Publikace ASEP
0570271 - ÚPT 2024 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Benešová, Markéta - Bernatová, Silvie - Mika, Filip - Pokorná, Zuzana - Ježek, Jan - Šiler, Martin - Samek, Ota - Růžička, F. - Rebrošová, K. - Zemánek, Pavel - Pilát, Zdeněk
SERS-Tags: Selective Immobilization and Detection of Bacteria by Strain-Specific Antibodies and Surface-Enhanced Raman Scattering.
Biosensors. Roč. 13, č. 2 (2023), č. článku 182. E-ISSN 2079-6374
Grant CEP: GA MZd(CZ) NU21-05-00341
AV ČR(CZ) MSM100652101
Program na podporu mezinárodní spolupráce začínajících výzkumných pracovníků
Výzkumná infrastruktura: Czech-BioImaging III - 90250
Institucionální podpora: RVO:68081731
Klíčová slova: SERS-tag * Escherichia coli * sandwich immunoassay * single-cell detection
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 4.9, rok: 2023 ; AIS: 0.765, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/2079-6374/13/2/182
Samek, Ota
- Pilát, Zdeněk
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0344482
0579366 - ÚPT 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Brzobohatý, Oto - Duchaň, Martin - Jákl, Petr - Ježek, Jan - Šiler, Martin - Zemánek, Pavel - Simpson, Stephen Hugh
Synchronization of spin-driven limit cycle oscillators optically levitated in vacuum.
Nature Communications. Roč. 14, č. 1 (2023), č. článku 5441. ISSN 2041-1723. E-ISSN 2041-1723
Grant CEP: GA ČR(CZ) GF21-19245K; GA MŠMT(CZ) EF16_026/0008460
AV ČR(CZ) AP2002
Akademická prémie - Praemium Academiae
Institucionální podpora: RVO:68081731
Klíčová slova: optical levitation * optical binding * synchronization
Obor OECD: Optics (including laser optics and quantum optics)
Impakt faktor: 14.7, rok: 2023 ; AIS: 5.66, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41467-023-41129-5
Brzobohatý, Oto
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0348201
0637396 - ÚPT 2026 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Duchaň, Martin - Šiler, Martin - Jákl, Petr - Brzobohatý, Oto - Rakhubovsky, A. - Filip, R. - Zemánek, Pavel
Nanomechanical state amplifier based on optical inverted pendulum.
COMMUNICATIONS PHYSICS. Roč. 8, č. 1 (2025), č. článku 276. ISSN 2399-3650. E-ISSN 2399-3650
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-06224S; GA MŠMT EH22_008/0004649
AV ČR(CZ) AP2002
Akademická prémie - Praemium Academiae
Institucionální podpora: RVO:68081731
Klíčová slova: Nanoparticles * Nanophotonics and plasmonics * Optomechanics * Statistical physics
Obor OECD: Optics (including laser optics and quantum optics)
Impakt faktor: 5.8, rok: 2024 ; AIS: 2.003, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s42005-025-02193-z
Šiler, Martin
- Filip, R.
- Zemánek, Pavel
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0371671
0638398 - ÚPT 2026 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Ghazalová, Mona - Modlitbová, Pavlína - Samek, Ota - Rebrošová, K. - Šiler, Martin - Ježek, Jan - Pilát, Zdeněk
Surface-Enhanced Raman Spectroscopy for Adenine Detection in Five Selected Bacterial Strains Under Stress Conditions.
Sensors. Roč. 25, č. 15 (2025), č. článku 4629. ISSN 1424-8220. E-ISSN 1424-8220
GRANT EU: European Commission(XE) 101135175 - uCAIR
Výzkumná infrastruktura: Czech-BioImaging III - 90250
Institucionální podpora: RVO:68081731
Klíčová slova: SERS * Ag-NPs * Au-NPs * phenylalanine * Escherichia coli * Staphylococcus aureus
Impakt faktor: 3.5, rok: 2024 ; AIS: 0.618, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/1424-8220/25/15/4629
Samek, Ota
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0369067
0552078 - ÚPT 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Jákl, Petr - Šiler, Martin - Ježek, Jan - Cifuentes, Angel S. - Traegaardh, Johanna - Zemánek, Pavel - Čižmár, Tomáš
Endoscopic Imaging Using a Multimode Optical Fibre Calibrated with Multiple Internal References.
Photonics. Roč. 9, č. 1 (2022), č. článku 37. E-ISSN 2304-6732
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000476; GA MŠMT(CZ) LO1212; GA MŠMT ED0017/01/01
Institucionální podpora: RVO:68081731
Klíčová slova: fibre endoscopy * spatial light modulator * transmission matrix
Obor OECD: Optics (including laser optics and quantum optics)
Impakt faktor: 2.4, rok: 2022 ; AIS: 0.426, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/2304-6732/9/1/37
Jákl, Petr
Trvalý odkaz:
http://hdl.handle.net/11104/0327230
0574278 - ÚPT 2024 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Koch, S. M. - Freidank-Pohl, C. - Siontas, O. - Cortesao, M. - Mota, A. - Runzheimer, K. - Jung, S. - Rebrošová, K. - Šiler, Martin - Moeller, R. - Meyer, V.
Aspergillus niger as a cell factory for the production of pyomelanin, a molecule with UV-C radiation shielding activity.
Frontiers in Microbiology. Roč. 14, 20 July (2023), č. článku 1233740. ISSN 1664-302X. E-ISSN 1664-302X
Grant CEP: GA MZd(CZ) NU21-05-00341
Institucionální podpora: RVO:68081731
Klíčová slova: Aspergillus niger * melanin * pyomelanin * radioprotection * cosmic radiation * space exploration
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 4, rok: 2023 ; AIS: 1.049, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2023.1233740/full
Koch, S. M. Freidank-Pohl, C.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0344613
0588126 - ÚPT 2025 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Liška, Vojtěch - Zemánková, Tereza - Jákl, Petr - Šiler, Martin - Simpson, Stephen Hugh - Zemánek, Pavel - Brzobohatý, Oto
PT-like phase transition and limit cycle oscillations in non-reciprocally coupled optomechanical oscillators levitated in vacuum.
Nature Physics. Roč. 20, č. 10 (2024), s. 1622-1628. ISSN 1745-2473. E-ISSN 1745-2481
Grant CEP: GA ČR(CZ) GF21-19245K; GA MŠMT(CZ) EF16_026/0008460
AV ČR(CZ) AP2002
Akademická prémie - Praemium Academiae
Institucionální podpora: RVO:68081731
Klíčová slova: optical levitation * optical binding * non-recirprocal interaction * non-Hermitian dynamics
Obor OECD: Optics (including laser optics and quantum optics)
Impakt faktor: 16, rok: 2024 ; AIS: 7.426, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.nature.com/articles/s41567-024-02590-1
Simpson, Stephen Hugh
- Brzobohatý, Oto
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0355152
0598699 - ÚPT 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Maňka, Tadeáš - Šiler, Martin - Liška, Vojtěch - Zemánek, Pavel - Šerý, Mojmír - Brzobohatý, Oto
Simulation of optomechanical interaction of levitated nanoparticle with photonic crystal micro cavity.
Optics Express. Roč. 32, č. 5 (2024), s. 7185-7196. ISSN 1094-4087
Grant CEP: GA MŠMT EH22_008/0004649; GA ČR(CZ) GF21-19245K; GA TA ČR(CZ) TN02000020
AV ČR(CZ) AP2002
Akademická prémie - Praemium Academiae
Institucionální podpora: RVO:68081731
Klíčová slova: Optical trapping * photonic crystal cavity * resonator * finite difference time domain
Obor OECD: Optics (including laser optics and quantum optics)
Impakt faktor: 3.3, rok: 2024 ; AIS: 0.654, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://opg.optica.org/oe/fulltext.cfm?uri=oe-32-5-7185&id=546570
Maňka, Tadeáš
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0356320
0553555 - ÚPT 2023 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Rebrošová, K. - Bernatová, Silvie - Šiler, Martin - Uhlířová, M. - Samek, Ota - Ježek, Jan - Holá, V. - Růžička, F. - Zemánek, Pavel
Raman spectroscopy - a tool for rapid differentiation among microbes causing urinary tract infections.
Analytica Chimica Acta. Roč. 1191, 25 January (2022), č. článku 339292. ISSN 0003-2670. E-ISSN 1873-4324
Grant CEP: GA MZd(CZ) NU21-05-00341; GA MŠMT EF15_003/0000476; GA MŠMT(CZ) LO1212; GA MŠMT ED0017/01/01
Institucionální podpora: RVO:68081731
Klíčová slova: Raman spectroscopy * Urinary tract infections * Raman tweezers * Optical trapping * Bacteria
Obor OECD: Optics (including laser optics and quantum optics)
Impakt faktor: 6.2, rok: 2022 ; AIS: 0.936, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0003267021011181
Rebrošová, K.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0333541
0574930 - ÚPT 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Rebrošová, K. - Bernatová, Silvie - Šiler, Martin - Mašek, Jan - Samek, Ota - Ježek, Jan - Kizovský, Martin - Holá, V. - Zemánek, Pavel - Růžička, F.
Rapid Identification of Pathogens Causing Bloodstream Infections by Raman Spectroscopy and Raman Tweezers.
Microbiology Spectrum. Roč. 11, č. 3 (2023), č. článku e0002823. ISSN 2165-0497. E-ISSN 2165-0497
Grant CEP: GA MZd(CZ) NU21-05-00341; GA MŠMT EF15_003/0000476; GA MŠMT(CZ) LO1212; GA MŠMT ED0017/01/01
Výzkumná infrastruktura: Czech-BioImaging III - 90250
Institucionální podpora: RVO:68081731 ; RVO:68081707
Klíčová slova: Raman spectroscopy * bloodstream infections * diagnostics * sepsis * bacteria * Candida * Raman tweezers
Obor OECD: Optics (including laser optics and quantum optics); Microbiology (BFU-R)
Impakt faktor: 3.7, rok: 2023 ; AIS: 1.02, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://journals.asm.org/doi/10.1128/spectrum.00028-23
Rebrošová, K. Růžička, F.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0344987
0577394 - ÚPT 2024 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Siems, K. - Runzheimer, K. - Rebrošová, K. - Etzbach, L. - Auerhammer, A. - Rehm, A. - Schwengers, O. - Šiler, Martin - Samek, Ota - Růžička, F. - Moeller, R.
Identification of staphyloxanthin and derivates in yellow-pigmented Staphylococcus capitis subsp. capitis.
Frontiers in Microbiology. Roč. 14, 29 September (2023), č. článku 1272734. ISSN 1664-302X. E-ISSN 1664-302X
Grant CEP: GA MZd(CZ) NU21-05-00341
Institucionální podpora: RVO:68081731
Klíčová slova: Staphylococcus capitis * staphyloxanthin * coagulase-negative staphylococci (CoNS) * carotenoids * bacterial pigments
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 4, rok: 2023 ; AIS: 1.049, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2023.1272734/full
Moeller, R.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0348042
0571074 - ÚPT 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Stibůrek, Miroslav - Ondráčková, Petra - Tučková, Tereza - Turtaev, S. - Šiler, Martin - Pikálek, Tomáš - Jákl, Petr - Gomes, A. D. - Krejčí, Jana - Kolbábková, Petra - Uhlířová, Hana - Čižmár, Tomáš
110 μm thin endo-microscope for deep-brain in vivo observations of neuronal connectivity, activity and blood flow dynamics.
Nature Communications. Roč. 14, č. 1 (2023), č. článku 1897. ISSN 2041-1723. E-ISSN 2041-1723
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000476; GA MŠMT(CZ) EF16_013/0001775
GRANT EU: European Commission(XE) 101016787 - DEEPER
Výzkumná infrastruktura: Czech-BioImaging II - 90129
Institucionální podpora: RVO:68081731 ; RVO:68081707
Klíčová slova: holographic endoscopy * multi-mode fibre * in vivo * imaging * brain * mouse * calcium imaging * blood flow
Obor OECD: Optics (including laser optics and quantum optics); 1.7 Other natural sciences (BFU-R)
Impakt faktor: 14.7, rok: 2023 ; AIS: 5.66, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41467-023-36889-z
Uhlířová, Hana
- Čižmár, Tomáš
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0342381
0574797 - ÚPT 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šiler, Martin - Svak, Vojtěch - Jonáš, Alexandr - Simpson, Stephen Hugh - Brzobohatý, Oto - Zemánek, Pavel
Bayesian Estimation of Experimental Parameters in Stochastic Inertial Systems: Theory, Simulations, and Experiments with Objects Levitated in Vacuum.
Physical Review Applied. Roč. 19, č. 6 (2023), č. článku 064059. ISSN 2331-7019. E-ISSN 2331-7019
Grant CEP: GA ČR(CZ) GF21-19245K; GA MŠMT(CZ) EF16_026/0008460
AV ČR(CZ) AP2002
Akademická prémie - Praemium Academiae
Institucionální podpora: RVO:68081731
Klíčová slova: optical levitation * force estimation * stochastic processes
Obor OECD: Optics (including laser optics and quantum optics)
Impakt faktor: 3.8, rok: 2023 ; AIS: 1.284, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://journals.aps.org/prapplied/abstract/10.1103/PhysRevApplied.19.064059
https://arxiv.org/pdf/2212.14043
Šiler, Martin
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0344833
0641617 - ÚPT 2026 RIV US eng C - Konferenční příspěvek (zahraniční konf.)
Šiler, Martin - Duchaň, Martin - Jákl, Petr - Brzobohatý, Oto - Filip, R. - Zemánek, Pavel
Nano-mechanical amplifier of optically levitated particle state.
Optical Trapping and Optical Micromanipulation XXII. Bellingham: SPIE, 2025 - (Dholakia, K.; Rubinsztein-Dunlop, H.), č. článku 1358007. Proceedings of SPIE, 13580. ISBN 9781510690684. ISSN 0277-786X.
[Optical Trapping and Optical Micromanipulation /22./. San Diego (US), 03.08.2025-07.08.2025]
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-06224S; GA MŠMT EH22_008/0004649
AV ČR(CZ) AP2002
Akademická prémie - Praemium Academiae
Institucionální podpora: RVO:68081731
Klíčová slova: optically levitated particle * opto-mechanical amplification * stroboscopic potential change * potential quench * quantum ground state
Obor OECD: Optics (including laser optics and quantum optics)
https://www.spiedigitallibrary.org/conference-proceedings-of-spie/13580/3065488/Nano-mechanical-amplifier-of-optically-levitated-particle-state/10.1117/12.3065488.full
Šiler, Martin
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0371725
0579192 - ÚPT 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Vaculík, Ondřej - Bernatová, Silvie - Rebrošová, K. - Samek, Ota - Šilhan, Lukáš - Růžička, F. - Šerý, Mojmír - Šiler, Martin - Ježek, Jan - Zemánek, Pavel
Rapid identification of pathogens in blood serum via Raman tweezers in combination with advanced processing methods.
Biomedical Optics Express. Roč. 14, č. 12 (2023), s. 6410-6421. ISSN 2156-7085. E-ISSN 2156-7085
Grant CEP: GA MPO(CZ) FV40455; GA TA ČR(CZ) FW06010453; GA MZd(CZ) NU21-05-00341
Institucionální podpora: RVO:68081731
Klíčová slova: Raman tweezers * blood serum * Raman spectroscopy * bloodstream infections * diagnostics * sepsis
Obor OECD: Optics (including laser optics and quantum optics)
Impakt faktor: 2.9, rok: 2023 ; AIS: 0.719, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://opg.optica.org/boe/fulltext.cfm?uri=boe-14-12-6410&id=542842
Vaculík, Ondřej
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0348043