Nápověda

Oddělení Bioinformatika

Publikace ASEP

Označit vše / Zobrazit všechny roky / Zrušit označení

Označit vše / Zobrazit vše / Zrušit označení

Nalezeno záznamů: 33

0556398 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Boušová, Kristýna - Zouharová, Monika - Heřman, P. - Vymětal, Jiří - Vetýšková, Veronika - Jirásková, Kateřina - Vondrášek, Jiří
TRPM5 Channel Binds Calcium-Binding Proteins Calmodulin and S100A1.
Biochemistry. Roč. 61, č. 6 (2022), s. 413-423. ISSN 0006-2960. E-ISSN 1520-4995
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: ion channel * ryanodine receptor * N-terminus
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 2.9, rok: 2022 ; AIS: 0.987, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/acs.biochem.1c00647
Boušová, Kristýna
Trvalý odkaz: http://hdl.handle.net/11104/0331043

0599995 - ÚOCHB 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
D'Anna, F. - Jareborg, N. - Jetten, M. - Ahokas, M. - Alper, P. - Andrews, R. - Bösl, K. - D'Altri, T. - Faria, D. - Fatima, N. - Fuchs, S. - Garrard, C. - Gu, W. - Heil, K. F. - Kallberg, Y. - Licciulli, F. - Lübke, N. C. - Melo, A. M. P. - Mičetić, I. - Oliveira, J. - Oulas, A. - Palagi, P. M. - Poterlowicz, K. - Perez-Sitja, X. - Ruch, P. - Sansone, S. A. - Schnitzer, H. - van Gelder, C. - Vergoulis, T. - Wibberg, D. - Wittig, U. - Leskošek, B. - Vondrášek, Jiří - Andrabi, M.
A research data management (RDM) community for ELIXIR.
F1000Research. Roč. 13, September (2024), č. článku 230. ISSN 2046-1402
GRANT EU: European Commission(XE) 871075 - ELIXIR-CONVERGE
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: data management * data stewardship * data management plans * FAIR principles * community standards * data management training * research data life cycle * common best practices
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.12688/f1000research.146301.2

D'Anna, F. Jareborg, N.
- Jetten, M.
- Andrabi, M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0357378

0638248 - ÚOCHB 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Diallo, Souleymane - Kašparová, Kateřina - Šulc, Josef - Johny, J. - Křivánek, Jan - Nebesářová, Jana - Sillam-Dussès, D. - Kyjaková, Pavlína - Vondrášek, Jiří - Machara, Aleš - Lukšan, Ondřej - Grosse-Wilde, E. - Hanus, Robert
Identification of the trail-following pheromone receptor in termites.
eLife. Roč. 13, August (2025), č. článku RP101814. ISSN 2050-084X. E-ISSN 2050-084X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-17194S; GA MŠMT(CZ) LM2023050
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:60077344
Klíčová slova: termites * pheromones * odorant receptors * deorphanization * trail-following pheromone
Obor OECD: Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
Impakt faktor: nepřidělen/n.a., rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.7554/eLife.101814
Lukšan, Ondřej
- Hanus, Robert
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368972

0571021 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Fallon, T. R. - Čalounová, Tereza - Mokrejš, Martin - Weng, J. K. - Pluskal, Tomáš
transXpress: a Snakemake pipeline for streamlined de novo transcriptome assembly and annotation.
BMC Bioinformatics. Roč. 24, č. 1 (2023), č. článku 133. ISSN 1471-2105. E-ISSN 1471-2105
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: de novo transcriptome assembly * RNA-seq * non-model organisms * transcriptome annotation * differential expression analysis * reproducible software * high-performance computing
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 2.9, rok: 2023 ; AIS: 1.324, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s12859-023-05254-8
Weng, J. K.
- Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0342339

0579941 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Faltejsková, Kateřina - Vondrášek, Jiří
PAPerFly: Partial Assembly-based Peak Finder for ab initio binding site reconstruction.
BMC Bioinformatics. Roč. 24, č. 1 (2023), č. článku 487. ISSN 1471-2105. E-ISSN 1471-2105
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: ChIP-seq * DNA recognition * transcription factor * peak analysis * algorithm * graph theory
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 2.9, rok: 2023 ; AIS: 1.324, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s12859-023-05613-5

Faltejsková, Kateřina Vondrášek, Jiří
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0348738

0585153 - ÚOCHB 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Feidakis, C. P. - Krivák, Radoslav - Hoksza, D. - Novotný, M.
AHoJ-DB: A PDB-wide Assignment of apo & holo Relationships Based on Individual Protein-Ligand Interactions.
Journal of Molecular Biology. Roč. 436, č. 17 (2024), č. článku 168545. ISSN 0022-2836. E-ISSN 1089-8638
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: apo-holo * protein structure * ligands * binding sites * drug design
Obor OECD: Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
Impakt faktor: 4.5, rok: 2024 ; AIS: 1.896, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.jmb.2024.168545

Feidakis, C. P. Novotný, M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0352895

0552900 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Fejtkova, M. - Sukova, M. - Hložková, K. - Škvárová Kramarzová, K. - Rackova, M. - Jakubec, Dávid - Bakardjieva, M. - Bloomfield, M. - Klocperk, A. - Parackova, Z. - Šedivá, A. - Aluri, J. - Novaková, M. - Kalina, T. - Froňková, E. - Hrušák, O. - Malcova, H. - Sedláček, P. - Liba, Z. - Kudr, M. - Starý, J. - Cooper, M. A. - Svaton, M. - Kanderová, V.
TLR8/TLR7 dysregulation due to a novel TLR8 mutation causes severe autoimmune hemolytic anemia and autoinflammation in identical twins.
American Journal of Hematology. Roč. 97, č. 3 (2022), s. 338-351. ISSN 0361-8609. E-ISSN 1096-8652
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: toll-like receptor 7 * recognition * RNA
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 12.8, rok: 2022 ; AIS: 3.482, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1002/ajh.26452
Svaton, M.
- Kanderová, V.
Trvalý odkaz: http://hdl.handle.net/11104/0327975

0573624 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Galgonek, Jakub - Vondrášek, Jiří
A comparison of approaches to accessing existing biological and chemical relational databases via SPARQL.
Journal of Cheminformatics. Roč. 15, č. 1 (2023), č. článku 61. ISSN 1758-2946. E-ISSN 1758-2946
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: Resource Description Framework * relational database * RDB-to-RDF mapping * SPARQL
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 7.1, rok: 2023 ; AIS: 2.305, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s13321-023-00729-5
Galgonek, Jakub
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0344026

0585417 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Galgonek, Jakub - Vondrášek, Jiří
The IDSM mass spectrometry extension: searching mass spectra using SPARQL.
Bioinformatics. Roč. 40, č. 4 (2024), č. článku btae174. ISSN 1367-4803. E-ISSN 1367-4811
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2023055
GRANT EU: European Commission(XE) 101082304 - BlueRemediomics
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: web services * ontology * access
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 5.4, rok: 2024 ; AIS: 2.831, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae174
Galgonek, Jakub
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0353130

0551576 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Gaspar, C. J. - Vieira, L. C. - Santos, C. C. - Christianson, J. C. - Jakubec, Dávid - Stříšovský, Kvido - Adrain, C. - Domingos, P. M.
EMC is required for biogenesis of Xport-A, an essential chaperone of Rhodopsin-1 and the TRP channel.
Embo Reports. Roč. 23, č. 1 (2022), č. článku e53210. ISSN 1469-221X. E-ISSN 1469-3178
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: ER membrane protein complex * Rh1 * tail anchored proteins * TRP * Xport-A
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 7.7, rok: 2022 ; AIS: 3.179, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.15252/embr.202153210
Adrain, C.
- Domingos, P. M.
Trvalý odkaz: http://hdl.handle.net/11104/0326836

0639853 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Hamšíková, M. - Hurdálek, J. - Simonetti, L. - Ptáček, Jakub - Vydra Boušová, Kristýna - Vondrášek, Jiří - Ivarsson, Y. - Zemanová, L.
Swapped domain orders in ZO-1 PDZ3 fusion proteins – implications for binding of established and novel targets.
Archives of Biochemistry and Biophysics. Roč. 774, December (2025), č. článku 110634. ISSN 0003-9861. E-ISSN 1096-0384
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: fusion proteins * PDZ3 * ZO-1 * Trp-cage * TET3
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3, rok: 2024 ; AIS: 0.741, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1016/j.abb.2025.110634
Zemanová, L.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0370301

0584427 - FGÚ 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Cheema, Marie Munawar - Kotrbová Macáková, Zuzana - Hrčka Krausová, Barbora - Adla, Santosh Kumar - Slavíková, Barbora - Chodounská, Hana - Kratochvíl, Miroslav - Vondrášek, Jiří - Sedlák, David - Balaštík, Martin - Kudová, Eva
5β-reduced neuroactive steroids as modulators of growth and viability of postnatal neurons and glia.
Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology. Roč. 239, May (2024), č. článku 106464. ISSN 0960-0760. E-ISSN 1879-1220
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5107; GA MZd(CZ) NV18-04-00085; GA ČR(CZ) GA21-24571S
Výzkumná infrastruktura: CZ-OPENSCREEN III - 90130; CCP II - 90126
Institucionální podpora: RVO:67985823 ; RVO:61388963 ; RVO:68378050
Klíčová slova: neurosteroids * neuroactive steroids * neurite growth * computational analysis * myelin basic protein * high-content screening
Obor OECD: Clinical neurology; Biochemistry and molecular biology (UMG-J)
Impakt faktor: 2.5, rok: 2024 ; AIS: 0.717, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1016/j.jsbmb.2024.106464
Balaštík, Martin
- Kudová, Eva
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0352546

0638493 - ÚOCHB 2026 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Jirásková, Kateřina - Ptáček, Jakub - Vydra Boušová, Kristýna - Vondrášek, Jiří
Toward reproducible PETase research: A standardized workflow for reliable enzyme production and comparison.
Protein Expression and Purification. Roč. 236, December (2025), č. článku 106801. ISSN 1046-5928. E-ISSN 1096-0279
GRANT EU: European Commission(XE) 101082304 - BlueRemediomics
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: IsPETase * PET degradation * enzyme activity assay * optimization * standardized protocol
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 1.2, rok: 2024 ; AIS: 0.292, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.pep.2025.106801
Jirásková, Kateřina
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0369153

0599343 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kribelbauer-Swietek, J. F. - Pushkarev, O. - Gardeux, V. - Faltejsková, Kateřina - Russeil, J. - van Mierlo, G. - Deplancke, B.
Context transcription factors establish cooperative environments and mediate enhancer communication.
Nature Genetics. Roč. 56, October (2024), s. 2199-2212. ISSN 1061-4036. E-ISSN 1546-1718
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: super-enhancers * cell identity * organization
Obor OECD: Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
Impakt faktor: 29, rok: 2024 ; AIS: 19.053, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41588-024-01892-7

Kribelbauer-Swietek, J. F. Deplancke, B.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0356817

0636655 - MBÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Modrák, Martin - Moon, A. H. - Kim, S. - Buerkner, P. - Huurre, N. - Faltejsková, Kateřina - Gelman, A. - Vehtari, A.
Simulation-Based Calibration Checking for Bayesian Computation: The Choice of Test Quantities Shapes Sensitivity.
Bayesian Analysis. Roč. 20, č. 2 (2025), s. 461-488. ISSN 1931-6690. E-ISSN 1936-0975
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2023055
Institucionální podpora: RVO:61388971 ; RVO:61388963
Klíčová slova: models * calibration * probabilistic programming * software testing
Obor OECD: Microbiology; Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8) (UOCHB-X)
Impakt faktor: 2.5, rok: 2024 ; AIS: 2.334, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://projecteuclid.org/journals/bayesian-analysis/volume-20/issue-2/Simulation-Based-Calibration-Checking-for-Bayesian-Computation--The-Choice/10.1214/23-BA1404.full
Modrák, Martin
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0367617

0637950 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Moos, Marek - Galgonek, Jakub
SPARQL Federated Query Debugging Tool.
Semantic Web. Roč. 16, č. 4 (2025). ISSN 1570-0844. E-ISSN 2210-4968
Grant CEP: GA TA ČR(CZ) TH86010003
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: SPARQL federated query * debugger
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 2.9, rok: 2024 ; AIS: 0.577, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1177/22104968251361286
Moos, Marek
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368723

0565346 - ÚOCHB 2023 RIV SE eng J - Článek v odborném periodiku
Musil, M. - Jezik, A. - Jankujova, M. - Stourac, J. - Galgonek, Jakub - Eyrilmez, S.M. - Vondrášek, Jiří - Damborský, J. - Bednář, D.
Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web.
Computational and Structural Biotechnology Journal. Roč. 20, January (2022), s. 6512-6518. ISSN 2001-0370. E-ISSN 2001-0370
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131; GA MŠMT LX22NPO5102
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: caver * caverdock * channel * FDA-approved drug * tunnel * virtual screening * web
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 6, rok: 2022 ; AIS: 1.411, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.11.031
Bednář, D.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0336898

0580275 - ÚOCHB 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Osifová, Zuzana - Kalvoda, Tadeáš - Galgonek, Jakub - Culka, Martin - Vondrášek, Jiří - Bouř, Petr - Bednárová, Lucie - Andrushchenko, Valery - Dračínský, Martin - Rulíšek, Lubomír
What are the minimal folding seeds in proteins? Experimental and theoretical assessment of secondary structure propensities of small peptide fragments.
Chemical Science. Roč. 15, č. 2 (2024), s. 594-608. ISSN 2041-6520. E-ISSN 2041-6539
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05940S; GA ČR(CZ) GA22-33060S
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: vibrational circular dichroism * spin coupling constants * conformational propensities
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 7.4, rok: 2024 ; AIS: 1.819, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1039/D3SC04960D
Kalvoda, Tadeáš
- Bednárová, Lucie
- Andrushchenko, Valery
- Dračínský, Martin
- Rulíšek, Lubomír
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0349025

0637394 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Polák, L. - Škoda, P. - Riedlová, K. - Krivák, Radoslav - Novotný, M. - Hoksza, D.
PrankWeb 4: a modular web server for protein-ligand binding site prediction and downstream analysis.
Nucleic Acids Research. Roč. 53, č. W1 (2025), W466-W471. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: visualization * optimization * docking
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 13.1, rok: 2024 ; AIS: 5.99, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/nar/gkaf421
Hoksza, D.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368264

0564064 - ÚOCHB 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Rutz, A. - Sorokina, M. - Galgonek, Jakub - Mietchen, D. - Willighagen, E. - Gaudry, A. - Graham, J. G. - Stephan, R. - Page, R. - Vondrášek, Jiří - Steinbeck, C. - Pauli, G. F. - Wolfender, J.-L. - Bisson, J. - Allard, P.-M.
The LOTUS initiative for open knowledge management in natural products research.
eLife. Roč. 11, May (2022), č. článku e70780. ISSN 2050-084X. E-ISSN 2050-084X
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: R package * NMR data * database
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 7.7, rok: 2022 ; AIS: 3.918, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.7554/eLife.70780
Bisson, J.
- Allard, P.-M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0335886

0568720 - ÚOCHB 2023 CZ eng C - Konferenční příspěvek (zahraniční konf.)
Sázelová, Petra - Vetýšková, Veronika - Boušová, Kristýna - Vondrášek, Jiří - Kašička, Václav
Characterization of Ca2+ binding properties of human ameloblastin I and II isoforms and ameloblastin C-term proteins by capillary electrophoresis.
Book of Abstracts and Program. Advances in Chromatography and Electrophoresis & Chiranal 2022. Olomouc: Univerzita Palackého v Olomouci (UPOL), 2022, s. 168-169.
[Advances in Chromatography and Electrophoresis & Chiranal 2022. Olomouc (CZ), 13.06.2022-16.06.2022]
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-03899S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: calcium ion * capillary electrophoresis * human ameloblastin
Obor OECD: Analytical chemistry
Sázelová, Petra
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0339983

0604704 - ÚOCHB 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Škrhák, V. - Novotný, M. - Feidakis, C. P. - Krivák, Radoslav - Hoksza, D.
CryptoBench: cryptic protein-ligand binding sites dataset and benchmark.
Bioinformatics. Roč. 41, č. 1 (2025), č. článku btae745. ISSN 1367-4803. E-ISSN 1367-4811
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: prediction
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 5.4, rok: 2024 ; AIS: 2.831, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae745

Škrhák, V. Hoksza, D.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0362299

0571419 - ÚMG 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Špoutil, František - Aranaz-Novaliches, Gorreti - Procházková, Michaela - Wald, T. - Novosadová, Vendula - Kašpárek, Petr - Osička, Radim - Reseland, J. E. - Lyngstadaas, S. P. - Tiainen, H. - Boušová, Kristýna - Vondrášek, Jiří - Sedláček, Radislav - Procházka, Jan
Early evolution of enamel matrix proteins is reflected by pleiotropy of physiological functions.
Scientific Reports. Roč. 13, č. 1 (2023), č. článku 1471. ISSN 2045-2322. E-ISSN 2045-2322
Grant CEP: GA ČR GJ19-19025Y; GA MŠMT(CZ) EF16_013/0001775; GA MŠMT EF16_013/0001789; GA MŠMT EF18_046/0015861; GA MŠMT ED2.1.00/19.0395; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109; GA MŠMT(CZ) LQ1604; GA MŠMT(CZ) LM2018126; GA MŠMT(CZ) LM2018133; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA MŠMT(CZ) LM2023053
Výzkumná infrastruktura: CCP II - 90126; CCP III - 90236; Czech-BioImaging - 90062
Institucionální podpora: RVO:68378050 ; RVO:61388971 ; RVO:61388963
Klíčová slova: Dental Enamel Proteins * Animals * Amelogenin * Mice
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology; Biochemistry and molecular biology (MBU-M); Biochemistry and molecular biology (UOCHB-X)
Impakt faktor: 3.8, rok: 2023 ; AIS: 1.061, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41598-023-28388-4

Špoutil, František Procházka, Jan
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0342646

0619146 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šulc, Josef - Vondrášek, Jiří
Unraveling the Tether: Exploring Representative Protein Linkers and Their Structural and Thermodynamical Properties.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 129, č. 15 (2025), s. 3720-3730. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2023055
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: free energy * dynamics * entropies
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 2.9, rok: 2024 ; AIS: 0.663, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.4c04194
Vondrášek, Jiří
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0365873

0559020 - ÚOCHB 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Tretyachenko, V. - Vymětal, Jiří - Neuwirthova, T. - Vondrášek, Jiří - Fujishima, K. - Hlouchová, Klára
Modern and prebiotic amino acids support distinct structural profiles in proteins.
Open Biology. Roč. 12, č. 6 (2022), č. článku 220040. ISSN 2046-2441. E-ISSN 2046-2441
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: protein sequence space * protein structure * amino acid alphabet * genetic code evolution * random proteins
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.8, rok: 2022 ; AIS: 1.953, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1098/rsob.220040
Hlouchová, Klára
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0332442

0583294 - ÚOCHB 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Vetýšková, Veronika - Hubálek, Martin - Šulc, Josef - Procházka, Jan - Vondrášek, Jiří - Vydra Boušová, Kristýna
Proteolytic profiles of two isoforms of human AMBN expressed in E. coli by MMP-20 and KLK-4 proteases.
Heliyon. Roč. 10, č. 2 (2024), č. článku e24564. ISSN 2405-8440. E-ISSN 2405-8440
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:68378050
Klíčová slova: ameloblastin * proteolytic analysis * MMP-20 * KLK-4 * enzymatic cleavage products
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.6, rok: 2024 ; AIS: 0.613, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2024.e24564
Vondrášek, Jiří
- Vydra Boušová, Kristýna
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0351295

0558955 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Vetýšková, Veronika - Zouharová, Monika - Boušová, Kristýna
Production of recombinant human ameloblastin by a fully native purification pathway.
Protein Expression and Purification. Roč. 198, October (2022), č. článku 106133. ISSN 1046-5928. E-ISSN 1096-0279
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: ameloblastin * oligomerization * protein native conditions * purification * twin strep-tag
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 1.6, rok: 2022 ; AIS: 0.292, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1016/j.pep.2022.106133
Boušová, Kristýna
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0332436

0644528 - ÚOCHB 2027 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Vetýšková, Veronika - Kašparová, P. - Bednárová, Lucie - Hájek, Miroslav - Luxa, J. - Bautista, A. B. - Reseland, J. E. - Maťátková, O. - Masák, J. - Vondrášek, Jiří - Vydra Boušová, Kristýna
Antimicrobial peptides derived from human ameloblastin targeting biofilms.
BMC Oral Health. Roč. 26, č. 24 (2026), č. článku 24. ISSN 1472-6831. E-ISSN 1472-6831
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: ameloblastin * antimicrobial peptides * bacterial biofilm * tooth enamel * IDP
Impakt faktor: 3.1, rok: 2024 ; AIS: 0.666, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s12903-025-07433-w
Vondrášek, Jiří
- Vydra Boušová, Kristýna
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374349

0641713 - ÚOCHB 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Vorontsov, I. E. - Kozin, I. - Abramov, S. - Boytsov, A. - Jolma, A. - Albu, M. - Ambrosini, G. - Faltejsková, Kateřina - Gralak, A. J. - Gryzunov, N. - Inukai, S. - Kolmykov, S. - Kravchenko, P. - Kribelbauer-Swietek, J. F. - Laverty, K. U. - Nozdrin, V. - Patel, Z. M. - Penzar, D. - Plescher, M. L. - Pour, S. E. - Razavi, R. - Yang, A. W. H. - Yevshin, I. - Zinkevich, A. - Weirauch, M. T. … celkem 34 autorů
Cross-platform motif discovery and benchmarking to explore binding specificities of poorly studied human transcription factors.
Communications Biology. Roč. 8, November (2025), č. článku 1545. E-ISSN 2399-3642
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: sites * collection * HOCOMOCO
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 5.1, rok: 2024 ; AIS: 2.063, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s42003-025-08909-9
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0371768

0576684 - ÚOCHB 2024 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Vydra Boušová, Kristýna - Zouharová, Monika - Jirásková, Kateřina - Vetýšková, Veronika
Interaction of Calmodulin with TRPM: An Initiator of Channel Modulation.
International Journal of Molecular Sciences. Roč. 24, č. 20 (2023), č. článku 15162. ISSN 1661-6596. E-ISSN 1422-0067
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: TRPM channels * calmodulin * calcium homeostasis * calmodulin binding site * regulation
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.9, rok: 2023 ; AIS: 1.055, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.3390/ijms242015162
Vydra Boušová, Kristýna
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0346129

0562066 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Vymětal, Jiří - Vondrášek, Jiří
Iterative Landmark-Based Umbrella Sampling (ILBUS) Protocol for Sampling of Conformational Space of Biomolecules.
Journal of Chemical Information and Modeling. Roč. 62, č. 19 (2022), s. 4783-4798. ISSN 1549-9596. E-ISSN 1549-960X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-03488S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: Monte-carlo simulation * molecular dynamics * alanine dipeptidea
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.6, rok: 2022 ; AIS: 1.278, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c00370
Vondrášek, Jiří
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0334483

0559713 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Vymětal, Jiří - Mertová, Kateřina - Boušová, Kristýna - Šulc, Josef - Tripsianes, K. - Vondrášek, Jiří
Fusion of two unrelated protein domains in a chimera protein and its 3D prediction: Justification of the x-ray reference structures as a prediction benchmark.
Proteins-Structure, Function and Bioinformatics. Roč. 90, č. 12 (2022), s. 2067-2079. ISSN 0887-3585. E-ISSN 1097-0134
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA ČR(CZ) GA19-03488S
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: 3D structure prediction * fusion proteins * molecular simulations * X-ray crystallography
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 2.9, rok: 2022 ; AIS: 1.02, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1002/prot.26398
Vondrášek, Jiří
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0332921

0617628 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Zouharová, Monika - Heřman, P. - Bednárová, Lucie - Vetýšková, Veronika - Hadravová, Romana - Poštulková, Klára - Zemanová, L. - Vondrášek, Jiří - Vydra Boušová, Kristýna
Oligomerization Function of the Native Exon 5 Sequence of Ameloblastin Fused with Calmodulin.
ACS Omega. Roč. 10, č. 8 (2025), s. 7741-7751. ISSN 2470-1343. E-ISSN 2470-1343
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: protein * binding * design
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.3, rok: 2024 ; AIS: 0.673, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acsomega.4c07953
Vondrášek, Jiří
- Vydra Boušová, Kristýna
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0364530