Publikace ASEP
0585153 - ÚOCHB 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Feidakis, C. P. - Krivák, Radoslav - Hoksza, D. - Novotný, M.
AHoJ-DB: A PDB-wide Assignment of apo & holo Relationships Based on Individual Protein-Ligand Interactions.
Journal of Molecular Biology. Roč. 436, č. 17 (2024), č. článku 168545. ISSN 0022-2836. E-ISSN 1089-8638
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: apo-holo * protein structure * ligands * binding sites * drug design
Obor OECD: Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
Impakt faktor: 4.5, rok: 2024 ; AIS: 1.896, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.jmb.2024.168545
Feidakis, C. P. Novotný, M.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0352895
0637394 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Polák, L. - Škoda, P. - Riedlová, K. - Krivák, Radoslav - Novotný, M. - Hoksza, D.
PrankWeb 4: a modular web server for protein-ligand binding site prediction and downstream analysis.
Nucleic Acids Research. Roč. 53, č. W1 (2025), W466-W471. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: visualization * optimization * docking
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 13.1, rok: 2024 ; AIS: 5.99, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/nar/gkaf421
Hoksza, D.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0368264
0604704 - ÚOCHB 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Škrhák, V. - Novotný, M. - Feidakis, C. P. - Krivák, Radoslav - Hoksza, D.
CryptoBench: cryptic protein-ligand binding sites dataset and benchmark.
Bioinformatics. Roč. 41, č. 1 (2025), č. článku btae745. ISSN 1367-4803. E-ISSN 1367-4811
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: prediction
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 5.4, rok: 2024 ; AIS: 2.831, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae745
Škrhák, V. Hoksza, D.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0362299