Nápověda

Schmid Robin

Publikace ASEP

Označit vše / Zobrazit všechny roky / Zrušit označení

Označit vše / Zobrazit vše / Zrušit označení

Nalezeno záznamů: 17

0639422 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Brungs, Corinna - Schmid, Robin - Heuckeroth, S. - Mazumdar, Aninda - Drexler, Matúš - Šácha, Pavel - Dorrestein, P. C. - Petras, D. - Nothias, L.-F. - Veverka, Václav - Nencka, Radim - Kameník, Zdeněk - Pluskal, Tomáš
MSnLib: efficient generation of open multi-stage fragmentation mass spectral libraries.
Nature Methods. Roč. 22, č. 10 (2025), s. 2028-2031. ISSN 1548-7091. E-ISSN 1548-7105
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5103; GA MŠMT(CZ) EH22_008/0004597; GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Výzkumná infrastruktura: CIISB III - 90242
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61388971
Klíčová slova: trees * spectrometry
Obor OECD: Biochemical research methods; Analytical chemistry (MBU-M)
Impakt faktor: 32.1, rok: 2024 ; AIS: 26.419, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41592-025-02813-0
Schmid, Robin
- Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0369868

0605077 - ÚOCHB 2025 RIV US eng C - Konferenční příspěvek (zahraniční konf.)
Bushuiev, Roman - Bushuiev, A. - de Jonge, N. F. - Young, A. - Kretschmer, F. - Samusevich, Raman - Heirman, J. - Wang, F. - Zhang, L. - Dührkop, K. - Ludwig, M. - Haupt, N. A. - Kalia, A. - Brungs, Corinna - Schmid, Robin - Greiner, R. - Wang, B. - Wishart, D. S. - Liu, L. P. - Rousu, J. - Bittremieux, W. - Rost, H. - Mak, T. D. - Hassoun, S. - Huber, F. - van der Hooft, J. J. J. - Stravs, M. A. - Böcker, S. - Šivic, J. - Pluskal, Tomáš
MassSpecGym: A benchmark for the discovery and identification of molecules.
NeurIPS 2024. 38th Conference on Neural Information Processing Systems. San Diego: NeurIPS, 2024.
[NeurIPS 2024. Conference on Neural Information Processing Systems /38./. Vancouver (CA), 10.12.2024-15.12.2024]
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: molecule discovery * mass spectrometry * small molecules * metabolomics * generative modeling * benchmark * dataset
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
https://doi.org/10.48550/arXiv.2410.23326
Šivic, J.
- Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0362656

0619770 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Damiani, Tito - Jarmusch, A. K. - Aron, A. T. - Petras, D. - Phelan, V. V. - Zhao, H. N. - Bittremieux, W. - Acharya, D. D. - Ahmed, M. M. A. - Bauermeister, A. - Bertin, M. J. - Boudreau, P. D. - Borges, R. M. - Bowen, B. P. - Brown, C. J. - Chagas, F. O. - Clevenger, K. D. - Correia, M. S. P. - Crandall , W. J. - Crüsemann, M. - Fahy, E. - Fiehn, O. - Garg, N. - Gerwick, W. H. - Gilbert, J. R. - Schmid, Robin - Pluskal, Tomáš … celkem 74 autorů
A universal language for finding mass spectrometry data patterns.
Nature Methods. Roč. 22, č. 6 (2025), s. 1247-1254. ISSN 1548-7091. E-ISSN 1548-7105
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EH22_010/0002733; GA ČR(CZ) GM21-11563M
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: iron-binding * flame retardants * discovery
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 32.1, rok: 2024 ; AIS: 26.419, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41592-025-02660-z
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0366409

0618108 - ÚOCHB 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
El Abiead, Y. - Rutz, A. - Zuffa, S. - Amer, B. - Xing, S. - Brungs, Corinna - Schmid, Robin - Correia, M. S. P. - Caraballo-Rodríguez, A. M. - Zarrinpar, A. - Mannochio-Russo, H. - Witting, M. - Mohanty, I. - Pluskal, Tomáš - Bittremieux, W. - Knight, R. - Patterson, A. D. - van der Hooft, J. J. J. - Böcker, S. - Dunn, W. B. - Linington, R. G. - Wishart, D. S. - Wolfender, J.-L. - Fiehn, O. - Zamboni, N. - Dorrestein, P. C.
Discovery of metabolites prevails amid in-source fragmentation.
Nature Metabolism. Roč. 7, č. 3 (2025), s. 435-437. E-ISSN 2522-5812
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: mass
Impakt faktor: 20.8, rok: 2024 ; AIS: 8.859, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1038/s42255-025-01239-4
Dorrestein, P. C.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0364961

0578317 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Heuckeroth, S. - Behrens, A. - Wolf, C. - Fütterer, A. - Nordhorn, I. D. - Kronenberg, K. - Brungs, Corinna - Korf, A. - Richter, H. - Jeibmann, A. - Karst, U. - Schmid, Robin
On-tissue dataset-dependent MALDI-TIMS-MS2 bioimaging.
Nature Communications. Roč. 14, November (2023), č. článku 7495. ISSN 2041-1723. E-ISSN 2041-1723
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: mass spectrometry * data acquisition * MALDI-TOF
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 14.7, rok: 2023 ; AIS: 5.66, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41467-023-43298-9
Schmid, Robin
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0347326

0586544 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Heuckeroth, S. - Damiani, Tito - Smirnov, A. - Mokshyna, Olena - Brungs, Corinna - Korf, Ansgar - Smith, Joshua David - Stincone, P. - Dreolin, N. - Nothias, L.-F. - Hyötyläinen, T. - Orešič, M. - Karst, U. - Dorrestein, P. C. - Petras, D. - Du, X. - van der Hooft, J. J. J. - Schmid, Robin - Pluskal, Tomáš
Reproducible mass spectrometry data processing and compound annotation in MZmine 3.
Nature Protocols. Roč. 19, č. 9 (2024), s. 2597-2641. ISSN 1754-2189. E-ISSN 1750-2799
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M; GA MŠMT(CZ) EH22_010/0002733
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: metabolomics data * spectra * repository
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 16, rok: 2024 ; AIS: 7.426, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1038/s41596-024-00996-y
Schmid, Robin
- Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0354007

0586053 - ÚOCHB 2025 RIV US eng M - Část monografie knihy
Mutabdžija, Lana - Myoli, A. - de Jonge, N. F. - Damiani, Tito - Schmid, Robin - van der Hooft, J. J. J. - Tugizimana, F. - Pluskal, Tomáš
Studying Plant Specialized Metabolites Using Computational Metabolomics Strategies.
Plant Functional Genomics: Methods and Protocols. Vol. 2. New York: Humana Press, 2024 - (Maghuly, F.), s. 97-136. Methods in Molecular Biology, 2788. ISBN 978-1-0716-3781-4
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: plant metabolomics * specialized metabolites * MZmine * molecular networking * GNPS * SIRIUS * MS2LDA * MS2Query
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
https://doi.org/10.1007/978-1-0716-3782-1_7
Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0353657

0583104 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Nothias, L-F. - Schmid, Robin - Garlet, A. - Cameron, H. - Leoty-Okombi, S. - André-Frei, V. - Fuchs, R. - Dorrestein, P. C. - Ternes, P.
Functional metabolomics of the human scalp: a metabolic niche for Staphylococcus epidermidis.
mSystems. Roč. 9, č. 2 (2024), č. článku e00356-23. ISSN 2379-5077. E-ISSN 2379-5077
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: metabolomics * skin microbiome * scalp * metabolite annotation * multi-omics integration
Obor OECD: Microbiology
Impakt faktor: 4.6, rok: 2024 ; AIS: 1.653, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1128/msystems.00356-23
Ternes, P.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0351103

0598521 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Pakkir Shah, A. K. - Walter, A. - Ottosson, F. - Russo, F. - Navarro-Diaz, M. - Boldt, J. - Kalinski, J. C. J. - Kontou, E. E. - Elofson, J. - Polyzois, A. - González-Marín, C. - Farrell, S. - Aggerbeck, M. R. - Pruksatrakul, T. - Chan, N. - Wang, Y. - Pöchhacker, M. - Brungs, Corinna - Cámara, B. - Caraballo-Rodríguez, A. M. - Cumsille, A. - de Oliveira, F. - Dührkop, K. - El Abiead, Y. - Geibel, C. - Graves, L. G. - Hansen, M. - Heuckeroth, S. - Knoblauch, S. - Kostenko, A. - Kuijpers, M. C. M. - Mildau, K. - Papadopoulos Lambidis, S. - Portal Gomes, P. W. - Schramm, T. - Steuer-Lodd, K. - Stincone, P. - Tayyab, S. - Vitale, G. A. - Wagner, B. C. - Xing, S. - Yazzie, M. T. - Zuffa, S. - de Kruijff, M. - Beemelmanns, C. - Link, H. - Mayer, C. - van der Hooft, J. J. J. - Damiani, Tito - Pluskal, Tomáš - Dorrestein, P. - Stanstrup, J. - Schmid, Robin - Wang, M. - Aron, A. - Ernst, M. - Petras, D.
Statistical analysis of feature-based molecular networking results from non-targeted metabolomics data.
Nature Protocols. Roč. 20, č. 1 (2025), s. 92-162. ISSN 1754-2189. E-ISSN 1750-2799
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EH22_010/0002733; GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: mass spectrometry data * chromatography/mass spectrometry * untargeted metabolomics
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 16, rok: 2024 ; AIS: 7.426, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1038/s41596-024-01046-3
Ernst, M.
- Petras, D.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0356179

0600104 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Papadopoulos Lambidis, S. - Schramm, T. - Steuer-Lodd, K. - Farrell, S. - Stincone, P. - Schmid, Robin - Koester, I. - Torres, R. - Dittmar, T. - Aluwihare, L. - Simon, C. - Petras, D.
Two-Dimensional Liquid Chromatography Tandem Mass Spectrometry Untangles the Deep Metabolome of Marine Dissolved Organic Matter.
Environmental Science & Technology. Roč. 58, č. 43 (2024), s. 19289-19304. ISSN 0013-936X. E-ISSN 1520-5851
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: dissolved organic matter * 2D chromatography * 2D-LC-MS/MS * tandem mass spectrometry * environmental metabolomics * molecular networking
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 11.3, rok: 2024 ; AIS: 2.502, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/acs.est.4c07173
Petras, D.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0357464

0619105 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Rudt, E. - Froning, M. - Heuckeroth, S. - Ortmann, L. - Diemand, J. - Hörnschemeyer, L. - Pleger, A. - Vinzelberg, M. - Schmid, Robin - Pluskal, Tomáš - Dobrindt, U. - Hayen, H. - Korf, Ansgar
Rapid MALDI-MS/MS-Based Profiling of Lipid A Species from Gram-Negative Bacteria Utilizing Trapped Ion Mobility Spectrometry and mzmine.
Analytical Chemistry. Roč. 97, č. 14 (2025), s. 7781-7788. ISSN 0003-2700. E-ISSN 1520-6882
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: tandem mass spectrometry * Escherichia coli * chromatography
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 6.7, rok: 2024 ; AIS: 1.132, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.analchem.4c05989
Korf, Ansgar
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0365869

0643998 - ÚOCHB 2027 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Rutz, A. - Bittremieux, W. - Schmid, Robin - Cailloux, O. - van der Hooft, J. J. J. - Beniddir, M. A.
Scalability of mass spectrometry-based metabolomics for natural extracts libraries exploration: current status, challenges, and opportunities.
Natural Product Reports. (2026). ISSN 0265-0568. E-ISSN 1460-4752
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: molecular networking * spectral libraries * annotation
Impakt faktor: 10.6, rok: 2024 ; AIS: 2.944, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1039/D5NP00034C

Rutz, A. Beniddir, M. A.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0373802

0574795 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Schmid, Robin - Heuckeroth, S. - Korf, A. - Smirnov, A. - Myers, O. - Dyrlund, T. S. - Bushuiev, Roman - Murray, K. J. - Hoffmann, N. - Lu, M. - Sarvepalli, A. - Zhang, Z. - Fleischauer, M. - Dührkop, K. - Wesner, M. - Hoogstra, S. J. - Rudt, E. - Mokshyna, Olena - Brungs, Corinna - Ponomarov, Kirill - Mutabdžija, Lana - Damiani, Tito - Pudney, C. J. - Earll, M. - Helmer, P. O. - Fallon, T. R. - Schulze, T. - Rivas-Ubach, A. - Bilbao, A. - Richter, H. - Nothias, L. F. - Wang, M. - Orešič, M. - Weng, J. K. - Böcker, S. - Jeibmann, A. - Hayen, H. - Karst, U. - Dorrestein, P. C. - Petras, D. - Du, X. - Pluskal, Tomáš
Integrative analysis of multimodal mass spectrometry data in MZmine 3.
Nature Biotechnology. Roč. 41, č. 4 (2023), s. 447-449. ISSN 1087-0156. E-ISSN 1546-1696
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: mass spectrometry * data processing * ion mobility * MALDI
Obor OECD: Analytical chemistry
Impakt faktor: 33.1, rok: 2023 ; AIS: 27.963, rok: 2023
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1038/s41587-023-01690-2
Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0344852

0575082 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Stincone, P. - Shah, A. K. P. - Schmid, Robin - Graves, L. G. - Lambidis, S. P. - Torres, R. R. - Xia, S. N. - Minda, V. - Aron, A. T. - Wang, M. - Hughes, C. C. - Petras, D.
Evaluation of Data-Dependent MS/MS Acquisition Parameters for Non-Targeted Metabolomics and Molecular Networking of Environmental Samples: Focus on the Q Exactive Platform.
Analytical Chemistry. Roč. 95, č. 34 (2023), s. 12673-12682. ISSN 0003-2700. E-ISSN 1520-6882
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: mass spectrometry data * METLIN
Obor OECD: Analytical chemistry
Impakt faktor: 6.8, rok: 2023 ; AIS: 1.224, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.analchem.3c01202
Petras, D.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0344942

0637824 - ÚOCHB 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Vitale, G. A. - Xia, S. N. - Dührkop, K. - Zare Shahneh, M. R. - Brötz-Oesterhelt, H. - Mast, Y. - Brungs, Corinna - Böcker, S. - Schmid, Robin - Wang, M. - Hughes, C. C. - Petras, D.
Enhancing tandem mass spectrometry-based metabolite annotation with online chemical labeling.
Nature Communications. Roč. 16, July (2025), č. článku 6911. ISSN 2041-1723. E-ISSN 2041-1723
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: derivatization * inhibitors
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 15.7, rok: 2024 ; AIS: 5.611, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41467-025-61240-z
Hughes, C. C.
- Petras, D.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368634

0587971 - ÚOCHB 2025 RIV US eng M - Část monografie knihy
Yazzie, M. T. - Reitz, Z. L. - Schmid, Robin - Petras, D. - Aron, A. T.
Native metabolomics for mass spectrometry-based siderophore discovery.
Methods in Enzymology. Siderophore and Related Natural Products Biosynthesis. Vol. 702. Cambridge: Academic Press, 2024 - (Wencewicz, T.), s. 317-352. ISBN 978-0-443-29678-9
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: native mass spectrometry * native metabolomics * metallophore discovery * direct infusion * siderophore discovery * natural product discovery
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1016/bs.mie.2024.07.001
Aron, A. T.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0355043

0643529 - ÚOCHB 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Zhao, H. N. - Kvitne, K. E. - Brungs, Corinna - Mohan, S. - Charron-Lamoureux, V. - Bittremieux, W. - Tang, R. - Schmid, Robin - Lamichhane, S. - Xing, S. - El Abiead, Y. - Andalibi, M. S. - Mannochio-Russo, H. - Ambre, M. - Avalon, N. E. - Bryant, M. - Burnett, L. A. - Caraballo-Rodríguez, A. M. - Maya, M. C. - Chin, L. - Corominas, L. - Ellis, R. J. - Franklin, D. - Girod, S. - Gomes, P. W. P. - Pluskal, Tomáš … celkem 59 autorů
A resource to empirically establish drug exposure records directly from untargeted metabolomics data.
Nature Communications. Roč. 16, December (2025), č. článku 10600. ISSN 2041-1723. E-ISSN 2041-1723
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: N-acyl taurines * mass spectrometry * HIV infection
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 15.7, rok: 2024 ; AIS: 5.611, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41467-025-65993-5
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0373379