0619770 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Damiani, Tito - Jarmusch, A. K. - Aron, A. T. - Petras, D. - Phelan, V. V. - Zhao, H. N. - Bittremieux, W. - Acharya, D. D. - Ahmed, M. M. A. - Bauermeister, A. - Bertin, M. J. - Boudreau, P. D. - Borges, R. M. - Bowen, B. P. - Brown, C. J. - Chagas, F. O. - Clevenger, K. D. - Correia, M. S. P. - Crandall , W. J. - Crüsemann, M. - Fahy, E. - Fiehn, O. - Garg, N. - Gerwick, W. H. - Gilbert, J. R. - Schmid, Robin - Pluskal, Tomáš … celkem 74 autorů
A universal language for finding mass spectrometry data patterns.
Nature Methods. Roč. 22, č. 6 (2025), s. 1247-1254. ISSN 1548-7091. E-ISSN 1548-7105
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EH22_010/0002733; GA ČR(CZ) GM21-11563M
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: iron-binding * flame retardants * discovery
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 32.1, rok: 2024 ; AIS: 26.419, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41592-025-02660-z
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0366409

0567693 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Damiani, Tito - Bonciarelli, S. - Thallinger, G. G. - Koehler, N. - Krettler, C. A. - Salihoğlu, A. K. - Korf, A. - Pauling, J. K. - Pluskal, Tomáš - Ni, Z. - Goracci, L.
Software and Computational Tools for LC-MS-Based Epilipidomics: Challenges and Solutions.
Analytical Chemistry. Roč. 95, č. 1 (2023), s. 287-303. ISSN 0003-2700. E-ISSN 1520-6882
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: mass spectrometry data * targeted lipidomics * metabolomics data
Obor OECD: Analytical chemistry
Impakt faktor: 6.8, rok: 2023 ; AIS: 1.224, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.analchem.2c04406
Thallinger, G. G.
- Ni, Z.
- Goracci, L.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0338926

0586544 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Heuckeroth, S. - Damiani, Tito - Smirnov, A. - Mokshyna, Olena - Brungs, Corinna - Korf, Ansgar - Smith, Joshua David - Stincone, P. - Dreolin, N. - Nothias, L.-F. - Hyötyläinen, T. - Orešič, M. - Karst, U. - Dorrestein, P. C. - Petras, D. - Du, X. - van der Hooft, J. J. J. - Schmid, Robin - Pluskal, Tomáš
Reproducible mass spectrometry data processing and compound annotation in MZmine 3.
Nature Protocols. Roč. 19, č. 9 (2024), s. 2597-2641. ISSN 1754-2189. E-ISSN 1750-2799
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M; GA MŠMT(CZ) EH22_010/0002733
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: metabolomics data * spectra * repository
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 16, rok: 2024 ; AIS: 7.426, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1038/s41596-024-00996-y
Schmid, Robin
- Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0354007

0598521 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Pakkir Shah, A. K. - Walter, A. - Ottosson, F. - Russo, F. - Navarro-Diaz, M. - Boldt, J. - Kalinski, J. C. J. - Kontou, E. E. - Elofson, J. - Polyzois, A. - González-Marín, C. - Farrell, S. - Aggerbeck, M. R. - Pruksatrakul, T. - Chan, N. - Wang, Y. - Pöchhacker, M. - Brungs, Corinna - Cámara, B. - Caraballo-Rodríguez, A. M. - Cumsille, A. - de Oliveira, F. - Dührkop, K. - El Abiead, Y. - Geibel, C. - Graves, L. G. - Hansen, M. - Heuckeroth, S. - Knoblauch, S. - Kostenko, A. - Kuijpers, M. C. M. - Mildau, K. - Papadopoulos Lambidis, S. - Portal Gomes, P. W. - Schramm, T. - Steuer-Lodd, K. - Stincone, P. - Tayyab, S. - Vitale, G. A. - Wagner, B. C. - Xing, S. - Yazzie, M. T. - Zuffa, S. - de Kruijff, M. - Beemelmanns, C. - Link, H. - Mayer, C. - van der Hooft, J. J. J. - Damiani, Tito - Pluskal, Tomáš - Dorrestein, P. - Stanstrup, J. - Schmid, Robin - Wang, M. - Aron, A. - Ernst, M. - Petras, D.
Statistical analysis of feature-based molecular networking results from non-targeted metabolomics data.
Nature Protocols. Roč. 20, č. 1 (2025), s. 92-162. ISSN 1754-2189. E-ISSN 1750-2799
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EH22_010/0002733; GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: mass spectrometry data * chromatography/mass spectrometry * untargeted metabolomics
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 16, rok: 2024 ; AIS: 7.426, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1038/s41596-024-01046-3
Ernst, M.
- Petras, D.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0356179

0552734 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Song, X.-C. - Dreolin, N. - Damiani, Tito - Canellas, E. - Nerin, C.
Prediction of Collision Cross Section Values: Application to Non-Intentionally Added Substance Identification in Food Contact Materials.
Journal of Agricultural and Food Chemistry. Roč. 70, č. 4 (2022), s. 1272-1281. ISSN 0021-8561. E-ISSN 1520-5118
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: ion mobility * collision cross section * NIAS * food contact materials * machine learning
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 6.1, rok: 2022 ; AIS: 0.876, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jafc.1c06989
Nerin, C.
Trvalý odkaz: http://hdl.handle.net/11104/0327848