupts signaling via altered processing of transmembrane receptors.
Cell communication and signaling : CCS. Roč. 23, č. 1 (2025), č. článku 209. ISSN 1478-811X. E-ISSN 1478-811X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-11585S
AV ČR(CZ) AP2403
Akademická prémie - Praemium Academiae
Institucionální podpora: RVO:67985904 ; RVO:68081707
Klíčová slova: endoplasmic reticulum * ER * stress * receptor * transmembrane
Obor OECD: Cell biology
Impakt faktor: 8.9, rok: 2024 ; AIS: 2.031, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://biosignaling.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12964-025-02208-w
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0367969

0642112 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Brázda, Václav - Bowater, R. P. - Pečinka, P. - Bartas, M.
mGem: Noncanonical nucleic acid structures-powerful but neglected antiviral targets.
mBio. Roč. 16, č. 11 (2025). ISSN 2150-7511. E-ISSN 2150-7511
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: DNA structure * G-quadruplex * z-dna * cruciform * targeting viruses
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 4.7, rok: 2024 ; AIS: 1.855, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC12607565/
Bartas, M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374073

0618788 - BFÚ 2026 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Cervantes, E. - Martin-Gomez, J. - Rodriguez Lorenzo, José Luis - del Pozo, D. G. - Cabello Saenz de Santamaria, F. - Munoz-Organero, G. - Tocino, A.
Seed Morphology in Vitis Cultivars Related to Hebén.
AgriEngineering. Roč. 7, č. 3 (2025), č. článku 62. ISSN 2624-7402. E-ISSN 2624-7402
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: iberian peninsula * genetic diversity * vinifera l. * shape * apomixis * reveals * origins * average silhouette
Obor OECD: Agriculture
Impakt faktor: 3, rok: 2024 ; AIS: 0.43, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/2624-7402/7/3/62

Cervantes, E. Tocino, A.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368417

0635564 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Cucchiarini, A. - Dobrovolná, Michaela - Brázda, Václav - Mergny, Jean-Louis
Analysis of quadruplex propensity of aptamer sequences.
Nucleic Acids Research. Roč. 53, č. 9 (2025), č. článku gkaf424. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: in-vitro selection * dna aptamers * selex * capture * bias
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 13.1, rok: 2024 ; AIS: 5.99, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nar/article/53/9/gkaf424/8133626?login=true
Brázda, Václav
- Mergny, Jean-Louis
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368199

0644611 - BFÚ 2026 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Cucchiarini, A. - Kledus, Filip - Luo, Y. - Brázda, Václav - Mergny, Jean-Louis
Quadruplexes with a grain of salt: influence of cation type and concentration on DNA G4 stability.
European Biophysics Journal With Biophysics Letters. Roč. 54, č. 8 (2025), s. 589-599. ISSN 0175-7571. E-ISSN 1432-1017
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: potassium channels * diversity * Cations * Ionic strength * G-quadruplex * Duplex-quadruplex competition * Halophile
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 2.4, rok: 2024 ; AIS: 0.567, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://link.springer.com/article/10.1007/s00249-025-01772-w?utm_source=getftr&utm_medium=getftr&utm_campaign=getftr_pilot&getft_integrator=clarivate
Brázda, Václav
- Mergny, Jean-Louis
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374454

0641378 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Černocká, Hana - Kasalová, Veronika - Tihlaříková, Eva - Neděla, Vilém - Hrstka, R. - Ostatná, Veronika
Effects of Charged Surface on Electrochemical Sensitivity to Protein Dimerization.
Analytical Chemistry. Roč. 97, č. 44 (2025), s. 24787-24794. ISSN 0003-2700. E-ISSN 1520-6882
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-06115S
AV ČR(CZ) StrategieAV21/26
StrategieAV
Institucionální podpora: RVO:68081707 ; RVO:68081731
Klíčová slova: bovine serum-albumin * biomarker * voltammetry * forms
Obor OECD: Analytical chemistry; Analytical chemistry (UPT-D)
Impakt faktor: 6.7, rok: 2024 ; AIS: 1.132, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.5c05281
Ostatná, Veronika
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0371549

0617108 - BFÚ 2026 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Dobrovolná, Michaela - Mergny, Jean-Louis - Brázda, Václav
Complete analysis of G-quadruplex forming sequences in the gapless assembly of human chromosome Y.
Biochimie. Roč. 229, FEB 2025 (2025), s. 49-57. ISSN 0300-9084. E-ISSN 1638-6183
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: Gapless assembly * Chromosome Y * G-quadruplex * Genome analysis
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3, rok: 2024 ; AIS: 0.729, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908424002335?via%3Dihub
Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368198

0640808 - BFÚ 2026 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Dobrovolná, Michaela - Bowater, R. P. - Pečinka, P. - Brázda, Václav - Bartas, M.
High-Resolution Assembly of the Human Y Chromosome Identifies a Vast Landscape of Inverted Repeats Associated with Structural and Functional Genomic Features.
International Journal of Molecular Sciences. Roč. 26, č. 20 (2025), č. článku 10180. ISSN 1661-6596. E-ISSN 1422-0067
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: regulatory elements * region * sequences * server * promo * inverted repeats * human genome * chromosome Y * t2t * bioinformatics * non-B DNA structures
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.9, rok: 2024 ; AIS: 1.121, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/1422-0067/26/20/10180
Brázda, Václav
- Bartas, M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0371650

0641690 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Dobrovolná, Michaela - Brázda, Václav
Z-DNA interaction proteins insights from ChIP-seq data.
Biochemical and Biophysical Research Communications. Roč. 790, NOV 19 2025 (2025), č. článku 152910. ISSN 0006-291X. E-ISSN 1090-2104
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA MŠMT(CZ) LUAKR25078
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: forming sequences * transcription * binding * gene * reveals * regions * element
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 2.2, rok: 2024 ; AIS: 0.573, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006291X25016262?pes=vor&utm_source=clarivate&getft_integrator=clarivate
Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374136

0644603 - BFÚ 2026 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Dubový, P. - Hradilová-Svíženská, I. - Brázda, Václav - Jambrichova, A. - Svobodová, V. - Joukal, M.
The Intrinsic Neuronal Activation of the CXCR4 Signaling Axis Is Associated with a Pro-Regenerative State in Cervical Primary Sensory Neurons Conditioned by a Sciatic Nerve Lesion.
International Journal of Molecular Sciences. Roč. 26, č. 1 (2025), č. článku 193. ISSN 1661-6596. E-ISSN 1422-0067
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: chemokines * inhibition * cytokines * amd3100 * cxcl12 * mtor * sciatic nerve * transection * pre-conditioning * axon regeneration
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.9, rok: 2024 ; AIS: 1.121, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/1422-0067/26/1/193
Dubový, P.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374450

0637713 - BFÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Dvořák, Z. - Mani, S. - Vondráček, Jan
Emerging approaches for antagonizing the aryl hydrocarbon receptor.
Trends in Pharmacological Sciences. Roč. 46, č. 7 (2025), s. 629-637. ISSN 0165-6147. E-ISSN 1873-3735
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: aryl hydrocarbon receptor * AhR–protein * AhR–DNA
Obor OECD: Pharmacology and pharmacy
Impakt faktor: 19.9, rok: 2024 ; AIS: 4.517, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0165614725000938?via%3Dihub
Dvořák, Z.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368853

0644543 - BFÚ 2026 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Fagherazzi, Paolo - Stixová, Lenka - Bártová, Eva
Specific TP53 mutations impair the recruitment of 53BP1 to DNA double-strand breaks underlying the mechanism of radioresistance.
European Biophysics Journal With Biophysics Letters. Roč. 54, č. 8 (2025), s. 601-612. ISSN 0175-7571. E-ISSN 1432-1017
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM22-20303M
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: brca1-deficient cells * p53 protein * absence * tumorigenesis * suppression * apoptosis * resection
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 2.4, rok: 2024 ; AIS: 0.567, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://link.springer.com/article/10.1007/s00249-025-01774-8?utm_source=getftr&utm_medium=getftr&utm_campaign=getftr_pilot&getft_integrator=clarivate

Fagherazzi, Paolo Bártová, Eva
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374351

0605506 - BFÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Fajkus, Petr - Fajkus, Jiří
Telomerase RNA evolution: a journey from plant telomeres to broader eukaryotic diversity.
Biochemical Journal. Roč. 483, č. 3 (2025). ISSN 0264-6021. E-ISSN 1470-8728
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-04769S; GA MŠMT(CZ) EH22_008/0004581
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: Telomeres * Telomerase RNA * Evolution * TR identification * non-coding RNA
Obor OECD: Developmental biology
Impakt faktor: 4.3, rok: 2024 ; AIS: 1.436, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39889303/

Fajkus, Petr Fajkus, Jiří
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0363232

0644636 - BFÚ 2026 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Fojta, Miroslav - Palecek, J.
Professor Emil Paleček: seven decades with electrodes and biomolecules at the Institute of Biophysics of the CAS.
European Biophysics Journal With Biophysics Letters. Roč. 54, č. 8 (2025), s. 537-545. ISSN 0175-7571. E-ISSN 1432-1017
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-11252S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: potentiometric stripping analysis * electrically charged surfaces * modified mercury-electrode * double-helical dna * nucleic-acids * osmium-tetroxide * supercoiled dna * electrochemical detection * conformational-changes * trace measurements * Nucleic acids * Electrochemistry * Structure * Modification * Proteins * Glycans
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 2.4, rok: 2024 ; AIS: 0.567, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://link.springer.com/content/pdf/10.1007/s00249-025-01771-x.pdf?utm_source=clarivate&getft_integrator=clarivate

Fojta, Miroslav Palecek, J.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374486

0639191 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Ghosh, A. - Harnoš, J. - Stadlbauer, Petr - Šponer, Jiří - Zivkovic, M.L. - Trantírek, L.
Structural basis of bis-quinolinium ligands binding to quadruplex-duplex hybrids from PIM1 oncogene.
Nucleic Acids Research. Roč. 53, č. 17 (2025), č. článku gkaf894. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * particle mesh ewald * amber force-field * nucleic-acids * nmr-spectroscopy * dna * suppression * integration * excitation * promoters
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 13.1, rok: 2024 ; AIS: 5.99, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nar/article/53/17/gkaf894/8251892?login=true

Ghosh, A. Zivkovic, M.L.
- Trantírek, L.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0371665

0644632 - BFÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Grombirikova, H. - Markocsy, A. - Kocurková, Anna - Blatný, J. - Vlková, M. - Slanina, P. - Hlavackova, E. - Fiamoli, V. - Schneiderová, H. - Klocperk, A. - Ricna, D. - Froňková, E. - Král, J. - Salingova, A. - Jesenak, M. - Freiberger, T.
Atypical Phenotype of Predominant Autoimmune Cytopenia and Impaired Perforin Expression in XMEN Syndrome.
Journal of Immunology Research. Roč. 2025, č. 1 (2025), č. článku 3161910. ISSN 2314-8861. E-ISSN 2314-7156
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: cd8 t-cells * magt1 * infection * immunity * autoimmune haemolytic anaemia * autoimmune cytopenia * congenital disorders of glycosylation * immune thrombocytopenia * MAGT1 * perforin * xmen
Obor OECD: Immunology
Impakt faktor: 3.6, rok: 2024 ; AIS: 0.886, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1155/jimr/3161910?src=getftr&utm_source=clarivate&getft_integrator=clarivate
Jesenak, M.
- Freiberger, T.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374484

0644460 - BFÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Hasoň, Stanislav - Hermanová, Monika - Ostatná, Veronika - Šebest, Peter - Fojta, Miroslav
Adsorption and electrochemical oxidation of purine bases in intact and acid-treated oligodeoxynucleotides at graphite-based electrodes. Effects of pyrimidine fraction and electrode surface oxidation.
Electrochimica acta. Roč. 547 (2025), č. článku 147841. ISSN 0013-4686. E-ISSN 1873-3859
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-11252S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: voltammetric determination * quadruplex nanostructures * pyrolytic-graphite * nucleic-acids * dna bases * guanine * nucleobases
Obor OECD: Electrochemistry (dry cells, batteries, fuel cells, corrosion metals, electrolysis)
Impakt faktor: 5.6, rok: 2024 ; AIS: 0.825, rok: 2024
Způsob publikování: Open access s časovým embargem
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001346862502198X?pes=vor&utm_source=clarivate&getft_integrator=clarivate

Hasoň, Stanislav Fojta, Miroslav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374304

0640724 - BFÚ 2026 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Havran, Luděk - Šebest, Peter - Tüzün, Ece Zeynep - Grüner, Bohumír - Fojta, Miroslav - Fojt, Lukáš
Two-step DNA redox labelling with borane cluster compounds.
Bioelectrochemistry. Roč. 168 (2025), č. článku 109131. ISSN 1567-5394. E-ISSN 1878-562X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-04630S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707 ; RVO:61388980
Klíčová slova: Electrochemistry * boron cluster compounds * DNA redox labelling * carbon electrode * derivatives * indicators * chemistry * electrochemistry * carbon electrodes
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology; 1.4 Chemical sciences (UACH-T)
Impakt faktor: 4.5, rok: 2024 ; AIS: 0.754, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1567539425002348?pes=vor&utm_source=clarivate&getft_integrator=clarivate
Fojt, Lukáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0371304

0617435 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Helia, O. - Matusova, B. - Havlová, Kateřina - Hyskova, A. - Lycka, M. - Beying, N. - Puchta, H. - Fajkus, Jiří - Fojtová, M.
Chromosome engineering points to the cis-acting mechanism of chromosome arm-specific telomere length setting and robustness of plant phenotype, chromatin structure and gene expression.
Plant Journal. Roč. 121, č. 4 (2025), č. článku e70024. ISSN 0960-7412. E-ISSN 1365-313X
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EH22_008/0004581
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: double-strand breaks * homologous recombination * arabidopsis-thaliana * evolution * inversion * sequences * alignment * Arabidopsis thaliana * chromatin structure * chromosome translocation
Obor OECD: Plant sciences, botany
Impakt faktor: 5.7, rok: 2024 ; AIS: 1.647, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/tpj.70024
Fojtová, M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368366

0637716 - BFÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Herklotz, V. - Zhang, M. - Nascimento, T. - Kalfusová, Radka - Lunerová Bedřichová, Jana - Fuchs, J. - Harpke, A. - Huettel, B. - Pfordt, U. - Wissemann, V. - Kovařík, Aleš - Marques, A. - Ritz, C. M.
Bimodal centromeres in pentaploid dogroses shed light on their unique meiosis.
Nature. Roč. 643, č. 8070 (2025). ISSN 0028-0836. E-ISSN 1476-4687
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: genus rosa * evolutionary significance * phylogenetic analysis * microsatellite dna * molecular-biology * read alignment * hybridization * inheritance * origin * chromosomes
Obor OECD: Cell biology
Impakt faktor: 48.5, rok: 2024 ; AIS: 23.37, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41586-025-09171-z
Kovařík, Aleš
- Marques, A.
- Ritz, C. M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368857

0627729 - BFÚ 2026 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Hesko, Ondřej - Pivoňková, Hana - Fojt, Lukáš - Taylor, Andrew - Kopeček, Jaromír - Schwarzová-Pecková, K. - Fojta, Miroslav
Characterization of boron doped diamond electrodes with engineered sp2 carbon content and their application to structure-dependent DNA hybridization.
Bioelectrochemistry. Roč. 164, AUG 2025 (2025), č. článku 108910. ISSN 1567-5394. E-ISSN 1878-562X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05688S; GA MŠMT LM2023051; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707 ; RVO:68378271
Klíčová slova: transfer kinetics * g-quadruplexes * doping level * surface * morphology * electrochemistry * impact * bases
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology; Electrochemistry (dry cells, batteries, fuel cells, corrosion metals, electrolysis) (FZU-D)
Impakt faktor: 4.5, rok: 2024 ; AIS: 0.754, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1567539425000131?via%3Dihub
Schwarzová-Pecková, K.
- Fojta, Miroslav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0366521

0619610 - BFÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Hile, S. E. - Weissensteiner, M. H. - Pytko, K. G. - Dahl, J. - Kejnovský, Eduard - Kejnovská, Iva - Hedglin, M. - Georgakopoulos-Soares, I. - Makova, K.D. - Eckert, K.A.
Replicative DNA polymerase epsilon and delta holoenzymes show wide-ranging inhibition at G-quadruplexes in the human genome.
Nucleic Acids Research. Roč. 53, č. 8 (2025), č. článku gkaf352. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-00580S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: retrotransposition * hexanucleotide repeat * promoter region * loop length * protein-a * c9orf72 * instability * dynamics * rpa
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 13.1, rok: 2024 ; AIS: 5.99, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nar/article/53/8/gkaf352/8121651?login=true
Eckert, K.A.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368430

0638950 - BFÚ 2026 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Horáková, Lucie - Bačovský, Václav - Čegan, Radim - Janoušek, Bohuslav - Patzak, J. - Hobza, Roman
Contrasting pattern of subtelomeric satellites in the Cannabaceae family.
Frontiers in Plant Science. Roč. 16, AUG 19 2025 (2025), č. článku 1631369. ISSN 1664-462X. E-ISSN 1664-462X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-00301S; GA MŠMT(CZ) EH22_008/0004581
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: humulus-japonicus * concerted evolution * sex-chromosomes * dioecious plant * dna * sequence * genus * identification * genome * hemp * subtelomeric repeats * Humulus * satellite divergence * phylogenetics * metaphase chromosomes
Obor OECD: Plant sciences, botany
Impakt faktor: 4.8, rok: 2024 ; AIS: 0.964, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.frontiersin.org/journals/plant-science/articles/10.3389/fpls.2025.1631369/full
Bačovský, Václav
- Hobza, Roman
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0371670

0638532 - BFÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Horáková, Lucie - Jedlička, Pavel - Čegan, Radim - Navrátilová, Pavla - Tanaka, H. - Toyoda, A. - Itoh, T. - Akagi, T. - Ono, E. - Hudzieczek, Vojtěch - Patzak, J. - Šafář, Jan - Hobza, Roman - Bačovský, Václav
Dynamic patterns of repeats and retrotransposons in the centromeres of Humulus lupulus L.
New Phytologist. Roč. 247, č. 6 (2025), s. 2766-2780. ISSN 0028-646X. E-ISSN 1469-8137
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-00301S; GA MŠMT(CZ) EH22_008/0004581
Institucionální podpora: RVO:68081707 ; RVO:61389030
Klíčová slova: chromosome instability * evolution * genome * cenh3 * divergence * dna * asymmetric cell division
Obor OECD: Plant sciences, botany
Impakt faktor: 8.1, rok: 2024 ; AIS: 2.744, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.70380
Hobza, Roman
- Bačovský, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374190

0637220 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Chrenko, D. - Perečková, Jana - Zatloukalová, M. - Vacek, J. - Pospíšil, Jiří - Perečko, Tomáš
Regio- and Stereoselective Synthesis of Nitro-fatty Acids as NRF2 Pathway Activators Working under Ambient or Hypoxic Conditions.
Journal of Medicinal Chemistry. Roč. 68, č. 11 (2025), s. 12172-12184. ISSN 0022-2623. E-ISSN 1520-4804
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-06051S
Institucionální podpora: RVO:68081707 ; RVO:61389030
Klíčová slova: oleic acid * stem * cells * expression * nitration * protein * assay
Obor OECD: Cell biology; Plant sciences, botany (UEB-Q)
Impakt faktor: 6.8, rok: 2024 ; AIS: 1.585, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jmedchem.5c00982
Pospíšil, Jiří
- Perečko, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368650

0636825 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Indu, Indu - Bera, K. - Hritz, J. - Brázda, Václav - Kumar, R.
New Insecticide Designed to Target Ecdysone Receptors of Bemisia tabaci.
ACS Agricultural Science & Technology. Roč. 5, č. 6 (2025), s. 1096-1104. ISSN 2692-1952. E-ISSN 2692-1952
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: ligand-binding * dynamics * alignment * accuracy * virus * Insecticide * molecular docking * molecular dynamicssimulation * principal component analysis
Obor OECD: Organic chemistry
Impakt faktor: 2.9, rok: 2024 ; AIS: 0.405, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsagscitech.5c00066
Bera, K.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368648

0603626 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Janecek, M. - Kührová, Petra - Mlýnský, Vojtech - Stadlbauer, P. - Otyepka, M. - Bussi, G. - Šponer, Jiří - Banáš, Pavel
Computer Folding of Parallel DNA G-Quadruplex: Hitchhiker's Guide to the Conformational Space.
Journal of Computational Chemistry. Roč. 46, č. 1 (2025), č. článku e27535. ISSN 0192-8651. E-ISSN 1096-987X
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: telomeric g-quadruplex * single-molecule fret * amber force-field * g-triplex * g-hairpin * energy landscape * binding-proteins * nucleic-acids * dynamics
Obor OECD: Organic chemistry
Impakt faktor: 4.8, rok: 2024 ; AIS: 0.923, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/jcc.27535
Banáš, Pavel
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0365973

0638531 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Jaroušek, Radim - Daďová, Petra - Litvinchuk, Alexandra - Dobler, Leticia - Kubala, Lukáš
Cholesterol Derivatives Regulate Adenylyl Cyclase 7 Activity by Binding CARC and CRAC Motifs in the Cytosolic Subunits.
ACS Omega. Roč. 10, č. 33 (2025), s. 37039-37052. ISSN 2470-1343. E-ISSN 2470-1343
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: mechanism * domains
Obor OECD: Organic chemistry
Impakt faktor: 4.3, rok: 2024 ; AIS: 0.673, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsomega.5c00741
Kubala, Lukáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0371411

0642915 - BFÚ 2026 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Kejnovský, Eduard - Kubát, Zdeněk - Šponer, Judit E.
Acytota and the evolution of complexity.
European Biophysics Journal With Biophysics Letters. Roč. 54, č. 8 (2025), s. 625-635. ISSN 0175-7571. E-ISSN 1432-1017
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-00580S; GA ČR(CZ) GA24-11400S; GA ČR(CZ) GA22-00364S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: restriction-modification systems * transposable elements * mullers ratchet * dna * paradigm * origin * life * Evolution
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 2.4, rok: 2024 ; AIS: 0.567, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://link.springer.com/article/10.1007/s00249-025-01802-7
Kejnovský, Eduard
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374168

0644639 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kejnovský, Eduard - Jedlička, Pavel - Lexa, M. - Kubát, Zdeněk
Factors determining chromosomal localization of transposable elements in plants.
Plant Biology. Roč. 27, č. 6 (2025), s. 975-989. ISSN 1435-8603. E-ISSN 1438-8677
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: inverted-repeat elements * penelope-like elements * dna methylation * repetitive sequences * ltr-retrotransposons * arabidopsis-thaliana * binding sites * evolution * genome * family * Centromere * chromosomes * plant genome * recombination * transcription factor * transposable elements
Obor OECD: Plant sciences, botany
Impakt faktor: 3.6, rok: 2024 ; AIS: 0.849, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.1111/plb.70057?utm_source=clarivate&getft_integrator=clarivate

Kejnovský, Eduard Kubát, Zdeněk
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374487

0604216 - BFÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Kledus, Filip - Dobrovolná, Michaela - Mergny, Jean-Louis - Brázda, Václav
Asymmetric distribution of G-quadruplex forming sequences in genomes of retroviruses.
Scientific Reports. Roč. 15, č. 1 (2025), č. článku 76. ISSN 2045-2322. E-ISSN 2045-2322
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: terminal repeat promoter * rna g-quadruplexes * myc g-quadruplex * dna * nucleolin * binding * transcription * protein
Obor OECD: Cell biology
Impakt faktor: 3.9, rok: 2024 ; AIS: 1.029, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41598-024-82613-2
Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368161

0641691 - BFÚ 2026 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Kováč, O. - Strapáčová, S. - Hýžd'alová, M. - Pěnčíková, K. - Straková, N. - Slováčková, J. - Kotouček, J. - Kulich, P. - Vondráček, Jan - Machala, M.
Disruption of sphingolipid and glycosphingolipid profiles in human bronchial epithelial cells and extracellular vesicles during gradual benzo[a] pyrene-induced epithelial-to-mesenchymal transition.
Environmental Research. Roč. 285, č. 5 (2025), č. článku 122699. ISSN 0013-9351. E-ISSN 1096-0953
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA24-10086S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: hepatic steatosis * a549 cells * migration * expression * ceramide
Obor OECD: Environmental sciences (social aspects to be 5.7)
Impakt faktor: 7.7, rok: 2024 ; AIS: 1.396, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0013935125019516?pes=vor&utm_source=clarivate&getft_integrator=clarivate
Machala, M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374132

0644606 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kratochvilová, Libuše - Dinová, Alessandra - Valková, Natalia - Dobrovolná, Michaela - Sanchez-Murcia, Pedro A. - Brázda, Václav
Chromatin Immunoprecipitation Reveals p53 Binding to G-Quadruplex DNA Sequences in Myeloid Leukemia Cell Lines.
ACS Bio & Med Chem Au. Roč. 5, č. 2 (2025), s. 283-298. ISSN 2694-2437. E-ISSN 2694-2437
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: mutant p53 * tumor-suppressor * damage responses * cancer * modulation * mutations * requires * complex * model
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.3, rok: 2024 ; AIS: 1.129, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsbiomedchemau.4c00124
Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374452

0639697 - BFÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Krivakova, E. - Michna, M. - Fabiánová, E. - Mareková, M. - Toporcerova, S. - Kubala, Lukáš - Rabajdová, M.
Role of hyaluronan in endometrial receptivity: key insights for implantation and reproductive success.
Reproductive Biology and Endocrinology. Roč. 23, č. 1 (2025), č. článku 125. ISSN 1477-7827. E-ISSN 1477-7827
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: follicle-stimulating-hormone * in-vitro fertilization * embryo-transfer * receptor cd44 * mouse uterus * expression * acid * synthases
Obor OECD: Reproductive biology (medical aspects to be 3)
Impakt faktor: 4.7, rok: 2024 ; AIS: 1.195, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC12465308/
Toporcerova, S.
- Kubala, Lukáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374187

0641858 - ÚEB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kusová, A. - Holá, Marcela - Goffová Petrová, I. - Rudolf, J. - Zachová, D. - Skalák, J. - Hejátko, J. - Klodová, Božena - Přerovská, T. - Lyčka, M. - Sýkorová, Eva - Bertrand, Yann - Fajkus, J. - Honys, David - Procházková Schrumpfová, P.
TRB proteins in moss reveal their evolutionarily conserved roles in plant development and telomere maintenance.
Plant Journal. Roč. 124, č. 3 (2025), č. článku e70574. ISSN 0960-7412. E-ISSN 1365-313X
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2023050; GA ČR(CZ) GA21-15841S; GA ČR(CZ) GX20-01331X; GA MŠMT(CZ) EH22_008/0004581
Výzkumná infrastruktura: Czech-BioImaging III - 90250; e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61389030 ; RVO:68081707 ; RVO:67985939
Klíčová slova: physcomitrella-patens * arabidopsis-thaliana * gene family * 3d growth * attrb1 * localization * expression * insights * homolog * telomeres * gene regulation * protonema * mosses * plant evolution
Obor OECD: Plant sciences, botany
Impakt faktor: 5.7, rok: 2024 ; AIS: 1.647, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1111/tpj.70574
Procházková Schrumpfová, P.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0371870

0605575 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Lemmens, Toon - Šponer, Jiří - Krepl, Miroslav
How Binding Site Flexibility Promotes RNA Scanning by TbRGG2 RRM: A Molecular Dynamics Simulation Study.
Journal of Chemical Information and Modeling. Roč. 65, č. 2 (2025), s. 896-907. ISSN 1549-9596. E-ISSN 1549-960X
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA23-05639S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: pre-ribosomal-rna * recognition motifs * structural basis * cap analog * parameters * proteins * sequence * nmr
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.3, rok: 2024 ; AIS: 1.526, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.4c01954
Krepl, Miroslav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368169

0643799 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Lemmens, Toon - Mlýnský, Vojtech - Šponer, Jiří - Pykal, M. - Banáš, P. - Otyepka, M. - Krepl, Miroslav
The Kink-Turn 7 Motif: An Additional Test for RNA Force Field Performance.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 21, č. 24 (2025), s. 12796-12809. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * large ribosomal-subunit * tertiary interactions * crystal-structure * monovalent ions * parameters
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.5, rok: 2024 ; AIS: 1.52, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.5c00776
Krepl, Miroslav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374118

0604218 - BFÚ 2026 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Lobato, A. - Konjevic, I. - Radisek, S. - Jakše, J. - Volk, H. - Hermanová, Monika - Fojta, Miroslav - Pastika, J. - Sofer, Z. - Gusmao, R. - Hocevar, Samo B. - Tasic, N.
Label-free and sensitive detection of Citrus Bark Cracking Viroid in hop using Ti3C2Tx 3 C 2 T x MXene-modified genosensor.
Sensors and Actuators B - Chemical. Roč. 423, JAN 15 2025 (2025), č. článku 136762. ISSN 0925-4005. E-ISSN 0925-4005
Grant CEP: GA ČR(CZ) GF21-46325L
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: biotin-streptavidin interaction * hydrogen evolution * CBCVd * Viroid * Hop * RNA detection * Impedimetric genosensor * MXene
Obor OECD: Electrochemistry (dry cells, batteries, fuel cells, corrosion metals, electrolysis)
Impakt faktor: 7.7, rok: 2024 ; AIS: 1.02, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0925400524014928?via%3Dihub
Gusmao, R.
- Tasic, N.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368200

0601630 - BFÚ 2026 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Lomoschitz, A. - Meyer, J. - Guitart, T. - Krepl, Miroslav - Lapouge, K. - Hayn, C. - Schweimer, K. - Simon, B. - Šponer, Jiří - Gebauer, F. - Hennig, J.
The Drosophila RNA binding protein Hrp48 binds a specific RNA sequence of the msl-2 mRNA 3' UTR to regulate translation.
Biophysical Chemistry. Roč. 316, JAN 2025 (2025), č. článku 107346. ISSN 0301-4622. E-ISSN 1873-4200
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05639S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: sex-lethal * dosage compensation * crystal-structure * x-chromosome * acetyl transferase * recognition motifs * backbone dynamics * nmr-spectroscopy
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 2.2, rok: 2024 ; AIS: 0.548, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0301462224001753?via%3Dihub
Hennig, J.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0358963

0617436 - BFÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Maleckova, R. - Tumova, S. - Smisitel, P. - Smilek, J. - Simnkova, H. - Pešková, Michaela - Kubáček, L. - Hubálek, J. - Víteček, Jan - Vala, M. - Weiter, M.
Novel conductive PEDOT:DBSA hydrogels with tuneable properties for bioelectronics.
Materials Advances. Roč. 6, č. 4 (2025). E-ISSN 2633-5409
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-01057S; GA ČR(CZ) GA24-10469S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: growth * nerve * cells
Obor OECD: Materials engineering
Impakt faktor: 4.7, rok: 2024 ; AIS: 0.864, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2025/ma/d4ma00987h
Maleckova, R.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368368

0637879 - BFÚ 2026 RIV IE eng J - Článek v odborném periodiku
Malina, Jaroslav - Kostrhunová, Hana - Aldrich-Wright, J.R. - Brabec, V.
Antitumor platinum(II) complex 56MESS binds to DNA G-quadruplexes, downregulates expression of c-MYC and k-RAS oncogenes, and triggers DNA damage in cancer cells.
Chemico-Biological Interactions. Roč. 416, AUG 1 2025 (2025), č. článku 111534. ISSN 0009-2797. E-ISSN 1872-7786
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA24-10213S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: antitumor platinum complex * DNA G-quadruplex * DNA i-Motif * metal-complexes * topoisomerases * identification * superhelicity * derivatives * region
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.4, rok: 2024 ; AIS: 0.843, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0009279725001644?via%3Dihub
Brabec, V.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368854