Nápověda

Pecina Adam

Publikace ASEP

Označit vše / Zobrazit všechny roky / Zrušit označení

Označit vše / Zobrazit vše / Zrušit označení

Nalezeno záznamů: 6

0587259 - ÚOCHB 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Bach, Kathrin - Dohnálek, Jan - Škerlová, Jana - Kuzmík, Ján - Poláchová, Edita - Stanchev, Stancho - Majer, Pavel - Fanfrlík, Jindřich - Pecina, Adam - Řezáč, Jan - Lepšík, Martin - Borshchevskiy, V. - Polovinkin, V. - Stříšovský, Kvido
Extensive targeting of chemical space at the prime side of ketoamide inhibitors of rhomboid proteases by branched substituents empowers their selectivity and potency.
European Journal of Medicinal Chemistry. Roč. 275, September (2024), č. článku 116606. ISSN 0223-5234. E-ISSN 1768-3254
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-24456S; GA MŠMT(CZ) LUC23180; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA MŠMT LX22NPO5102
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: Escherichia coli * family protease * defines
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.9, rok: 2024 ; AIS: 0.998, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2024.116606
Stříšovský, Kvido
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0354501

0637964 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Jalaie, M. - Fanfrlík, Jindřich - Pecina, Adam - Lepšík, Martin - Řezáč, Jan
Comparative Analysis of Quantum-Mechanical and Standard Single-Structure Protein-Ligand Scoring Functions with MD-Based Free Energy Calculations.
Journal of Chemical Information and Modeling. Roč. 65, č. 15 (2025), s. 8127-8136. ISSN 1549-9596. E-ISSN 1549-960X
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: binding affinity prediction * accurate * docking
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.3, rok: 2024 ; AIS: 1.526, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5c00604
Řezáč, Jan
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368737

0618184 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kramer, C. - Chodera, J. - Damm-Ganamet, K. L. - Gilson, M. K. - Günther, J. - Lessel, U. - Lewis, R. A. - Mobley, D. - Nittinger, E. - Pecina, Adam - Schapira, M. - Walters, W. P.
The Need for Continuing Blinded Pose- and Activity Prediction Benchmarks.
Journal of Chemical Information and Modeling. Roč. 65, č. 5 (2025), s. 2180-2190. ISSN 1549-9596. E-ISSN 1549-960X
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: protein-ligand poses * drug discovery * affinity rankings
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.3, rok: 2024 ; AIS: 1.526, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/acs.jcim.4c02296
Kramer, C.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0365085

0619186 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kryštůfek, Robin - Verner, Václav - Šácha, Pavel - Hadzima, Martin - Trajhan, Filip - Starková, Jana - Tloušťová, Eva - Dvořáková, Alexandra - Pecina, Adam - Brynda, Jiří - Chalupský, Karel - Hájek, Miroslav - Boucher, M. J. - Majer, Pavel - Řezáč, Jan - Madhani, H. D. - Craik, C. S. - Konvalinka, Jan
On-Resin Assembly of Macrocyclic Inhibitors of Cryptococcus neoformans May1: A Pathway to Potent Antifungal Agents.
Journal of Medicinal Chemistry. Roč. 68, č. 9 (2025), s. 9623-9637. ISSN 0022-2623. E-ISSN 1520-4804
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA24-10814S; GA MZd(CZ) NU22-03-00318; GA MŠMT LX22NPO5102
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: regulated aminopeptidase IRAP * assay * guidelines
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 6.8, rok: 2024 ; AIS: 1.585, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.5c00396
Konvalinka, Jan
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0365923

0582928 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Pecina, Adam - Fanfrlík, Jindřich - Lepšík, Martin - Řezáč, Jan
SQM2.20: Semiempirical quantum-mechanical scoring function yields DFT-quality protein-ligand binding affinity predictions in minutes.
Nature Communications. Roč. 15, February (2024), č. článku 1127. ISSN 2041-1723. E-ISSN 2041-1723
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: NDDO approximations * free energies * docking
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 15.7, rok: 2024 ; AIS: 5.611, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41467-024-45431-8
Řezáč, Jan
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0350971

0635637 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Yurenko, Yevgen - Muždalo, Anja - Černeková, Michaela - Pecina, Adam - Řezáč, Jan - Fanfrlík, Jindřich - Žáková, Lenka - Jiráček, Jiří - Lepšík, Martin
Multiscale Computational Protocols for Accurate Residue Interactions at the Flexible Insulin-Receptor Interface.
Journal of Chemical Information and Modeling. Roč. 65, č. 11 (2025), s. 5690-5705. ISSN 1549-9596. E-ISSN 1549-960X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-17978S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA MŠMT(CZ) LX22NPO5104
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: generalized born model * binding free energies * protein
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 5.3, rok: 2024 ; AIS: 1.526, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5c00772
Lepšík, Martin
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0366668