Galgonek Jakub

0573624 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Galgonek, Jakub - Vondrášek, Jiří
A comparison of approaches to accessing existing biological and chemical relational databases via SPARQL.
Journal of Cheminformatics. Roč. 15, č. 1 (2023), č. článku 61. ISSN 1758-2946. E-ISSN 1758-2946
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: Resource Description Framework * relational database * RDB-to-RDF mapping * SPARQL
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 7.1, rok: 2023 ; AIS: 2.305, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1186/s13321-023-00729-5
Galgonek, Jakub
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0344026

0585417 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Galgonek, Jakub - Vondrášek, Jiří
The IDSM mass spectrometry extension: searching mass spectra using SPARQL.
Bioinformatics. Roč. 40, č. 4 (2024), č. článku btae174. ISSN 1367-4803. E-ISSN 1367-4811
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2023055
GRANT EU: European Commission(XE) 101082304 - BlueRemediomics
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: web services * ontology * access
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 5.4, rok: 2024 ; AIS: 2.831, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae174
Galgonek, Jakub
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0353130

0637950 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Moos, Marek - Galgonek, Jakub
SPARQL Federated Query Debugging Tool.
Semantic Web. Roč. 16, č. 4 (2025). ISSN 1570-0844. E-ISSN 2210-4968
Grant CEP: GA TA ČR(CZ) TH86010003
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: SPARQL federated query * debugger
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 2.9, rok: 2024 ; AIS: 0.577, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1177/22104968251361286
Moos, Marek
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368723

0565346 - ÚOCHB 2023 RIV SE eng J - Článek v odborném periodiku
Musil, M. - Jezik, A. - Jankujova, M. - Stourac, J. - Galgonek, Jakub - Eyrilmez, S.M. - Vondrášek, Jiří - Damborský, J. - Bednář, D.
Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web.
Computational and Structural Biotechnology Journal. Roč. 20, January (2022), s. 6512-6518. ISSN 2001-0370. E-ISSN 2001-0370
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131; GA MŠMT LX22NPO5102
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: caver * caverdock * channel * FDA-approved drug * tunnel * virtual screening * web
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 6, rok: 2022 ; AIS: 1.411, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.11.031
Bednář, D.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0336898

0580275 - ÚOCHB 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Osifová, Zuzana - Kalvoda, Tadeáš - Galgonek, Jakub - Culka, Martin - Vondrášek, Jiří - Bouř, Petr - Bednárová, Lucie - Andrushchenko, Valery - Dračínský, Martin - Rulíšek, Lubomír
What are the minimal folding seeds in proteins? Experimental and theoretical assessment of secondary structure propensities of small peptide fragments.
Chemical Science. Roč. 15, č. 2 (2024), s. 594-608. ISSN 2041-6520. E-ISSN 2041-6539
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05940S; GA ČR(CZ) GA22-33060S
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: vibrational circular dichroism * spin coupling constants * conformational propensities
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 7.4, rok: 2024 ; AIS: 1.819, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1039/D3SC04960D
Kalvoda, Tadeáš
- Bednárová, Lucie
- Andrushchenko, Valery
- Dračínský, Martin
- Rulíšek, Lubomír
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0349025

0564064 - ÚOCHB 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Rutz, A. - Sorokina, M. - Galgonek, Jakub - Mietchen, D. - Willighagen, E. - Gaudry, A. - Graham, J. G. - Stephan, R. - Page, R. - Vondrášek, Jiří - Steinbeck, C. - Pauli, G. F. - Wolfender, J.-L. - Bisson, J. - Allard, P.-M.
The LOTUS initiative for open knowledge management in natural products research.
eLife. Roč. 11, May (2022), č. článku e70780. ISSN 2050-084X. E-ISSN 2050-084X
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LM2018131
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: R package * NMR data * database
Obor OECD: Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Impakt faktor: 7.7, rok: 2022 ; AIS: 3.918, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.7554/eLife.70780
Bisson, J.
- Allard, P.-M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0335886