0585897 - ÚOCHB 2025 RIV AT eng C - Konferenční příspěvek (zahraniční konf.)
Bushuiev, A. - Bushuiev, Roman - Kouba, P. - Filkin, A. - Gabrielová, M. - Gabriel, M. - Sedlář, J. - Pluskal, Tomáš - Damborský, J. - Mazurenko, S. - Šivic, J.
Learning to design protein-protein interactions with enhanced generalization.
ICLR 2024. The Twelfth International Conference on Learning Representations. Vienna: ICLR, 2024.
[ICLR 2024. International Conference on Learning Representations /12./. Vienna (AT), 07.05.2024-11.05.2024]
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2023055; GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254; RECETOX RI II - 90269
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: protein-protein interactions * protein design * generalization * self-supervised learning * equivariant 3D representations
Obor OECD: Other biological topics
https://openreview.net/forum?id=xcMmebCT7s
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0353542

0605077 - ÚOCHB 2025 RIV US eng C - Konferenční příspěvek (zahraniční konf.)
Bushuiev, Roman - Bushuiev, A. - de Jonge, N. F. - Young, A. - Kretschmer, F. - Samusevich, Raman - Heirman, J. - Wang, F. - Zhang, L. - Dührkop, K. - Ludwig, M. - Haupt, N. A. - Kalia, A. - Brungs, Corinna - Schmid, Robin - Greiner, R. - Wang, B. - Wishart, D. S. - Liu, L. P. - Rousu, J. - Bittremieux, W. - Rost, H. - Mak, T. D. - Hassoun, S. - Huber, F. - van der Hooft, J. J. J. - Stravs, M. A. - Böcker, S. - Šivic, J. - Pluskal, Tomáš
MassSpecGym: A benchmark for the discovery and identification of molecules.
NeurIPS 2024. 38th Conference on Neural Information Processing Systems. San Diego: NeurIPS, 2024.
[NeurIPS 2024. Conference on Neural Information Processing Systems /38./. Vancouver (CA), 10.12.2024-15.12.2024]
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: molecule discovery * mass spectrometry * small molecules * metabolomics * generative modeling * benchmark * dataset
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
https://doi.org/10.48550/arXiv.2410.23326
Šivic, J.
- Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0362656

0574795 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Schmid, Robin - Heuckeroth, S. - Korf, A. - Smirnov, A. - Myers, O. - Dyrlund, T. S. - Bushuiev, Roman - Murray, K. J. - Hoffmann, N. - Lu, M. - Sarvepalli, A. - Zhang, Z. - Fleischauer, M. - Dührkop, K. - Wesner, M. - Hoogstra, S. J. - Rudt, E. - Mokshyna, Olena - Brungs, Corinna - Ponomarov, Kirill - Mutabdžija, Lana - Damiani, Tito - Pudney, C. J. - Earll, M. - Helmer, P. O. - Fallon, T. R. - Schulze, T. - Rivas-Ubach, A. - Bilbao, A. - Richter, H. - Nothias, L. F. - Wang, M. - Orešič, M. - Weng, J. K. - Böcker, S. - Jeibmann, A. - Hayen, H. - Karst, U. - Dorrestein, P. C. - Petras, D. - Du, X. - Pluskal, Tomáš
Integrative analysis of multimodal mass spectrometry data in MZmine 3.
Nature Biotechnology. Roč. 41, č. 4 (2023), s. 447-449. ISSN 1087-0156. E-ISSN 1546-1696
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: mass spectrometry * data processing * ion mobility * MALDI
Obor OECD: Analytical chemistry
Impakt faktor: 33.1, rok: 2023 ; AIS: 27.963, rok: 2023
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1038/s41587-023-01690-2
Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0344852