Publikace ASEP
0639422 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Brungs, Corinna - Schmid, Robin - Heuckeroth, S. - Mazumdar, Aninda - Drexler, Matúš - Šácha, Pavel - Dorrestein, P. C. - Petras, D. - Nothias, L.-F. - Veverka, Václav - Nencka, Radim - Kameník, Zdeněk - Pluskal, Tomáš
MSnLib: efficient generation of open multi-stage fragmentation mass spectral libraries.
Nature Methods. Roč. 22, č. 10 (2025), s. 2028-2031. ISSN 1548-7091. E-ISSN 1548-7105
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5103; GA MŠMT(CZ) EH22_008/0004597; GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Výzkumná infrastruktura: CIISB III - 90242
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61388971
Klíčová slova: trees * spectrometry
Obor OECD: Biochemical research methods; Analytical chemistry (MBU-M)
Impakt faktor: 32.1, rok: 2024 ; AIS: 26.419, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41592-025-02813-0
Schmid, Robin
- Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0369868
0599989 - ÚOCHB 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Čermáková, Kateřina - Šimková, Adéla - Wichterle, Filip - Kryštůfek, Robin - Staňurová, Jana - Vaníčková, Z. - Bušek, P. - Konvalinka, Jan - Šácha, Pavel
Sensitive quantification of fibroblast activation protein and high-throughput screening for inhibition by FDA-approved compounds.
European Journal of Medicinal Chemistry. Roč. 280, December (2024), č. článku 116948. ISSN 0223-5234. E-ISSN 1768-3254
Grant CEP: GA MZd(CZ) NU22-03-00318; GA ČR(CZ) GA24-10814S; GA MŠMT LX22NPO5102
Výzkumná infrastruktura: EATRIS-CZ IV - 90253
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: DIANA * fibroblast activation protein * high-throughput screening * FAP quantification
Obor OECD: Medicinal chemistry
Impakt faktor: 5.9, rok: 2024 ; AIS: 0.998, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2024.116948
Konvalinka, Jan
- Šácha, Pavel
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0357358
0616879 - ÚMCH 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Elter, Johanna K. - Sedlák, F. - Palušák, T. - Bernardová, N. - Lobaz, Volodymyr - Tihlaříková, Eva - Neděla, Vilém - Šácha, Pavel - Hrubý, Martin
Solid lipid nanoparticles coated with glucosylated poly(2-oxazoline)s: a supramolecular toolbox approach.
Biomacromolecules. Roč. 26, č. 2 (2025), s. 861-882. ISSN 1525-7797. E-ISSN 1526-4602
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA24-10814S; GA MŠMT(CZ) EH22_008/0004607; GA MŠMT LX22NPO5102
AV ČR(CZ) StrategieAV21/26
StrategieAV
Institucionální podpora: RVO:61389013 ; RVO:68081731 ; RVO:61388963
Klíčová slova: solid lipid nanoparticles * glucosylated poly(2-oxazoline)s * polymer
Obor OECD: Polymer science; Electrical and electronic engineering (UPT-D); Biochemistry and molecular biology (UOCHB-X)
Impakt faktor: 5.4, rok: 2024 ; AIS: 0.95, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.biomac.4c01052
Elter, Johanna K.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0364537
0582834 - ÚMCH 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Elter, Johanna K. - Liščáková, Veronika - Moravec, Oliver - Vragović, Martina - Filipová, Marcela - Štěpánek, Petr - Šácha, Pavel - Hrubý, Martin
Solid-phase synthesis as a tool to create exactly defined, branched polymer vectors for cell membrane targeting.
Macromolecules. Roč. 57, č. 3 (2024), s. 1050-1071. ISSN 0024-9297. E-ISSN 1520-5835
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-04166S; GA MŠMT LX22NPO5102; GA MZd(CZ) NU22-03-00318; GA MŠMT(CZ) LM2023053
Institucionální podpora: RVO:61389013 ; RVO:61388963
Klíčová slova: peptoids * sequence-defined polymer * solid-phase synthesis
Obor OECD: Polymer science; Medicinal chemistry (UOCHB-X)
Impakt faktor: 5.2, rok: 2024 ; AIS: 0.923, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.macromol.3c02600
Elter, Johanna K. Hrubý, Martin
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0351055
0571308 - ÚOCHB 2024 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Freitas-Lima, Leandro Ceotto - Pačesová, Andrea - Staňurová, Jana - Šácha, Pavel - Marek, Aleš - Hubálek, Martin - Kuneš, Jaroslav - Železná, Blanka - Maletínská, Lenka
GPR160 is not a receptor of anorexigenic cocaine- and amphetamine-regulated transcript peptide.
European Journal of Pharmacology. Roč. 949, June (2023), č. článku 175713. ISSN 0014-2999. E-ISSN 1879-0712
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5104; GA ČR(CZ) GA23-05642S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: binding assay * CARTp * GPCR * GPR160 * transfection
Obor OECD: Pharmacology and pharmacy
Impakt faktor: 4.2, rok: 2023 ; AIS: 0.796, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.ejphar.2023.175713
Maletínská, Lenka
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0342562
0587571 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Hadzima, Martin - Faucher, F. F. - Blažková, K. - Yim, J. J. - Guerra, M. - Chen, S. - Woods, E. C. - Park, K. W. - Šácha, Pavel - Šubr, Vladimír - Kostka, Libor - Etrych, Tomáš - Majer, Pavel - Konvalinka, Jan - Bogyo, M.
Polymer-Tethered Quenched Fluorescent Probes for Enhanced Imaging of Tumor-Associated Proteases.
ACS Sensors. Roč. 9, č. 7 (2024), s. 3720-3729. ISSN 2379-3694. E-ISSN 2379-3694
Grant CEP: GA MŠMT LX22NPO5102; GA MŠMT(CZ) EF18_053/0016940; GA MZd(CZ) NU21-08-00280; GA ČR(CZ) GA23-05642S
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61389013
Klíčová slova: fluorescence * imaging * protease * cancer * HPMA copolymer * iBody
Obor OECD: Polymer science; Polymer science (UMCH-V)
Impakt faktor: 9.1, rok: 2024 ; AIS: 1.539, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acssensors.4c00912
Bogyo, M.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0354701
0577780 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Kertisová, Anna - Žáková, Lenka - Macháčková, Kateřina - Marek, Aleš - Šácha, Pavel - Pompach, Petr - Jiráček, Jiří - Selicharová, Irena
Insulin receptor Arg717 and IGF-1 receptor Arg704 play a key role in ligand binding and in receptor activation.
Open Biology. Roč. 13, č. 11 (2023), č. článku 230142. ISSN 2046-2441. E-ISSN 2046-2441
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5104; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA ČR(CZ) GA22-17978S; GA MŠMT(CZ) EF18_046/0015974
Výzkumná infrastruktura: CIISB III - 90242
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:86652036
Klíčová slova: mutagenesisin vitro * peptide hormone * eceptor modification * eceptor tyrosine kinase * structure–function
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.5, rok: 2023 ; AIS: 1.954, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1098/rsob.230142
Selicharová, Irena
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0346886
0619186 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kryštůfek, Robin - Verner, Václav - Šácha, Pavel - Hadzima, Martin - Trajhan, Filip - Starková, Jana - Tloušťová, Eva - Dvořáková, Alexandra - Pecina, Adam - Brynda, Jiří - Chalupský, Karel - Hájek, Miroslav - Boucher, M. J. - Majer, Pavel - Řezáč, Jan - Madhani, H. D. - Craik, C. S. - Konvalinka, Jan
On-Resin Assembly of Macrocyclic Inhibitors of Cryptococcus neoformans May1: A Pathway to Potent Antifungal Agents.
Journal of Medicinal Chemistry. Roč. 68, č. 9 (2025), s. 9623-9637. ISSN 0022-2623. E-ISSN 1520-4804
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA24-10814S; GA MZd(CZ) NU22-03-00318; GA MŠMT LX22NPO5102
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: regulated aminopeptidase IRAP * assay * guidelines
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 6.8, rok: 2024 ; AIS: 1.585, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.5c00396
Konvalinka, Jan
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0365923
0575786 - ÚMCH 2024 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Lobaz, Volodymyr - Liščáková, Veronika - Sedlák, František - Musil, Dominik - Lukáš Petrova, Svetlana - Šeděnková, Ivana - Pánek, Jiří - Kučka, Jan - Konefal, Rafal - Tihlaříková, Eva - Neděla, Vilém - Pankrác, J. - Šefc, L. - Hrubý, Martin - Šácha, Pavel - Štěpánek, Petr
Tuning polymer-blood and polymer-cytoplasm membrane interactions by manipulating the architecture of poly(2-oxazoline) triblock copolymers.
Colloids and Surfaces B-Biointerfaces. Roč. 231, November (2023), č. článku 113564. ISSN 0927-7765. E-ISSN 1873-4367
Grant CEP: GA MZd(CZ) NU22-03-00318; GA ČR(CZ) GA21-04166S; GA ČR(CZ) GA22-25799S; GA MŠMT LX22NPO5102; GA MŠMT(CZ) LM2023053
Institucionální podpora: RVO:61389013 ; RVO:61388963 ; RVO:68081731
Klíčová slova: amphiphilic triblock polyoxazoline * drug delivery * blood proteins
Obor OECD: Polymer science; Biochemistry and molecular biology (UOCHB-X); Electrical and electronic engineering (UPT-D)
Impakt faktor: 5.4, rok: 2023 ; AIS: 0.713, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0927776523004423?via%3Dihub
Lobaz, Volodymyr
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0345639
0642428 - ÚOCHB 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Pokorná, Jana - Hadzima, Martin - Křenková, Alena - Smith, Joshua David - Šubr, Vladimír - Kryštůfek, Robin - Hubálek, Martin - Starková, Jana - Šrámková, Karolína - Etrych, Tomáš - Kostka, Libor - Sedlák, František - Konvalinka, Jan - Šácha, Pavel
Uncovering the glutamate carboxypeptidase II microenvironment using a multi-labeling proteomic approach.
Scientific Reports. Roč. 15, November (2025), č. článku 45461. ISSN 2045-2322. E-ISSN 2045-2322
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05642S; GA MŠMT LX22NPO5102; GA MZd(CZ) NU22-03-00318
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61389013
Klíčová slova: PSMA * protein proximity labeling * iBody * HRP * µMap * riboflavin
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology; Polymer science (UMCH-V)
Impakt faktor: 3.9, rok: 2024 ; AIS: 1.029, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41598-025-28826-5
Konvalinka, Jan
- Šácha, Pavel
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0372342
0585892 - ÚMCH 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Sansee, A. - Kostka, Libor - Marcalíková, Adéla - Kudláčová, Júlia - Sedlák, František - Kotrchová, Lenka - Šácha, Pavel - Etrych, Tomáš - Kielar, F.
Iridium-based polymeric multifunctional imaging tools for biochemistry.
ChemPlusChem. Roč. 89, č. 5 (2024), č. článku e202300647. ISSN 2192-6506. E-ISSN 2192-6506
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05642S; GA MŠMT LX22NPO5102
Institucionální podpora: RVO:61389013 ; RVO:61388963
Klíčová slova: HPMA * iridium complex * imaging
Obor OECD: Polymer science; Medicinal chemistry (UOCHB-X)
Impakt faktor: 2.8, rok: 2024 ; AIS: 0.537, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://chemistry-europe.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cplu.202300647
Kostka, Libor
- Kielar, F.
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0353702
0583976 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Sedlák, František - Kvasnička, A. - Marešová, Barbora - Brumarová, R. - Dobešová, D. - Dostálová, K. - Šrámková, Karolína - Pehr, Martin - Šácha, Pavel - Friedecký, D. - Konvalinka, Jan
Parallel Metabolomics and Lipidomics of a PSMA/GCPII Deficient Mouse Model Reveal Alteration of NAAG Levels and Brain Lipid Composition.
ACS Chemical Neuroscience. Roč. 15, č. 7 (2024), s. 1342-1355. ISSN 1948-7193. E-ISSN 1948-7193
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-04166S; GA MŠMT LX22NPO5102
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: lipidomics * metabolomics * N-acetyl-aspartyl-glutamate * glutamate carboxypeptidase II * FOLH1 * folyl-poly-γ-glutamyl hydrolase I
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.9, rok: 2024 ; AIS: 0.91, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acschemneuro.3c00494
Friedecký, D.
- Konvalinka, Jan
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0351973
0635650 - ÚOCHB 2026 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Smith, Joshua David - Tvrdoňová Stillerová, Vendula - Dračínský, Martin - Popr, Martin - Angermeier Gaustad, H. L. - Lorenzi, Quentin - Smrčková, Helena - Reinhardt, J. K. - Liénard, M. A. - Bednárová, Lucie - Šácha, Pavel - Pluskal, Tomáš
Discovery and isolation of novel capsaicinoids and their TRPV1-related activity.
European Journal of Pharmacology. Roč. 999, July (2025), č. článku 177700. ISSN 0014-2999. E-ISSN 1879-0712
Grant CEP: GA ČR(CZ) GM21-11563M
GRANT EU: European Commission(XE) 891397 - KavaTarget
Výzkumná infrastruktura: CZ-OPENSCREEN IV - 90252
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:68378050
Klíčová slova: natural products * vanilloids * capsaicin * MS/MS spectrometry * calcium imaging * TRPV1 * metabolomics
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.7, rok: 2024 ; AIS: 0.879, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.ejphar.2025.177700
Pluskal, Tomáš
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0366686
0638025 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šímová, Magdalena - Ormsby, Tereza - Šinkevičiūtė, Ugnė - Sirotová Veselovská, Lucia - Čermáková, Kateřina - Hadzima, Martin - Bartoň, Lenka - Staňurová, Jana - Kramná, Anežka - Šácha, Pavel - Tichý, Michal - Hocek, Michal - Konvalinka, Jan - Blažková, Kristýna
Identification of 6-Aryl-7-Deazapurine Ribonucleoside Phosphonates as Inhibitors of Ecto-5′-Nucleotidase (CD73).
ACS Pharmacology & Translational Science. Roč. 8, č. 8 (2025), s. 2575-2585. E-ISSN 2575-9108
Grant CEP: GA MŠMT LX22NPO5102; GA ČR(CZ) GA24-10814S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: CD73 * monophosphonate * high-throughput screening * DNA-linked probe * ecto-5'-nucleotidase * tumor microenvironment
Obor OECD: Medicinal chemistry
Impakt faktor: 3.7, rok: 2024 ; AIS: 1.164, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acsptsci.5c00180
Konvalinka, Jan
- Blažková, Kristýna
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0368790
0643900 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šinkevičiūtė, Ugnė - Šímová, Magdalena - Staník, Radek - Poštová Slavětínská, Lenka - Blažková, Kristýna - Šácha, Pavel - Lepšík, Martin - Řezáč, Jan - Konvalinka, Jan - Ormsby, Tereza - Tichý, Michal - Hocek, Michal
Potent Competitive Inhibitors of Ecto-5′-nucleotidase (CD73) based on 6-(Het)aryl-7-deazapurine Ribonucleoside 5′-O-Bisphosphonates.
ACS Pharmacology & Translational Science. Roč. 9, č. 1 (2026), s. 191-213. E-ISSN 2575-9108
Grant CEP: GA MŠMT LX22NPO5102; GA MZd(CZ) NU22-03-00318; GA ČR(CZ) GA24-10814S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: nucleotides * nucleoside bisphosphonates * pyrrolopyrimidines * CD73 inhibitors * cancer immunotherapy
Impakt faktor: 3.7, rok: 2024 ; AIS: 1.164, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acsptsci.5c00707
Ormsby, Tereza
- Tichý, Michal
- Hocek, Michal
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0373736
0636902 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Zamani, Mohammad Reza - Šácha, Pavel
Immune checkpoint inhibitors in cancer therapy: what lies beyond monoclonal antibodies?
Medical Oncology. Roč. 42, č. 7 (2025), č. článku 273. ISSN 1357-0560. E-ISSN 1559-131X
Grant CEP: GA MŠMT LX22NPO5102; GA ČR(CZ) GA24-10814S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: cancer therapy * immunotherapy * immune checkpoint inhibitors * monoclonal antibodies * small molecules
Obor OECD: Medicinal chemistry
Impakt faktor: 3.5, rok: 2024 ; AIS: 0.672, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1007/s12032-025-02822-1
Šácha, Pavel
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0367856
0586357 - ÚOCHB 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Zamani, Mohammad Reza - Hadzima, Martin - Blažková, Kristýna - Šubr, Vladimír - Ormsby, Tereza - Celis-Gutierrez, J. - Malissen, B. - Kostka, Libor - Etrych, Tomáš - Šácha, Pavel - Konvalinka, Jan
Polymer-based antibody mimetics (iBodies) target human PD-L1 and function as a potent immune checkpoint blocker.
Journal of Biological Chemistry. Roč. 300, č. 6 (2024), č. článku 107325. ISSN 0021-9258. E-ISSN 1083-351X
Grant CEP: GA MŠMT LX22NPO5102; GA ČR(CZ) GA23-05642S
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61389013
Klíčová slova: PD-1 * PD-L1 * immune checkpoint * HPMA copolymer * antibody mimetic * T-cell * inhibitor * immunotherapy * immunosuppression * tumor immunology
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology; Polymer science (UMCH-V)
Impakt faktor: 3.9, rok: 2024 ; AIS: 1.458, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.jbc.2024.107325
Šácha, Pavel
- Konvalinka, Jan
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0353904
0603161 - ÚOCHB 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Zamani, Mohammad Reza - Šácha, Pavel
TIM3 in COVID-19, A potential hallmark?
Heliyon. Roč. 10, č. 23 (2024), č. článku e40386. ISSN 2405-8440. E-ISSN 2405-8440
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5103; GA ČR(CZ) GA24-10814S
AV ČR(CZ) StrategieAV21/25
StrategieAV
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: COVID-19 * TIM3 * immune checkpoint * biomarker * virus * infection
Obor OECD: Virology
Impakt faktor: 3.6, rok: 2024 ; AIS: 0.613, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2024.e40386
Šácha, Pavel
Trvalý odkaz:
https://hdl.handle.net/11104/0360397