Samusevich Raman

0605077 - ÚOCHB 2025 RIV US eng C - Konferenční příspěvek (zahraniční konf.)
Bushuiev, Roman - Bushuiev, A. - de Jonge, N. F. - Young, A. - Kretschmer, F. - Samusevich, Raman - Heirman, J. - Wang, F. - Zhang, L. - Dührkop, K. - Ludwig, M. - Haupt, N. A. - Kalia, A. - Brungs, Corinna - Schmid, Robin - Greiner, R. - Wang, B. - Wishart, D. S. - Liu, L. P. - Rousu, J. - Bittremieux, W. - Rost, H. - Mak, T. D. - Hassoun, S. - Huber, F. - van der Hooft, J. J. J. - Stravs, M. A. - Böcker, S. - Šivic, J. - Pluskal, Tomáš
MassSpecGym: A benchmark for the discovery and identification of molecules.
NeurIPS 2024. 38th Conference on Neural Information Processing Systems. San Diego: NeurIPS, 2024.
[NeurIPS 2024. Conference on Neural Information Processing Systems /38./. Vancouver (CA), 10.12.2024-15.12.2024]
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: molecule discovery * mass spectrometry * small molecules * metabolomics * generative modeling * benchmark * dataset
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
https://doi.org/10.48550/arXiv.2410.23326
Šivic, J.
- Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0362656

0644670 - ÚOCHB 2027 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Engst, Martin - Brokeš, Martin - Čalounová, Tereza - Samusevich, Raman - Bushuiev, Roman - Bushuiev, A. - Chatpatanasiri, R. - Tajovská, Adéla - Akmeşe, Safa Mert - Perković, Milana - Soldát, Matouš - Šivic, J. - Pluskal, Tomáš
MARTS-DB: a database of mechanisms and reactions of terpene synthases.
BMC Bioinformatics. Roč. 27, č. 1 (2026), č. článku 10. ISSN 1471-2105. E-ISSN 1471-2105
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 101170268 - TerpenCode; European Commission(XE) 101168583 - ModBioTerp
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: database * terpenoid * terpene synthase * carbocation rearrangement * reaction mechanism * terpene
Impakt faktor: 3.3, rok: 2024 ; AIS: 1.203, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s12859-025-06341-8
Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374533

0585931 - ÚOCHB 2025 RIV AT eng C - Konferenční příspěvek (zahraniční konf.)
Kirjner, A. - Yim, J. - Samusevich, Raman - Bracha, S. - Jaakkola, T. - Barzilay, R. - Fiete, I.
Improving protein optimization with smoothed fitness landscapes.
ICLR 2024. The Twelfth International Conference on Learning Representations. Vienna: ICLR, 2024.
[ICLR 2024. International Conference on Learning Representations /12./. Vienna (AT), 07.05.2024-11.05.2024]
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: protein design * discrete optimization * protein engineering * Markov chain Monte Carlo * graph signal processing
Obor OECD: Other biological topics
https://openreview.net/forum?id=rxlF2Zv8x0
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0353566

0576534 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kouba, P. - Kohout, P. - Haddadi, F. - Bushuiev, A. - Samusevich, Raman - Sedlář, J. - Damborský, J. - Pluskal, Tomáš - Šivic, J. - Mazurenko, S.
Machine Learning-Guided Protein Engineering.
ACS Catalysis. Roč. 13, č. 21 (2023), s. 13863-13895. ISSN 2155-5435. E-ISSN 2155-5435
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M; GA MŠMT(CZ) LM2023055; GA MŠMT LX22NPO5102
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Výzkumná infrastruktura: RECETOX RI II - 90269
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: activity * artificial intelligence * biocatalysis * deep learning * protein design
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 11.7, rok: 2023 ; AIS: 2.948, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acscatal.3c02743
Pluskal, Tomáš
- Šivic, J.
- Mazurenko, S.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0346095

0643722 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kurfürst, Jaroslav - Volek, Martin - Samusevich, Raman - Pluskal, Tomáš - Curtis, Edward A.
Using structured libraries, selection, and machine learning to rapidly explore the sequence space of a fluorescent deoxyribozyme.
Nucleic Acids Research. Roč. 53, č. 22 (2025), č. článku gkaf1348. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA24-11210S; GA MŠMT(CZ) EH22_008/0004575
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: in vitro selection * fitness landscape * RNA * aptamers
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 13.1, rok: 2024 ; AIS: 5.99, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/nar/gkaf1348
Curtis, Edward A.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0373591