Nápověda

Lepšík Martin

Publikace ASEP

Označit vše / Zobrazit všechny roky / Zrušit označení

Označit vše / Zobrazit vše / Zrušit označení

Nalezeno záznamů: 18

0587259 - ÚOCHB 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Bach, Kathrin - Dohnálek, Jan - Škerlová, Jana - Kuzmík, Ján - Poláchová, Edita - Stanchev, Stancho - Majer, Pavel - Fanfrlík, Jindřich - Pecina, Adam - Řezáč, Jan - Lepšík, Martin - Borshchevskiy, V. - Polovinkin, V. - Stříšovský, Kvido
Extensive targeting of chemical space at the prime side of ketoamide inhibitors of rhomboid proteases by branched substituents empowers their selectivity and potency.
European Journal of Medicinal Chemistry. Roč. 275, September (2024), č. článku 116606. ISSN 0223-5234. E-ISSN 1768-3254
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-24456S; GA MŠMT(CZ) LUC23180; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA MŠMT LX22NPO5102
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: Escherichia coli * family protease * defines
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.9, rok: 2024 ; AIS: 0.998, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2024.116606
Stříšovský, Kvido
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0354501

0618547 - ÚOCHB 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Bano, F. - Banerji, S. - Ni, T. - Green, D. E. - Cook, K. R. - Manfield, I. W. - DeAngelis, P.L. - Paci, E. - Lepšík, Martin - Gilbert, R. J. C. - Richter, R. P. - Jackson, D. G.
Structure and unusual binding mechanism of the hyaluronan receptor LYVE-1 mediating leucocyte entry to lymphatics.
Nature Communications. Roč. 16, March (2025), č. článku 2754. ISSN 2041-1723. E-ISSN 2041-1723
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: molecular dynamics * endothelial cells * dendritic cells
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 15.7, rok: 2024 ; AIS: 5.611, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41467-025-57866-8
Lepšík, Martin
- Gilbert, R. J. C.
- Richter, R. P.
- Jackson, D. G.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0365424

0553871 - ÚOCHB 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Benýšek, Jakub - Buša, Michal - Rubešová, Petra - Fanfrlík, Jindřich - Lepšík, Martin - Brynda, Jiří - Matoušková, Zuzana - Bartz, U. - Horn, Martin - Gütschow, M. - Mareš, Michael
Highly potent inhibitors of cathepsin K with a differently positioned cyanohydrazide warhead: structural analysis of binding mode to mature and zymogen-like enzymes.
Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry. Roč. 37, č. 1 (2022), s. 515-526. ISSN 1475-6366. E-ISSN 1475-6374
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: Cathepsin K * protease inhibitor * cyanohydrazide warhead * azadipeptide nitrile * crystal structure
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.6, rok: 2022 ; AIS: 0.667, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1080/14756366.2021.2024527
Mareš, Michael
Trvalý odkaz: http://hdl.handle.net/11104/0328551

0583349 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Dhillon, Arun - Persson, B. D. - Volkov, A. N. - Sülzen, Hagen - Kádek, Alan - Pompach, Petr - Kereiche, Sami - Lepšík, Martin - Danskog, K. - Uetrecht, C. - Arnberg, N. - Zoll, Sebastian
Structural insights into the interaction between adenovirus C5 hexon and human lactoferrin.
Journal of Virology. Roč. 98, č. 3 (2024), č. článku e01576-23. ISSN 0022-538X. E-ISSN 1098-5514
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF18_046/0015974
Výzkumná infrastruktura: CIISB III - 90242
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61388971 ; RVO:86652036
Klíčová slova: adenovirus * lactoferrin * cryo-EM * immune evasion * viral entry
Obor OECD: Virology; Virology (MBU-M); Virology (BTO-N)
Impakt faktor: 3.8, rok: 2024 ; AIS: 1.105, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1128/jvi.01576-23
Zoll, Sebastian
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0351321

0642158 - ÚOCHB 2026 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Dostál, Jiří - Uhrová, Zdeňka - Škrlová, Magdalena - Macháček, Stanislav - Clarová, Kamila - Lepšík, Martin - Bulvas, Ondřej - Vrábel, Milan - Heidingsfeld, Olga - Pichová, Iva
Structural characterization and inhibition of carbonic anhydrase from Candida parapsilosis.
Journal of Structural Biology: X. Roč. 12, December (2025), č. článku 100140. ISSN 2590-1524. E-ISSN 2590-1524
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5103
Výzkumná infrastruktura: CIISB III - 90242
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: β-class carbonic anhydrase * Candida parapsilosis * CpNCE103p * X-ray crystallography * acetazolamide
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.1, rok: 2024 ; AIS: 2.25, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1016/j.yjsbx.2025.100140
Pichová, Iva
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0372072

0567034 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Fanfrlík, Jindřich - Brynda, Jiří - Kugler, Michael - Lepšík, Martin - Pospíšilová, Klára - Holub, Josef - Hnyk, Drahomír - Nekvinda, Jan - Grüner, Bohumír - Řezáčová, Pavlína
B-H⋯π and C-H⋯π interactions in protein-ligand complexes: carbonic anhydrase II inhibition by carborane sulfonamides.
Physical Chemistry Chemical Physics. Roč. 25, č. 3 (2023), s. 1728-1733. ISSN 1463-9076. E-ISSN 1463-9084
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA MŠMT LX22NPO5102; GA ČR(CZ) GA21-14409S
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61388980
Klíčová slova: ⋯π * hydrogen bond * dispersion
Obor OECD: Physical chemistry; Inorganic and nuclear chemistry (UACH-T)
Impakt faktor: 2.9, rok: 2023 ; AIS: 0.624, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1039/D2CP04673C

Fanfrlík, Jindřich Řezáčová, Pavlína
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0338302

0556783 - ÚOCHB 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Giacobelli, V. G. - Fujishima, K. - Lepšík, Martin - Tretyachenko, V. - Kadavá, T. - Makarov, M. - Bednárová, Lucie - Novák, Petr - Hlouchová, Klára
In Vitro Evolution Reveals Noncationic Protein-RNA Interaction Mediated by Metal Ions.
Molecular Biology and Evolution. Roč. 39, č. 3 (2022), č. článku msac032. ISSN 0737-4038. E-ISSN 1537-1719
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA MŠMT(CZ) ED1.1.00/02.0109
GRANT EU: European Commission(XE) 823839 - EPIC-XS
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963 ; RVO:61388971
Klíčová slova: RNA-protein interaction * genetic code evolution * protein evolution * mRNA-display
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 10.7, rok: 2022 ; AIS: 5.074, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1093/molbev/msac032
Hlouchová, Klára
Trvalý odkaz: http://hdl.handle.net/11104/0330979

0637964 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Jalaie, M. - Fanfrlík, Jindřich - Pecina, Adam - Lepšík, Martin - Řezáč, Jan
Comparative Analysis of Quantum-Mechanical and Standard Single-Structure Protein-Ligand Scoring Functions with MD-Based Free Energy Calculations.
Journal of Chemical Information and Modeling. Roč. 65, č. 15 (2025), s. 8127-8136. ISSN 1549-9596. E-ISSN 1549-960X
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: binding affinity prediction * accurate * docking
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.3, rok: 2024 ; AIS: 1.526, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5c00604
Řezáč, Jan
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368737

0602835 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Ji, S. - Bach, Kathrin - Miriyala, Vijay Madhav - Dohnálek, Jan - Riopedre Fernández, Miguel - Lepšík, Martin - van de Plassche, M. - Vanhoutte, R. - Barniol-Xicota, M. - Moreira, R. - Stříšovský, Kvido - Verhelst, S. H. L.
4-Oxo-β-lactams as Covalent Inhibitors of the Mitochondrial Intramembrane Protease PARL.
ACS Medicinal Chemistry Letters. Roč. 15, č. 12 (2024), s. 2101-2106. ISSN 1948-5875
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LUC23180; GA ČR(CZ) GA21-24456S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: intramembrane proteases * rhomboids * β-lactams
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4, rok: 2024 ; AIS: 0.972, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1021/acsmedchemlett.4c00384
Stříšovský, Kvido
- Verhelst, S. H. L.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0360155

0574395 - ÚOCHB 2024 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Kuba, Miroslav - Khoroshyy, Petro - Lepšík, Martin - Kužmová, Erika - Kodr, David - Kraus, Tomáš - Hocek, Michal
Real-time Imaging of Nascent DNA in Live Cells by Monitoring the Fluorescence Lifetime of DNA-Incorporated Thiazole Orange-Modified Nucleotides.
Angewandte Chemie - International Edition. Roč. 62, č. 38 (2023), č. článku e202307548. ISSN 1433-7851. E-ISSN 1521-3773
Grant CEP: GA ČR(CZ) GX20-00885X
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: DNA synthesis * fluorescence lifetime imaging microscopy * fluorophores * metabolic labelling * nucleotides
Obor OECD: Organic chemistry
Impakt faktor: 16.1, rok: 2023 ; AIS: 3.764, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1002/anie.202307548
Kraus, Tomáš
- Hocek, Michal
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0344723

0637626 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Le Nguyen, Ngoc Lan - Žák, Jiří - Jungwirth, Pavel - Lepšík, Martin
NMR-Derived Salt Bridges in Insulin Analogue: Resolving Artifactual Overbinding in Molecular Dynamics via Charge Scaling.
Journal of Physical Chemistry Letters. Roč. 16, č. 29 (2025), s. 7436-7442. ISSN 1948-7185
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-06755S
GRANT EU: European Commission(XE) 101095957 - Q-SCALING
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: surface electrostatic interactions * effective inclusion * software news
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 4.6, rok: 2024 ; AIS: 1.176, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.5c01786
Lepšík, Martin
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368461

0564527 - ÚOCHB 2024 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Lin, Jingjing - Selicharová, Irena - Mitrová, Katarína - Fabre, Benjamin - Miriyala, Vijay Madhav - Lepšík, Martin - Jiráček, Jiří - Garre Hernández, María Soledad
Targeting the insulin receptor with hormone and peptide dimers.
Journal of Peptide Science. Roč. 29, č. 4 (2023), č. článku e3461. ISSN 1075-2617. E-ISSN 1099-1387
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: insulin * dimer * bioconjugate * agonism * antagonism * peptidomimetics * receptor * peptide hormone
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 1.8, rok: 2023 ; AIS: 0.325, rok: 2023
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1002/psc.3461
Jiráček, Jiří
- Garre Hernández, María Soledad
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0336187

0571224 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Pávová, Marcela - Reyes Gutierrez, Paul Eduardo - Kozák, Jaroslav - Dobiaš, Juraj - Yurenko, Yevgen - Lepšík, Martin - Teplý, Filip - Weber, Jan
Helquat dyes targeting G-quadruplexes as a new class of anti-HIV-1 inhibitors.
Scientific Reports. Roč. 13, April (2023), č. článku 6096. ISSN 2045-2322. E-ISSN 2045-2322
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) LX22NPO5103
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ - 90140
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: long terminal repeat * promoter * binding
Obor OECD: Virology
Impakt faktor: 3.8, rok: 2023 ; AIS: 1.061, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41598-023-33263-3
Weber, Jan
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0342496

0582928 - ÚOCHB 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Pecina, Adam - Fanfrlík, Jindřich - Lepšík, Martin - Řezáč, Jan
SQM2.20: Semiempirical quantum-mechanical scoring function yields DFT-quality protein-ligand binding affinity predictions in minutes.
Nature Communications. Roč. 15, February (2024), č. článku 1127. ISSN 2041-1723. E-ISSN 2041-1723
Výzkumná infrastruktura: e-INFRA CZ II - 90254
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: NDDO approximations * free energies * docking
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 15.7, rok: 2024 ; AIS: 5.611, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1038/s41467-024-45431-8
Řezáč, Jan
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0350971

0569104 - ÚOCHB 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Porkolab, V. - Lepšík, Martin - Ordanini, S. - St John, A. - Le Roy, A. - Thépaut, M. - Paci, E. - Ebel, C. - Bernardi, A. - Fieschi, F.
Powerful Avidity with a Limited Valency for Virus-Attachment Blockers on DC-SIGN: Combining Chelation and Statistical Rebinding with Structural Plasticity of the Receptor.
ACS Central Science. Roč. 9, č. 4 (2023), s. 709-718. ISSN 2374-7943. E-ISSN 2374-7951
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: lectin receptors * trans-infection * ligands
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 13.1, rok: 2023 ; AIS: 4.505, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acscentsci.2c01136
Bernardi, A.
- Fieschi, F.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0340429

0643900 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Šinkevičiūtė, Ugnė - Šímová, Magdalena - Staník, Radek - Poštová Slavětínská, Lenka - Blažková, Kristýna - Šácha, Pavel - Lepšík, Martin - Řezáč, Jan - Konvalinka, Jan - Ormsby, Tereza - Tichý, Michal - Hocek, Michal
Potent Competitive Inhibitors of Ecto-5′-nucleotidase (CD73) based on 6-(Het)aryl-7-deazapurine Ribonucleoside 5′-O-Bisphosphonates.
ACS Pharmacology & Translational Science. Roč. 9, č. 1 (2026), s. 191-213. E-ISSN 2575-9108
Grant CEP: GA MŠMT LX22NPO5102; GA MZd(CZ) NU22-03-00318; GA ČR(CZ) GA24-10814S
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: nucleotides * nucleoside bisphosphonates * pyrrolopyrimidines * CD73 inhibitors * cancer immunotherapy
Impakt faktor: 3.7, rok: 2024 ; AIS: 1.164, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acsptsci.5c00707
Ormsby, Tereza
- Tichý, Michal
- Hocek, Michal
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0373736

0556399 - ÚOCHB 2023 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Tobola, F. - Lepšík, Martin - Zia, S. R. - Leffler, H. - Nilsson, U. J. - Blixt, O. - Imberty, A. - Wiltschi, B.
Engineering the Ligand Specificity of the Human Galectin-1 by Incorporation of Tryptophan Analogues.
Chembiochem. Roč. 23, č. 5 (2022), č. článku e202100593. ISSN 1439-4227. E-ISSN 1439-7633
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: lectins * molecular dynamic * non-canonical amino acids * protein engineering * synthetic glycobiolog
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.2, rok: 2022 ; AIS: 0.766, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://doi.org/10.1002/cbic.202100593
Wiltschi, B.
Trvalý odkaz: http://hdl.handle.net/11104/0331096

0635637 - ÚOCHB 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Yurenko, Yevgen - Muždalo, Anja - Černeková, Michaela - Pecina, Adam - Řezáč, Jan - Fanfrlík, Jindřich - Žáková, Lenka - Jiráček, Jiří - Lepšík, Martin
Multiscale Computational Protocols for Accurate Residue Interactions at the Flexible Insulin-Receptor Interface.
Journal of Chemical Information and Modeling. Roč. 65, č. 11 (2025), s. 5690-5705. ISSN 1549-9596. E-ISSN 1549-960X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-17978S; GA MŠMT(CZ) EF16_019/0000729; GA MŠMT(CZ) LX22NPO5104
Institucionální podpora: RVO:61388963
Klíčová slova: generalized born model * binding free energies * protein
Obor OECD: Biophysics
Impakt faktor: 5.3, rok: 2024 ; AIS: 1.526, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5c00772
Lepšík, Martin
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0366668