0602185 - BFÚ 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Basu, Pritha - Kejnovská, Iva - Gajarský, M. - Šubert, Denis - Mikešová, Tereza - Renčiuk, Daniel - Trantírek, L. - Mergny, Jean-Louis - Vorlíčková, Michaela
RNA G-quadruplex formation in biologically important transcribed regions: can two-tetrad intramolecular RNA quadruplexes be formed?
Nucleic Acids Research. Roč. 52, č. 21 (2024), s. 13224-13242. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-29738S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: circular dichroism * DNA * stacking
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 13.1, rok: 2024 ; AIS: 5.99, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nar/article/52/21/13224/7874850?login=true#google_vignette
Mergny, Jean-Louis
- Vorlíčková, Michaela
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0360476

0600915 - BFÚ 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Brázda, Václav - Šislerová, Lucie - Cucchiarini, A. - Mergny, Jean-Louis
G-quadruplex propensity in H. neanderthalensis, H. sapiens and Denisovans mitochondrial genomes.
NAR Genomics and Bioinformatics. Roč. 6, č. 2 (2024), č. článku lqae060. E-ISSN 2631-9268
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: displacement-loop * genetic history * dna * sequence * rna * introgression * mtdna
Obor OECD: Cell biology
Impakt faktor: 2.8, rok: 2024 ; AIS: 2.536, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nargab/article/6/2/lqae060/7685155?login=true

Brázda, Václav Mergny, Jean-Louis
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0358184

0583599 - BFÚ 2024 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Brázda, Václav - Mergny, Jean-Louis
Quadruplexes and aging: G4-binding proteins regulate the presence of miRNA in small extracellular vesicles (sEVs).
Biochimie. Roč. 214, NOV 2023 (2023), s. 69-72. ISSN 0300-9084. E-ISSN 1638-6183
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: small-molecule * translation * mechanism * insights * biology * binding * dna * RNA-Binding protein * Exosome
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.3, rok: 2023 ; AIS: 0.726, rok: 2023
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908423000147?via%3Dihub
Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0351605

0635564 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Cucchiarini, A. - Dobrovolná, Michaela - Brázda, Václav - Mergny, Jean-Louis
Analysis of quadruplex propensity of aptamer sequences.
Nucleic Acids Research. Roč. 53, č. 9 (2025), č. článku gkaf424. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-21903S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: in-vitro selection * dna aptamers * selex * capture * bias
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 13.1, rok: 2024 ; AIS: 5.99, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nar/article/53/9/gkaf424/8133626?login=true
Brázda, Václav
- Mergny, Jean-Louis
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368199

0583204 - BFÚ 2025 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Dobrovodský, Daniel - Daňhel, Aleš - Renčiuk, Daniel - Mergny, Jean-Louis - Fojta, Miroslav
N-methyl mesoporphyrin IX (NMM) as electrochemical probe for detection of guanine quadruplexes.
Bioelectrochemistry. Roč. 156, April 2024 (2024), č. článku 108611. ISSN 1567-5394. E-ISSN 1878-562X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-11252S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: circular-dichroism * g-quartet * dna * metalloporphyrins * fluorescence * porphyrins
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.5, rok: 2024 ; AIS: 0.754, rok: 2024
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1567539423002487?via%3Dihub
Fojta, Miroslav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0351206

0560261 - BFÚ 2023 RIV CH eng J - Článek v odborném periodiku
Dobrovolná, Michaela - Bohalova, Natalia - Peška, Vratislav - Wang, J. - Luo, Y. - Bartas, M. - Volna, A. - Mergny, Jean-Louis - Brázda, Václav
The Newly Sequenced Genome of Pisum sativum Is Replete with Potential G-Quadruplex-Forming Sequences-Implications for Evolution and Biological Regulation.
International Journal of Molecular Sciences. Roč. 23, č. 15 (2022), č. článku 8482. ISSN 1661-6596. E-ISSN 1422-0067
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA22-21903S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: G-quadruplex * G4 propensity * chloroplast DNA * sequence prediction
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.6, rok: 2022 ; AIS: 1.03, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.mdpi.com/1422-0067/23/15/8482
Mergny, Jean-Louis
- Brázda, Václav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0340527

0584422 - BFÚ 2025 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Figueiredo, J. - Mergny, Jean-Louis - Cruz, C.
G-quadruplex ligands in cancer therapy: Progress, challenges, and clinical perspectives.
Life Sciences. Roč. 340, MAR 1 2024 (2024), č. článku 122481. ISSN 0024-3205. E-ISSN 1879-0631
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: telomeric g-quadruplex * structure-based design * growth in-vitro * quindoline derivatives * cell-proliferation * pancreatic-cancer * dna structures * inhibitor
Obor OECD: Pharmacology and pharmacy
Impakt faktor: 5.1, rok: 2024 ; AIS: 0.997, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0024320524000705?via%3Dihub
Mergny, Jean-Louis
- Cruz, C.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0353658

0563244 - BFÚ 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Figueiredo, J. - Carreira-Barral, I. - Quesada, R. - Mergny, Jean-Louis - Cruz, A.
Synthesis and evaluation of 2,9-disubstituted-1,10-phenanthroline derivatives as G-quadruplex binders.
Bioorganic & Medicinal Chemistry. Roč. 73, NOV 1 2022 (2022), č. článku 116971. ISSN 0968-0896. E-ISSN 1464-3391
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: G-quadruplex structures * derivatives * Biophysical evaluation * In vitro studies * 2 * 9-disubstituted-1 * 10-phenanthroline
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.5, rok: 2022 ; AIS: 0.555, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S0968089622003649?token=A4EAFEEB1A2D211C650C572D440F273643EE887CF8238E8B72F14E24D6A6E20A00CA5CE417490443521225405C2455A0&originRegion=eu-west-1&originCreation=20221108091428
Mergny, Jean-Louis
- Cruz, A.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0340610

0563710 - BFÚ 2023 RIV CN eng J - Článek v odborném periodiku
Chen, J. - Cheng, M. - Stadlbauer, Petr - Šponer, Jiří - Mergny, Jean-Louis - Ju, H. - Zhou, J.
Exploring Sequence Space to Design Controllable G-Quadruplex Topology Switches.
CCS Chemistry. Roč. 4, č. 9 (2022), s. 3036-3050. E-ISSN 2096-5745
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-23718S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: G-quadruplex * G-quadruplex topology * G-switch * sequence composition * structural versatility
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 11.2, rok: 2022 ; AIS: 2.69, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.chinesechemsoc.org/doi/10.31635/ccschem.021.202101357
Mergny, Jean-Louis
- Ju, H.
- Zhou, J.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0339366

0583721 - BFÚ 2024 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Luo, Y. - Granzhan, A. - Marquevielle, J. - Cucchiarini, A. - Lacroix, L. - Amrane, S. - Verga, D. - Mergny, Jean-Louis
Guidelines for G-quadruplexes: I. In vitro characterization.
Biochimie. Roč. 214, NOV 2023 (2023), s. 5-23. ISSN 0300-9084. E-ISSN 1638-6183
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: resonance energy-transfer * single-stranded-dna * rna g-quadruplexes * circular-dichroism * nucleic-acids * thioflavin t * fluorescent-probes
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 3.3, rok: 2023 ; AIS: 0.726, rok: 2023
Způsob publikování: Omezený přístup
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908422003443?via%3Dihub
Verga, D.
- Mergny, Jean-Louis
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0351718

0574950 - BFÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Qiu, D. - Cheng, M. - Stadlbauer, Petr - Chen, J. - Langer, M. - Zhang, X. - Gao, Q. - Ju, H. - Šponer, Jiří - Mergny, Jean-Louis - Monchaud, D. - Zhou, J.
Topology of DNA G-Quadruplexes Can Be Harnessed in Holliday Junction-Based DNA Suprastructures to Control and Optimize Their Biocatalytic Properties.
ACS Catalysis. Roč. 13, č. 16 (2023), s. 10722-10733. ISSN 2155-5435. E-ISSN 2155-5435
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA21-23718S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: G-quadruplex * DNAzyme * Holliday junction * molecular dynamics simulations * catalytic mechanism
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 11.7, rok: 2023 ; AIS: 2.948, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acscatal.3c02818
Stadlbauer, Petr
- Monchaud, D.
- Zhou, J.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0349523

0571533 - BFÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Školáková, Petra - Gajarský, M. - Palacký, Jan - Šubert, Denis - Renčiuk, Daniel - Trantírek, L. - Mergny, Jean-Louis - Vorlíčková, Michaela
DNA i-motif formation at neutral pH is driven by kinetic partitioning.
Nucleic Acids Research. Roč. 51, č. 6 (2023), s. 2950-2962. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA19-17063S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: G-QUADRUPLEX * THERMODYNAMICS * STABILITY * PROMOTER
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 16.7, rok: 2023 ; AIS: 5.863, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nar/article/51/6/2950/7076469?login=true
Vorlíčková, Michaela
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0349778

0585257 - BFÚ 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Viskova, P. - Istvankova, E. - Ryneš, J. - Dzatko, S. - Loja, T. - Zivkovic, M.L. - Rigo, R. - El-Khoury, R. - Serrano-Chacon, I. - Damha, Masad J. - González, C. - Mergny, Jean-Louis - Foldynová-Trantírková, Silvie - Trantírek, L.
In-cell NMR suggests that DNA i-motif levels are strongly depleted in living human cells.
Nature Communications. Roč. 15, č. 1 (2024), č. článku 1992. ISSN 2041-1723. E-ISSN 2041-1723
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: cytosine-rich strand * g-quadruplex * hnrnp ll * molecular switch * gene-expression * loop length * stability * sequences * domains * protein
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 15.7, rok: 2024 ; AIS: 5.611, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41467-024-46221-y
Foldynová-Trantírková, Silvie
- Trantírek, L.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0358006