Publikace ASEP
0583040 - ÚOCHB 2025 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Brouns, T. - Lux, Vanda - Van Belle, S. - Christ, F. - Veverka, Václav - Debyser, Z.
The Impact of Lens Epithelium-Derived Growth Factor p75 Dimerization on Its Tethering Function.
Cells. Roč. 13, č. 3 (2024), č. článku 227. ISSN 2073-4409. E-ISSN 2073-4409
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-03028S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: DNA-binding protein * protein-DNA interaction * protein-protein interaction * chromatin structure * protein dynamic * LEDGF/p75 * DNA-induced protein binding
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.2, rok: 2024 ; AIS: 1.421, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.3390/cells13030227
Debyser, Z.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0351072
0639422 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Brungs, Corinna - Schmid, Robin - Heuckeroth, S. - Mazumdar, Aninda - Drexler, Matúš - Šácha, Pavel - Dorrestein, P. C. - Petras, D. - Nothias, L.-F. - Veverka, Václav - Nencka, Radim - Kameník, Zdeněk - Pluskal, Tomáš
MSnLib: efficient generation of open multi-stage fragmentation mass spectral libraries.
Nature Methods. Roč. 22, č. 10 (2025), s. 2028-2031. ISSN 1548-7091. E-ISSN 1548-7105
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5103; GA MŠMT(CZ) EH22_008/0004597; GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Výzkumná infrastruktura: CIISB III - 90242
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61388971
Klíčová slova: trees * spectrometry
Obor OECD: Biochemical research methods; Analytical chemistry (MBU-M)
Impakt faktor: 32.1, rok: 2024 ; AIS: 26.419, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41592-025-02813-0
Schmid, Robin
- Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0369868
0569154 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Cermakova, K. - Veverka, Václav - Hodges, H. C.
The TFIIS N-terminal domain (TND): a transcription assembly module at the interface of order and disorder.
Biochemical Society Transactions. Roč. 51, č. 1 (2023), s. 125-135. ISSN 0300-5127. E-ISSN 1470-8752
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-03028S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: intrinsically disordered proteins * molecular scaffolds * structural biology * transcription
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.8, rok: 2023 ; AIS: 1.461, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1042/BST20220342
Hodges, H. C.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0340490
0616793 - ÚMG 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Horvath, M. - Schrofel, A. - Kowalska, Karolina - Sabó, Ján - Vlasák, Jonáš - Nourisanami, Farahdokht - Sobol, Margarita - Pinkas, D. - Knapp, K. - Koupilová, N. - Nováček, J. - Veverka, Václav - Lánský, Zdeněk - Rozbeský, Daniel
Structural basis of MICAL autoinhibition.
Nature Communications. Roč. 15, č. 1 (2024), č. článku 9810. ISSN 2041-1723. E-ISSN 2041-1723
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5107; GA MŠMT LM2023042; GA MŠMT(CZ) EF18_046/0015974; GA MŠMT(CZ) LM2023050
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:68378050 ; RVO:86652036 ; RVO:61388963
Klíčová slova: MICAL proteins * cellular morphology * Protein Binding * Actin Cytoskeleton
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology; Biochemistry and molecular biology (UOCHB-X)
Impakt faktor: 15.7, rok: 2024 ; AIS: 5.611, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41467-024-54131-2
Rozbeský, Daniel
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0363764
0561949 - ÚOCHB 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Hušková, Andrea - Dinesh, Dhurvas Chandrasekaran - Srb, Pavel - Bouřa, Evžen - Veverka, Václav - Šilhán, Jan
Model of abasic site DNA cross-link repair, from the architecture of NEIL3 DNA binding domains to the X-structure model.
Nucleic Acids Research. Roč. 50, č. 18 (2022), s. 10436-10448. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: covalent structure * crystal-structure * fanconis anemia
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 14.9, rok: 2022 ; AIS: 5.391, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/nar/gkac793
Šilhán, Jan
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0334376
0638273 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Chan, Y. S. - Gao, Q. - Robinson, S. A. - Wang, W. - Filandrová, Růžena - Weinhold, Lisa-Maria - Cabrera, M. L. - Zhang, M. - Ambati, C. S. R. - Lerario, A. M. - Putluri, N. - Kiseljak-Vassiliades, K. - Wierman, M. E. - Habra, M. A. - Hammer, G. D. - Veverka, Václav - Cermakova, K. - Hodges, H. C.
β-catenin functions as a molecular adapter for disordered cBAF interactions.
Molecular Cell. Roč. 85, č. 16 (2025), s. 3041-3056. ISSN 1097-2765. E-ISSN 1097-4164
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX25-15442X
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: unstructured protein * IDRs * chromatin remodeling * transcription factors * co-activators * scaffold proteins * transcription regulators * steroid hormones * adrenocortical carcinoma
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 16.6, rok: 2024 ; AIS: 8.697, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.molcel.2025.06.026
Cermakova, K.
- Hodges, H. C.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0368994
0618936 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Jayakrishnan, M. - Havlová, Magdalena - Veverka, Václav - Regnard, C. - Becker, P. B.
Genomic context-dependent histone H3K36 methylation by three Drosophila methyltransferases and implications for dedicated chromatin readers.
Nucleic Acids Research. Roč. 53, č. 6 (2025), č. článku gkaf202. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: dosage compensation * MSL complex * trithorax
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 13.1, rok: 2024 ; AIS: 5.99, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/nar/gkaf202
Regnard, C.
- Becker, P. B.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0365732
0635728 - FGÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Kohoutová, Klára - Srb, Pavel - Obšilová, Veronika - Veverka, Václav - Obšil, Tomáš
Structural plasticity of the FOXO-DBD:p53-TAD interaction.
Nature Communications. Roč. 16, 27 May (2025), č. článku 4907. ISSN 2041-1723. E-ISSN 2041-1723
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-02080S; GA MŠMT LX22NPO5102
Institucionální podpora: RVO:67985823 ; RVO:61388963
Klíčová slova: forkhead transcription factors * p53 * cellular senescence * protein-protein interactions * NMR spectroscopy
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology; Biochemistry and molecular biology (UOCHB-X)
Impakt faktor: 15.7, rok: 2024 ; AIS: 5.611, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41467-025-59106-5
Obšilová, Veronika
- Obšil, Tomáš
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0366760
0619174 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kormaník, Ján Michael - Herman, Daniel - Andris, Erik - Culka, Martin - Gutten, Ondrej - Kožíšek, Milan - Bednárová, Lucie - Srb, Pavel - Veverka, Václav - Rulíšek, Lubomír
Design of Zn-Binding Peptide(s) from Protein Fragments.
Chembiochem. Roč. 26, č. 7 (2025), č. článku e202401014. ISSN 1439-4227. E-ISSN 1439-7633
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05940S
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: zinc(II) * metal-binding peptide * computer design * isothermal calorimetry * NMR * QM modeling
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 2.8, rok: 2024 ; AIS: 0.765, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1002/cbic.202401014
Rulíšek, Lubomír
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0365914
0575033 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Koutná, Eliška - Lux, Vanda - Kouba, Tomáš - Škerlová, Jana - Nováček, J. - Srb, Pavel - Hexnerová, Rozálie - Šváchová, Hana - Kukačka, Zdeněk - Novák, Petr - Fábry, Milan - Poepsel, S. - Veverka, Václav
Multivalency of nucleosome recognition by LEDGF.
Nucleic Acids Research. Roč. 51, č. 18 (2023), s. 10011-10025. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-03028S; GA ČR(CZ) GA22-27695S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA MŠMT(CZ) LO1304
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127; CIISB III - 90242
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61388971
Klíčová slova: PWWP domain * recombinant histones * structural basis
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology; Biochemistry and molecular biology (MBU-M)
Impakt faktor: 16.7, rok: 2023 ; AIS: 5.863, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/nar/gkad674
Veverka, Václav
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0344870
0556576 - FGÚ 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mandal, R. - Kohoutová, Klára - Petrvalská, Olivia - Horváth, M. - Srb, Pavel - Veverka, Václav - Obšilová, Veronika - Obšil, Tomáš
FOXO4 interacts with p53 TAD and CRD and inhibits its binding to DNA.
Protein Science. Roč. 31, č. 5 (2022), č. článku e4287. ISSN 0961-8368. E-ISSN 1469-896X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-02080S
Výzkumná infrastruktura: CIISB II - 90127
Institucionální podpora: RVO:67985823 ; RVO:61388963
Klíčová slova: DNA binding * forkhead box O 4 * nuclear magnetic resonance * protein-protein interaction * senescence * transcription factor p53
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 8, rok: 2022 ; AIS: 3.623, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1002/pro.4287
Obšilová, Veronika
- Obšil, Tomáš
Trvalý odkaz:
http://hdl.handle.net/11104/0330737
0557388 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mikešová, Jana - Miliaieva, Daria - Štenclová, Pavla - Kindermann, Marek - Vučková, Tereza - Mádlíková, Marcela - Fábry, Milan - Veverka, Václav - Schimer, Jiří - Krejčí, Pavel - Stehlík, Štěpán - Cígler, Petr
Nanodiamonds as traps for fibroblast growth factors: Parameters influencing the interaction.
Carbon. Roč. 195, Aug 15 (2022), s. 372-386. ISSN 0008-6223. E-ISSN 1873-3891
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA ČR(CZ) GC20-20991J
Výzkumná infrastruktura: CzechNanoLab - 90110
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:68378271 ; RVO:67985904
Klíčová slova: nanodiamond * fibroblast growth factor * binding * sequestration * thermodynamics
Obor OECD: Condensed matter physics (including formerly solid state physics, supercond.); Materials engineering (FZU-D)
Impakt faktor: 10.9, rok: 2022 ; AIS: 1.466, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1016/j.carbon.2022.04.017
Stehlík, Štěpán
- Cígler, Petr
Trvalý odkaz:
http://hdl.handle.net/11104/0331428
0643069 - ÚOCHB 2027 RIV FR eng J - Článek v odborném periodiku
Otava, Tomáš - Drexler, Matúš - Krafčíková, Petra - Chalupská, Dominika - Chalupský, Karel - Veverka, Václav - Bouřa, Evžen - Nencka, Radim
Exploring advanced methodologies for NS5 methyltransferase targeted drug discovery.
European Journal of Medicinal Chemistry. Roč. 303, February (2026), č. článku 118388. ISSN 0223-5234. E-ISSN 1768-3254
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5103
Institucionální podpora: RVO:61388963
Impakt faktor: 5.9, rok: 2024 ; AIS: 0.998, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2025.118388
Veverka, Václav
- Bouřa, Evžen
- Nencka, Radim
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0372936
0598148 - ÚOCHB 2025 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Sgallová, Ráchel - Volek, Martin - Kurfürst, Jaroslav - Srb, Pavel - Veverka, Václav - Curtis, Edward A.
NMR screen reveals the diverse structural landscape of a G-quadruplex library.
Chemistry - A European Journal. Roč. 30, č. 67 (2024), č. článku e202401437. ISSN 0947-6539. E-ISSN 1521-3765
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EH22_008/0004575
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: DNA * G-quadruplex * multimeric structures * NMR
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.7, rok: 2024 ; AIS: 0.762, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1002/chem.202401437
Curtis, Edward A.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0355878
0570640 - ÚOCHB 2024 RIV CZ eng J - Článek v odborném periodiku
Vaneková, Lenka - Pimková Polidarová, Markéta - Charvát, Vilém - Vavřina, Zdeněk - Veverka, Václav - Birkuš, Gabriel - Brázdová, Andrea
Development and Characterization of a Chronic Hepatitis B Murine Model With a Mutation in the START Codon of an HBV Polymerase.
Physiological Research. Roč. 72, č. 1 (2023), s. 37-47. ISSN 0862-8408. E-ISSN 1802-9973
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: chronic hepatitis B murine model * HBsAg * HBcAg * pAAV system * minicircle HBV
Obor OECD: Medicinal chemistry
Impakt faktor: 1.9, rok: 2023 ; AIS: 0.394, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.33549/physiolres.934979
Brázdová, Andrea
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0341954
0563508 - ÚOCHB 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Vaneková, Lenka - Pimková Polidarová, Markéta - Veverka, Václav - Birkuš, Gabriel - Brázdová, Andrea
Multiparametric Flow Cytometry-Based Immunophenotyping of Mouse Liver Immune Cells.
Methods and Protocols. Roč. 5, č. 5 (2022), č. článku 70. E-ISSN 2409-9279
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: flow cytometry * immunophenotyping * mouse liver * PBS-based liver perfusion * non-parenchymal cells
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 2.4, rok: 2022 ; AIS: 0.542, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.3390/mps5050070
Brázdová, Andrea
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0335459
0600234 - ÚOCHB 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Vantieghem, T. - Aslam, N. A. - Osipov, E. M. - Akele, M. - Van Belle, S. - Beelen, S. - Drexler, Matúš - Paulovcakova, T. - Lux, Vanda - Fearon, D. - Douangamath, A. - von Delft, F. - Christ, F. - Veverka, Václav - Verwilst, P. - Van Aerschot, A. - Debyser, Z. - Strelkov, S. V.
Rational fragment-based design of compounds targeting the PWWP domain of the HRP family.
European Journal of Medicinal Chemistry. Roč. 280, December (2024), č. článku 116960. ISSN 0223-5234. E-ISSN 1768-3254
Grant CEP: GA MŠMT LX22NPO5102
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: epigenetic reader * LEDGF/p75 * PWWP domain * fragment-based drug design * X-ray crystallography * ligand efficiency
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.9, rok: 2024 ; AIS: 0.998, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2024.116960
Strelkov, S. V.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0357579
0586924 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Volek, Martin - Kurfürst, Jaroslav - Kožíšek, Milan - Srb, Pavel - Veverka, Václav - Curtis, Edward A.
Apollon: a deoxyribozyme that generates a yellow product.
Nucleic Acids Research. Roč. 52, č. 15 (2024), s. 9062-9075. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA24-11210S; GA MŠMT(CZ) EH22_008/0004575
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: in vitro * secondary structure * nucleic acids
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 13.1, rok: 2024 ; AIS: 5.99, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/nar/gkae490
Curtis, Edward A.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0354293
0586905 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Volek, Martin - Kurfürst, Jaroslav - Drexler, Matúš - Svoboda, Michal - Srb, Pavel - Veverka, Václav - Curtis, Edward A.
Aurora: a fluorescent deoxyribozyme for high-throughput screening.
Nucleic Acids Research. Roč. 52, č. 15 (2024), s. 9049-9061. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EH22_008/0004575; GA ČR(CZ) GA24-11210S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: in vitro selection * DNA aptamer pair * allosteric ribozyme
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 13.1, rok: 2024 ; AIS: 5.99, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/nar/gkae467
Curtis, Edward A.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0354277
0639394 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Warner, J. L. - Lux, Vanda - Veverka, Václav - Winston, F.
The histone chaperone Spt6 controls chromatin structure through its conserved N-terminal domain.
Molecular Cell. Roč. 85, č. 18 (2025), s. 3407-3424. ISSN 1097-2765. E-ISSN 1097-4164
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX25-15442X
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: Spt6 * Spn1 * Elf1 * transcription elongation * RNA polymerase II * nucleosomes * histones * histone chaperones * FACT * IDR
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 16.6, rok: 2024 ; AIS: 8.697, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1016/j.molcel.2025.08.020
Veverka, Václav
- Winston, F.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0369845