Banáš Pavel

0551530 - BFÚ 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Asha, H. - Stadlbauer, Petr - Martinez-Fernandez, L. - Banáš, Pavel - Šponer, Jiří - Improta, R. - Esposito, L.
Early steps of oxidative damage in DNA quadruplexes are position-dependent: Quantum mechanical and molecular dynamics analysis of human telomeric sequence containing ionized guanine.
International Journal of Biological Macromolecules. Roč. 194, JAN 1 2022 (2022), s. 882-894. ISSN 0141-8130. E-ISSN 1879-0003
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-23718S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: monovalent ion parameters * radical-cation transport * one-electron oxidation * circular-dichroism * crystal-structure * laser photolysis * charge-transport
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 8.2, rok: 2022 ; AIS: 0.92, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813021025484?via%3Dihub
Šponer, Jiří
- Improta, R.
- Esposito, L.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0336909

0603626 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Janecek, M. - Kührová, Petra - Mlýnský, Vojtech - Stadlbauer, P. - Otyepka, M. - Bussi, G. - Šponer, Jiří - Banáš, Pavel
Computer Folding of Parallel DNA G-Quadruplex: Hitchhiker's Guide to the Conformational Space.
Journal of Computational Chemistry. Roč. 46, č. 1 (2025), č. článku e27535. ISSN 0192-8651. E-ISSN 1096-987X
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: telomeric g-quadruplex * single-molecule fret * amber force-field * g-triplex * g-hairpin * energy landscape * binding-proteins * nucleic-acids * dynamics
Obor OECD: Organic chemistry
Impakt faktor: 4.8, rok: 2024 ; AIS: 0.923, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/jcc.27535
Banáš, Pavel
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0365973

0644608 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mlýnský, Vojtech - Kührová, Petra - Pykal, M. - Krepl, Miroslav - Stadlbauer, Petr - Otyepka, M. - Banáš, Pavel - Šponer, Jiří
Can We Ever Develop an Ideal RNA Force Field? Lessons Learned from Simulations of the UUCG RNA Tetraloop and Other Systems.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 21, č. 8 (2025), s. 4183-4202. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05639S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * particle mesh ewald * protein interactions * ribosomal-subunit * crystal-structure * replica exchange * monovalent ions * base stacking * parameters * water
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.5, rok: 2024 ; AIS: 1.52, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.4c01357

Mlýnský, Vojtech Šponer, Jiří
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374453

0583260 - BFÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mlýnský, Vojtech - Kührová, Petra - Stadlbauer, Petr - Krepl, Miroslav - Otyepka, M. - Banáš, Pavel - Šponer, Jiří
Simple Adjustment of Intranucleotide Base-Phosphate Interaction in the OL3 AMBER Force Field Improves RNA Simulations.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 19, č. 22 (2023), s. 8423-8433. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05639S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * replica exchange * parameters * tetraloops * uucg * nmr * resolution
Obor OECD: Atomic, molecular and chemical physics (physics of atoms and molecules including collision, interaction with radiation, magnetic resonances, Mössbauer effect)
Impakt faktor: 5.7, rok: 2023 ; AIS: 1.425, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.3c00990

Mlýnský, Vojtech Banáš, Pavel
- Šponer, Jiří
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0351262

0557417 - BFÚ 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mlýnský, Vojtech - Janecek, M. - Kührová, Petra - Frohlking, T. - Otyepka, M. - Bussi, G. - Banáš, Pavel - Šponer, Jiří
Toward Convergence in Folding Simulations of RNA Tetraloops : Comparison of Enhanced Sampling Techniques and Effects of Force Field Modifications br.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 18, č. 4 (2022), s. 2642-2656. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA20-16554S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: free-energy landscape * molecular-dynamics * replica-exchange * tertiary interactions * parameters * hairpins
Obor OECD: Organic chemistry
Impakt faktor: 5.5, rok: 2022 ; AIS: 1.448, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.1c01222

Mlýnský, Vojtech Banáš, Pavel
- Šponer, Jiří
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0339585