Riopedre Fernández Miguel

0602835 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Ji, S. - Bach, Kathrin - Miriyala, Vijay Madhav - Dohnálek, Jan - Riopedre Fernández, Miguel - Lepšík, Martin - van de Plassche, M. - Vanhoutte, R. - Barniol-Xicota, M. - Moreira, R. - Stříšovský, Kvido - Verhelst, S. H. L.
4-Oxo-β-lactams as Covalent Inhibitors of the Mitochondrial Intramembrane Protease PARL.
ACS Medicinal Chemistry Letters. Roč. 15, č. 12 (2024), s. 2101-2106. ISSN 1948-5875
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LUC23180; GA ČR(CZ) GA21-24456S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: intramembrane proteases * rhomboids * β-lactams
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4, rok: 2024 ; AIS: 0.972, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/acsmedchemlett.4c00384
Stříšovský, Kvido
- Verhelst, S. H. L.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0360155

0577106 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kuprikova, Natalia - Ondruš, Marek - Bednárová, Lucie - Riopedre Fernández, Miguel - Poštová Slavětínská, Lenka - Sýkorová, Veronika - Hocek, Michal
Superanionic DNA: enzymatic synthesis of hypermodified DNA bearing four different anionic substituents at all four nucleobases.
Nucleic Acids Research. Roč. 51, č. 21 (2023), s. 11428-11438. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX20-00885X
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: polymerase-catalyzed incorporation * functionalized DNA * primer extension
Obor OECD: Organic chemistry
Impakt faktor: 16.7, rok: 2023 ; AIS: 5.863, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/nar/gkad893
Hocek, Michal
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0346356

0559541 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mato-López, L. - Sar-Rañó, A. - Riopedre Fernández, Miguel - Díaz-Prado, M. L. - Gil, A. - Sánchez-González, Á. - Fernández-Bertólez, N. - Méndez, J. - Valdiglesias, V. - Avecilla, F.
Relationship between structure and cytotoxicity of vanadium and molybdenum complexes with pyridoxal derived ligands.
Journal of Inorganic Biochemistry. Roč. 235, October (2022), č. článku 111937. ISSN 0162-0134. E-ISSN 1873-3344
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: vanadium * stability * intercalator * cytotoxicity * A549 cell line * zebrafish model
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.9, rok: 2022 ; AIS: 0.509, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1016/j.jinorgbio.2022.111937
Gil, A.
- Valdiglesias, V.
- Avecilla, F.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0332809

0597799 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Nencini, Ricky - Tempra, Carmelo - Biriukov, Denys - Riopedre Fernández, Miguel - Cruces Chamorro, Victor - Polák, J. - Mason, Philip E. - Ondo, D. - Heyda, J. - Ollila, O. H. S. - Jungwirth, Pavel - Javanainen, Matti - Martinez-Seara, Hector
Effective Inclusion of Electronic Polarization Improves the Description of Electrostatic Interactions: The prosECCo75 Biomolecular Force Field.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 20, č. 17 (2024), s. 7546-7559. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-19561S
GRANT EU: European Commission(XE) 101095957 - Q-SCALING
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: molecular dynamics simulations * solute-solute interactions * linear constraint solver
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.5, rok: 2024 ; AIS: 1.52, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jctc.4c00743
Martinez-Seara, Hector
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0355613

0637921 - ÚOCHB 2026 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Raindlová, Veronika - Viktorinová, Klára - Tichý, Michal - Bednárová, Lucie - Srb, Pavel - Riopedre Fernández, Miguel - Hocek, Michal
Milligram-Scale Enzymatic Synthesis of Base-Modified DNA through Primer Extension: Polymerase Synthesis and NMR Structures of DNA Containing Phenyl-Substituted Nucleobases.
ChemistryEurope. Roč. 3, č. 6 (2025), č. článku e202500186. ISSN 2751-4765
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EH22_008/0004575; GA ČR(CZ) GX20-00885X
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: DNA polymerases * NMR spectroscopy * nucleoside triphosphates * nucleotides * oligonucleotides
Obor OECD: Organic chemistry
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1002/ceur.202500186
Hocek, Michal
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368682

0598061 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Riopedre Fernández, Miguel - Košťál, Vojtěch - Martinek, Tomáš - Martinez-Seara, Hector - Biriukov, Denys
Developing and Benchmarking Sulfate and Sulfamate Force Field Parameters via Ab Initio Molecular Dynamics Simulations To Accurately Model Glycosaminoglycan Electrostatic Interactions.
Journal of Chemical Information and Modeling. Roč. 64, č. 18 (2024), s. 7122-7134. ISSN 1549-9596. E-ISSN 1549-960X
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: generalized gradient approximation * solute-solute interactions * linear constraint solver
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.3, rok: 2024 ; AIS: 1.526, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jcim.4c00981
Martinez-Seara, Hector
- Biriukov, Denys
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0355827

0578077 - ÚOCHB 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Riopedre Fernández, Miguel - Biriukov, Denys - Dračínský, Martin - Martinez-Seara, Hector
Hyaluronan-arginine enhanced and dynamic interaction emerges from distinctive molecular signature due to electrostatics and side-chain specificity.
Carbohydrate Polymers. Roč. 325, February (2024), č. článku 121568. ISSN 0144-8617. E-ISSN 1879-1344
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-19561S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: hyaluronan * arginine * molecular dynamics * NMR * sugar–peptide interactions
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 12.5, rok: 2024 ; AIS: 1.433, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.carbpol.2023.121568
Martinez-Seara, Hector
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0347110

0641497 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Sánchez Quirante, Tania - Kužmová, Erika - Riopedre Fernández, Miguel - Golojuch, S. - Vopálenský, Pavel - Raindlová, Veronika - El-Sagheer, A. H. - Brown, T. - Hocek, Michal
Enzymatic Synthesis of Modified RNA Containing 5-Methyl- or 5-Ethylpyrimidines or Substituted 7-Deazapurines and Influence of the Modifications on Stability, Translation, and CRISPR-Cas9 Cleavage.
ACS Chemical Biology. Roč. 20, č. 11 (2025), s. 2755-2767. ISSN 1554-8929. E-ISSN 1554-8937
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EH22_008/0004575
GRANT EU: European Commission(XE) 861381 - NATURE-ETN
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: messenger RNA * guide RNA * Cas9
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.8, rok: 2024 ; AIS: 1.337, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acschembio.5c00692
Hocek, Michal
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0371639

0598610 - ÚFCH JH 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Scollo, Federica - Tempra, Carmelo - Evci, Huseyin - Riopedre Fernández, Miguel - Olžyńska, Agnieszka - Javanainen, Matti - Uday, Arunima - Cebecauer, Marek - Cwiklik, Lukasz - Martinez-Seara, Hector - Jungwirth, Pavel - Jurkiewicz, Piotr - Hof, Martin
Can calmodulin bind to lipids of the cytosolic leaflet of plasma membranes?
Open Biology. Roč. 14, č. 9 (2024), č. článku 240067. ISSN 2046-2441. E-ISSN 2046-2441
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX19-26854X
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127
Institucionální podpora: RVO:61388955 ; RVO:61388963
Klíčová slova: resonance sensors * phosphatidylserine * fluorescence * bilayer * phosphatidylethanolamine * fluidity * domain * calmodulin * lipid membrane * phosphatidylethanolamine * phosphatidylserine * calcium
Obor OECD: Physical chemistry; Physical chemistry (UOCHB-X)
Impakt faktor: 3.6, rok: 2024 ; AIS: 1.971, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rsob.240067
Jurkiewicz, Piotr
- Hof, Martin
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0356222