Mokshyna Olena

0586544 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Heuckeroth, S. - Damiani, Tito - Smirnov, A. - Mokshyna, Olena - Brungs, Corinna - Korf, Ansgar - Smith, Joshua David - Stincone, P. - Dreolin, N. - Nothias, L.-F. - Hyötyläinen, T. - Orešič, M. - Karst, U. - Dorrestein, P. C. - Petras, D. - Du, X. - van der Hooft, J. J. J. - Schmid, Robin - Pluskal, Tomáš
Reproducible mass spectrometry data processing and compound annotation in MZmine 3.
Nature Protocols. Roč. 19, č. 9 (2024), s. 2597-2641. ISSN 1754-2189. E-ISSN 1750-2799
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M; GA MŠMT(CZ) EH22_010/0002733
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: metabolomics data * spectra * repository
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 16, rok: 2024 ; AIS: 7.426, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1038/s41596-024-00996-y
Schmid, Robin
- Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0354007

0601344 - ÚOCHB 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Ivanová, A. - Mokshyna, Olena - Polishchuk, P.
StreaMD: the toolkit for high-throughput molecular dynamics simulations.
Journal of Cheminformatics. Roč. 16, č. 1 (2024), č. článku 123. ISSN 1758-2946. E-ISSN 1758-2946
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131; GA MŠMT(CZ) LM2023055
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254; CZ-OPENSCREEN III - 90130; CZ-OPENSCREEN IV - 90252
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: molecular dynamics * high-throughput molecular dynamics * distributed simulations * GROMACS
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 5.7, rok: 2024 ; AIS: 2.265, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s13321-024-00918-w
Polishchuk, P.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0358569

0587162 - ÚMG 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Řehulka, J. - Jurášek, M. - Dráber, Pavel - Ivanová, A. - Gurská, S. - Ječmenová, K. - Mokshyna, Olena - Hajdúch, M. - Polishchuk, P. - Drašar, P. B. - Džubák, P.
Click estradiol dimers with novel aromatic bridging units: synthesis and anticancer evaluation.
Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry. Roč. 39, č. 1 (2024), č. článku 2367139. ISSN 1475-6366. E-ISSN 1475-6374
Grant CEP: GA MŠMT LM2023052; GA MŠMT LX22NPO5102
Výzkumná infrastruktura: EATRIS-CZ IV - 90253; e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:68378050 ; RVO:61388963
Klíčová slova: estradiol dimers * EDs variants * structural modification
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.4, rok: 2024 ; AIS: 0.725, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/14756366.2024.2367139
Jurášek, M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0354427

0574795 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Schmid, Robin - Heuckeroth, S. - Korf, A. - Smirnov, A. - Myers, O. - Dyrlund, T. S. - Bushuiev, Roman - Murray, K. J. - Hoffmann, N. - Lu, M. - Sarvepalli, A. - Zhang, Z. - Fleischauer, M. - Dührkop, K. - Wesner, M. - Hoogstra, S. J. - Rudt, E. - Mokshyna, Olena - Brungs, Corinna - Ponomarov, Kirill - Mutabdžija, Lana - Damiani, Tito - Pudney, C. J. - Earll, M. - Helmer, P. O. - Fallon, T. R. - Schulze, T. - Rivas-Ubach, A. - Bilbao, A. - Richter, H. - Nothias, L. F. - Wang, M. - Orešič, M. - Weng, J. K. - Böcker, S. - Jeibmann, A. - Hayen, H. - Karst, U. - Dorrestein, P. C. - Petras, D. - Du, X. - Pluskal, Tomáš
Integrative analysis of multimodal mass spectrometry data in MZmine 3.
Nature Biotechnology. Roč. 41, č. 4 (2023), s. 447-449. ISSN 1087-0156. E-ISSN 1546-1696
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: mass spectrometry * data processing * ion mobility * MALDI
Obor OECD: Analytical chemistry
Impakt faktor: 33.1, rok: 2023 ; AIS: 27.963, rok: 2023
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1038/s41587-023-01690-2
Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0344852