Dobrovolná Michaela

0604124 - BFÚ 2025 RIV CZ eng J - Článek v odborném periodiku
Bartas, M. - Cerven, J. - Valková, Natalia - Volna, A. - Dobrovolná, Michaela - Šislerová, Lucie - Baldvinsson, H. - Pečinka, P. - Brázda, Václav
RNA analysis of the longest living vertebrate Greenland shark revealed an abundance of LINE-like elements in its transcriptome.
Czech Polar Reports. Roč. 13, č. 2 (2023), s. 210-227. ISSN 1805-0689. E-ISSN 1805-0697
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: somniosus-microcephalus * reverse-transcriptase * protein * cancer * prediction * alignment * accurate * database * search * Greenland shark * transcriptome * bioinformatics * line1 * longevity research * Somniosus microcephalus
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 0.5, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://journals.muni.cz/CPR/article/view/38141

Bartas, M. Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0361474

0557781 - BFÚ 2023 RIV FR eng J - Článek v odborném periodiku
Bohalova, Natalia - Dobrovolná, Michaela - Brázda, Václav - Bidula, S.
Conservation and over-representation of G-quadruplex sequences in regulatory regions of mitochondrial DNA across distinct taxonomic sub-groups.
Biochimie. Roč. 194, MAR 2022 (2022), s. 28-34. ISSN 0300-9084. E-ISSN 1638-6183
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA18-15548S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: r-loops * rna * sites * Mitochondria * Genome
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.9, rok: 2022 ; AIS: 0.757, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908421002947?via%3Dihub
Bidula, S.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0339565

0582377 - BFÚ 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Brázda, Václav - Valková, Natalia - Dobrovolná, Michaela - Mergny, Jean-Louis
Abundance of G-Quadruplex Forming Sequences in the Hepatitis Delta Virus Genomes.
ACS Omega. Roč. 9, č. 3 (2024), s. 4096-4101. ISSN 2470-1343. E-ISSN 2470-1343
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: rna g-quadruplex * dna
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.3, rok: 2024 ; AIS: 0.673, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsomega.3c09288
Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0352960

0574515 - BFÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Brázda, Václav - Dobrovolná, Michaela - Bohalova, Natalia - Mergny, Jean-Louis
G-quadruplexes in the evolution of hepatitis B virus.
Nucleic Acids Research. Roč. 51, č. 14 (2023), s. 7198-7204. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: FORMING SEQUENCES * GENOME * TRANSCRIPTION
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 16.7, rok: 2023 ; AIS: 5.863, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nar/article/51/14/7198/7217046?login=true

Brázda, Václav Mergny, Jean-Louis
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0350075

0635564 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Cucchiarini, A. - Dobrovolná, Michaela - Brázda, Václav - Mergny, Jean-Louis
Analysis of quadruplex propensity of aptamer sequences.
Nucleic Acids Research. Roč. 53, č. 9 (2025), č. článku gkaf424. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: in-vitro selection * dna aptamers * selex * capture * bias
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 13.1, rok: 2024 ; AIS: 5.99, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nar/article/53/9/gkaf424/8133626?login=true
Brázda, Václav
- Mergny, Jean-Louis
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368199

0617108 - BFÚ 2026 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Dobrovolná, Michaela - Mergny, Jean-Louis - Brázda, Václav
Complete analysis of G-quadruplex forming sequences in the gapless assembly of human chromosome Y.
Biochimie. Roč. 229, FEB 2025 (2025), s. 49-57. ISSN 0300-9084. E-ISSN 1638-6183
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: Gapless assembly * Chromosome Y * G-quadruplex * Genome analysis
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3, rok: 2024 ; AIS: 0.729, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908424002335?via%3Dihub
Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368198

0640808 - BFÚ 2026 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Dobrovolná, Michaela - Bowater, R. P. - Pečinka, P. - Brázda, Václav - Bartas, M.
High-Resolution Assembly of the Human Y Chromosome Identifies a Vast Landscape of Inverted Repeats Associated with Structural and Functional Genomic Features.
International Journal of Molecular Sciences. Roč. 26, č. 20 (2025), č. článku 10180. ISSN 1661-6596. E-ISSN 1422-0067
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: regulatory elements * region * sequences * server * promo * inverted repeats * human genome * chromosome Y * t2t * bioinformatics * non-B DNA structures
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.9, rok: 2024 ; AIS: 1.121, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/1422-0067/26/20/10180
Brázda, Václav
- Bartas, M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0371650

0567736 - BFÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Dobrovolná, Michaela - Brázda, Václav - Warner, E. F. - Bidula, S.
Inverted repeats in the monkeypox virus genome are hot spots for mutation.
Journal of Medical Virology. Roč. 95, č. 1 (2023). ISSN 0146-6615. E-ISSN 1096-9071
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: apobec * evolution * inverted repeats * monkeypox * mutation
Obor OECD: Virology
Impakt faktor: 6.8, rok: 2023 ; AIS: 1.447, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jmv.28322
Bidula, S.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0344248

0560261 - BFÚ 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Dobrovolná, Michaela - Bohalova, Natalia - Peška, Vratislav - Wang, J. - Luo, Y. - Bartas, M. - Volna, A. - Mergny, Jean-Louis - Brázda, Václav
The Newly Sequenced Genome of Pisum sativum Is Replete with Potential G-Quadruplex-Forming Sequences-Implications for Evolution and Biological Regulation.
International Journal of Molecular Sciences. Roč. 23, č. 15 (2022), č. článku 8482. ISSN 1661-6596. E-ISSN 1422-0067
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: G-quadruplex * G4 propensity * chloroplast DNA * sequence prediction
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.6, rok: 2022 ; AIS: 1.03, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/1422-0067/23/15/8482
Mergny, Jean-Louis
- Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0340527

0641690 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Dobrovolná, Michaela - Brázda, Václav
Z-DNA interaction proteins insights from ChIP-seq data.
Biochemical and Biophysical Research Communications. Roč. 790, NOV 19 2025 (2025), č. článku 152910. ISSN 0006-291X. E-ISSN 1090-2104
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA MŠMT(CZ) LUAKR25078
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: forming sequences * transcription * binding * gene * reveals * regions * element
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 2.2, rok: 2024 ; AIS: 0.573, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006291X25016262?pes=vor&utm_source=clarivate&getft_integrator=clarivate
Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374136

0600747 - BFÚ 2025 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Gajarský, M. - Stadlbauer, Petr - Šponer, Jiří - Cucchiarini, A. - Dobrovolná, Michaela - Brázda, Václav - Mergny, Jean-Louis - Trantírek, L. - Zivkovic, M.L.
DNA Quadruplex Structure with a Unique Cation Dependency.
Angewandte Chemie - International Edition. Roč. 63, č. 7 (2024), č. článku e202313226. ISSN 1433-7851. E-ISSN 1521-3773
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-23718S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: telomeric g-quadruplex * amber force-field * center-dot-g * molecular-dynamics * nucleic-acids * k+ solution * simulations * insights * reveals
Obor OECD: Organic chemistry
Impakt faktor: 16.9, rok: 2024 ; AIS: 3.51, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.202313226
Trantírek, L.
- Zivkovic, M.L.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0358042

0574514 - BFÚ 2024 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Goswami, Pratik - Šislerová, Lucie - Dobrovolná, Michaela - Havlík, J. - Šťastný, J. - Brázda, Václav
Interaction of C-terminal p53 isoforms depends strongly upon DNA sequence and topology.
Biochimie. Roč. 208, MAY 2023 (2023), s. 93-99. ISSN 0300-9084. E-ISSN 1638-6183
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: p53 isoforms * G-quadruplex * Atomic force microscopy * p53-DNA binding * Supercoiled DNA
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.3, rok: 2023 ; AIS: 0.726, rok: 2023
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908422003352?via%3Dihub
Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0350064

0604216 - BFÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Kledus, Filip - Dobrovolná, Michaela - Mergny, Jean-Louis - Brázda, Václav
Asymmetric distribution of G-quadruplex forming sequences in genomes of retroviruses.
Scientific Reports. Roč. 15, č. 1 (2025), č. článku 76. ISSN 2045-2322. E-ISSN 2045-2322
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: terminal repeat promoter * rna g-quadruplexes * myc g-quadruplex * dna * nucleolin * binding * transcription * protein
Obor OECD: Cell biology
Impakt faktor: 3.9, rok: 2024 ; AIS: 1.029, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41598-024-82613-2
Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368161

0644606 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Kratochvilová, Libuše - Dinová, Alessandra - Valková, Natalia - Dobrovolná, Michaela - Sanchez-Murcia, Pedro A. - Brázda, Václav
Chromatin Immunoprecipitation Reveals p53 Binding to G-Quadruplex DNA Sequences in Myeloid Leukemia Cell Lines.
ACS Bio & Med Chem Au. Roč. 5, č. 2 (2025), s. 283-298. ISSN 2694-2437. E-ISSN 2694-2437
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: mutant p53 * tumor-suppressor * damage responses * cancer * modulation * mutations * requires * complex * model
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.3, rok: 2024 ; AIS: 1.129, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsbiomedchemau.4c00124
Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374452

0642479 - BFÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Petrovic, M. - Bartas, M. - Garratt, A.N. - Pečinka, P. - Dobrovolná, Michaela - Konarikova, Klara - Trenz, O. - Brázda, Václav - Šťastný, J.
Z-DNA Hunter tool for straightforward detection of Z-DNA forming regions and a case study in Drosophila.
NAR Genomics and Bioinformatics. Roč. 7, č. 4 (2025), č. článku lqaf166. E-ISSN 2631-9268
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S; GA MŠMT(CZ) LUAKR25078
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: b-z transition * handed z-dna * binding * identification * promoter
Obor OECD: Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
Impakt faktor: 2.8, rok: 2024 ; AIS: 2.536, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nargab/article/7/4/lqaf166/8332371?login=true
Brázda, Václav
- Šťastný, J.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374183

0602933 - BFÚ 2025 RIV DE eng J - Článek v odborném periodiku
Satta, G. - Trajkovski, M. - Cantara, Alessio - Mura, M. - Meloni, C. - Olla, G. - Dobrovolná, Michaela - Pisano, L. - Gaspa, S. - Salis, A. - De Luca, L. - Mocci, F. - Brázda, Václav - Plavec, J. - Carraro, M.
Complex Biophysical and Computational Analyses of G-Quadruplex Ligands: The Porphyrin Stacks Back.
Chemistry - A European Journal. Roč. 30, č. 69 (2024). ISSN 0947-6539. E-ISSN 1521-3765
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * monovalent ion parameters * targeting g-quadruplexes * telomeric g-quadruplex * c-myc * force-field * nucleic-acids * mass-spectrometry * accurate docking * promoter region * dna
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 3.7, rok: 2024 ; AIS: 0.762, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://chemistry-europe.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/chem.202402600
Plavec, J.
- Carraro, M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0360662

0644099 - BFÚ 2027 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Šislerová, Lucie - Petrovic, M. - Dobrovolná, Michaela - Šťastný, J. - Rozmaric, T. - Dworak, H. - Kratochvilová, Libuše - Vesela, Lenka - Schadl, B. - Gruber, F. - Grillari, J. - Freystatter, C. - Ogrodnik, M. - Brázda, Václav
G-quadruplex motifs prediction and visualization in Sus scrofa genome.
Genomics. Roč. 118, č. 1 (2026), č. článku 111168. ISSN 0888-7543. E-ISSN 1089-8646
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: dna secondary structures * identification * G-quadruplexes * Sus scrofa * Homo sapiens * Targeted therapies
Obor OECD: Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
Impakt faktor: 3, rok: 2024 ; AIS: 0.723, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0888754325001843?pes=vor&utm_source=clarivate&getft_integrator=clarivate
Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374143