Nápověda

Krepl Miroslav

Publikace ASEP

Označit vše / Zobrazit všechny roky / Zrušit označení

Označit vše / Zobrazit vše / Zrušit označení

Nalezeno záznamů: 20

0601725 - BFÚ 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Bussi, G. - Bonomi, M. - Gkeka, P. - Sattler, M. - Al-Hashimi, H. M. - Auffinger, P. - Duca, M. - Foricher, Y. - Incarnato, D. - Jones, A. N. - Kirmizialtin, S. - Krepl, Miroslav - Orozco, M. - Palermo, G. - Pasquali, S. - Salmon, L. - Schwalbe, H. - Westhof, E. - Zacharias, M.
RNA dynamics from experimental and computational approaches.
Structure. Roč. 32, č. 9 (2024), s. 1281-1287. ISSN 0969-2126. E-ISSN 1878-4186
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: simulations
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.3, rok: 2024 ; AIS: 1.974, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S096921262400282X?via%3Dihub

Bussi, G. Bonomi, M.
- Gkeka, P.
- Sattler, M.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0359039

0598827 - BFÚ 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Damberger, F.F. - Krepl, Miroslav - Arora, R. - Beusch, I. - Maris, C. - Dorn, G. - Šponer, Jiří - Ravindranathan, S. - Allain, F.H.T.
N-terminal domain of polypyrimidine-tract binding protein is a dynamic folding platform for adaptive RNA recognition.
Nucleic Acids Research. Roč. 52, č. 17 (2024), s. 10683-10704. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05639S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: chemical-shift anisotropy * rotating-frame relaxation * time-scale dynamics * nmr relaxation * backbone dynamics * spin relaxation * nucleic-acids
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 13.1, rok: 2024 ; AIS: 5.99, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nar/article/52/17/10683/7740593

Damberger, F.F. Ravindranathan, S.
- Allain, F.H.T.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0357950

0605521 - BFÚ 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Frohlking, T. - Mlýnský, Vojtech - Janeček, M. - Kührová, P. - Krepl, Miroslav - Banáš, P. - Šponer, Jiří - Bussi, G.
Automatic Learning of Hydrogen-Bond Fixes in the AMBER RNA Force Field.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 18, č. 7 (2022), s. 4490-4502. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-16554S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * enhanced sampling techniques * free-energy landscape * crystal-structure * replica exchange * nucleic-acids * parameters * resolution * tetraloop * motifs
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.5, rok: 2022 ; AIS: 1.448, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/epdf/10.1021/acs.jctc.2c00200?ref=article_openPDF
Bussi, G.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0363247

0597520 - BFÚ 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Knappeová, Barbora - Mlýnský, Vojtech - Pykal, M. - Šponer, Jiří - Banáš, P. - Otyepka, M. - Krepl, Miroslav
Comprehensive Assessment of Force-Field Performance in Molecular Dynamics Simulations of DNA/RNA Hybrid Duplexes.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 20, č. 15 (2024), s. 6917-6929. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05639S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: monovalent ion parameters * particle mesh ewald * rna-dna hybrid * crystal-structure * polypurine tract * rna/dna hybrid * water * conformation
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 5.5, rok: 2024 ; AIS: 1.52, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.4c00601
Krepl, Miroslav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0355641

0569826 - BFÚ 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Krepl, Miroslav - Pokorná, Pavlína - Mlýnský, Vojtech - Stadlbauer, Petr - Šponer, Jiří
Spontaneous binding of single-stranded RNAs to RRM proteins visualized by unbiased atomistic simulations with a rescaled RNA force field.
Nucleic Acids Research. Roč. 50, č. 21 (2022), s. 12480-12496. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-16554S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS * REPLICA EXCHANGE * RECOGNITION MOTIFS
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 14.9, rok: 2022 ; AIS: 5.391, rok: 2022
Způsob publikování: Omezený přístup
https://academic.oup.com/nar/article/50/21/12480/6858795?login=true
Krepl, Miroslav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0341159

0605575 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Lemmens, Toon - Šponer, Jiří - Krepl, Miroslav
How Binding Site Flexibility Promotes RNA Scanning by TbRGG2 RRM: A Molecular Dynamics Simulation Study.
Journal of Chemical Information and Modeling. Roč. 65, č. 2 (2025), s. 896-907. ISSN 1549-9596. E-ISSN 1549-960X
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA23-05639S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: pre-ribosomal-rna * recognition motifs * structural basis * cap analog * parameters * proteins * sequence * nmr
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.3, rok: 2024 ; AIS: 1.526, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.4c01954
Krepl, Miroslav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368169

0643799 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Lemmens, Toon - Mlýnský, Vojtech - Šponer, Jiří - Pykal, M. - Banáš, P. - Otyepka, M. - Krepl, Miroslav
The Kink-Turn 7 Motif: An Additional Test for RNA Force Field Performance.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 21, č. 24 (2025), s. 12796-12809. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * large ribosomal-subunit * tertiary interactions * crystal-structure * monovalent ions * parameters
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.5, rok: 2024 ; AIS: 1.52, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.5c00776
Krepl, Miroslav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374118

0601630 - BFÚ 2026 RIV NL eng J - Článek v odborném periodiku
Lomoschitz, A. - Meyer, J. - Guitart, T. - Krepl, Miroslav - Lapouge, K. - Hayn, C. - Schweimer, K. - Simon, B. - Šponer, Jiří - Gebauer, F. - Hennig, J.
The Drosophila RNA binding protein Hrp48 binds a specific RNA sequence of the msl-2 mRNA 3' UTR to regulate translation.
Biophysical Chemistry. Roč. 316, JAN 2025 (2025), č. článku 107346. ISSN 0301-4622. E-ISSN 1873-4200
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05639S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: sex-lethal * dosage compensation * crystal-structure * x-chromosome * acetyl transferase * recognition motifs * backbone dynamics * nmr-spectroscopy
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 2.2, rok: 2024 ; AIS: 0.548, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0301462224001753?via%3Dihub
Hennig, J.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0358963

0619092 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mcquail, J. - Krepl, Miroslav - Katsuya-Gaviria, K. - Tabib-Salazar, A. - Burchell, L. - Bischler, T. - Graefenhan, T. - Brear, P. - Šponer, Jiří - Luisi, B. - Wigneshweraraj, S.
Transcriptome-scale analysis uncovers conserved residues in the hydrophobic core of the bacterial RNA chaperone Hfq required for small regulatory RNA stability.
Nucleic Acids Research. Roč. 53, č. 3 (2025), č. článku gkaf019. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05639S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: interaction surfaces * molecular-dynamics * crystal-structure * coli hfq * binding * protein * refinement * parameters * complex
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 13.1, rok: 2024 ; AIS: 5.99, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nar/article/53/3/gkaf019/7983884?login=true
Luisi, B.
- Wigneshweraraj, S.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0365855

0644608 - BFÚ 2026 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mlýnský, Vojtech - Kührová, Petra - Pykal, M. - Krepl, Miroslav - Stadlbauer, Petr - Otyepka, M. - Banáš, Pavel - Šponer, Jiří
Can We Ever Develop an Ideal RNA Force Field? Lessons Learned from Simulations of the UUCG RNA Tetraloop and Other Systems.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 21, č. 8 (2025), s. 4183-4202. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05639S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * particle mesh ewald * protein interactions * ribosomal-subunit * crystal-structure * replica exchange * monovalent ions * base stacking * parameters * water
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.5, rok: 2024 ; AIS: 1.52, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.4c01357

Mlýnský, Vojtech Šponer, Jiří
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0374453

0583260 - BFÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Mlýnský, Vojtech - Kührová, Petra - Stadlbauer, Petr - Krepl, Miroslav - Otyepka, M. - Banáš, Pavel - Šponer, Jiří
Simple Adjustment of Intranucleotide Base-Phosphate Interaction in the OL3 AMBER Force Field Improves RNA Simulations.
Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 19, č. 22 (2023), s. 8423-8433. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05639S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * replica exchange * parameters * tetraloops * uucg * nmr * resolution
Obor OECD: Atomic, molecular and chemical physics (physics of atoms and molecules including collision, interaction with radiation, magnetic resonances, Mössbauer effect)
Impakt faktor: 5.7, rok: 2023 ; AIS: 1.425, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.3c00990

Mlýnský, Vojtech Banáš, Pavel
- Šponer, Jiří
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0351262

0598549 - BFÚ 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Piomponi, V. - Krepl, Miroslav - Šponer, Jiří - Bussi, G.
Molecular Simulations to Investigate the Impact of N6-Methylation in RNA Recognition: Improving Accuracy and Precision of Binding Free Energy Prediction.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 128, č. 37 (2024), s. 8896-8907. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05639S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: force-field parameters * yth domain * n6-methyladenosine rna * nucleic-acids * n-6-methyladenosine * complex * reader
Obor OECD: Physical chemistry
Impakt faktor: 2.9, rok: 2024 ; AIS: 0.663, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcb.4c03397

Piomponi, V. Bussi, G.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0357973

0569227 - BFÚ 2023 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Pokorná, Pavlína - Krepl, Miroslav - Campagne, S. - Šponer, Jiří
Conformational Heterogeneity of RNA Stem-Loop Hairpins Bound to FUS-RNA Recognition Motif with Disordered RGG Tail Revealed by Unbiased Molecular Dynamics Simulations.
Journal of Physical Chemistry B. Roč. 126, č. 45 (2022), s. 9207-9221. ISSN 1520-6106. E-ISSN 1520-5207
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA20-16554S; GA MŠMT EF15_003/0000477
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: FORCE-FIELD * NUCLEIC-ACIDS * AMBER * BACKBONE * BINDING
Obor OECD: Clinical neurology
Impakt faktor: 3.3, rok: 2022 ; AIS: 0.705, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcb.2c06168
Šponer, Jiří
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0340609

0636642 - BFÚ 2026 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Rout, S.K. - Wunnava, S. - Krepl, Miroslav - Cassone, G. - Šponer, Judit E. - Mast, C.B. - Powner, M.W. - Braun, D.
Amino acids catalyse RNA formation under ambient alkaline conditions.
Nature Communications. Roč. 16, č. 1 (2025), č. článku 5193. ISSN 2041-1723. E-ISSN 2041-1723
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA22-25057S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: prebiotic formation * adenosine * polymerization * pyrimidine * protein * origin * nucleobases * precursors
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 15.7, rok: 2024 ; AIS: 5.611, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41467-025-60359-3
Braun, D.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0368436

0558372 - BFÚ 2023 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Simmons, C. - MacCulloch, T. - Krepl, Miroslav - Matthies, M. - Buchberger, A. - Crawford, I. - Šponer, Jiří - Sulc, P. - Stephanopoulos, N. - Yan, H.
The influence of Holliday junction sequence and dynamics on DNA crystal self-assembly.
Nature Communications. Roč. 13, č. 1 (2022), č. článku 3112. ISSN 2041-1723. E-ISSN 2041-1723
Grant CEP: GA MŠMT EF15_003/0000477; GA ČR(CZ) GA21-23718S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: nucleic-acid junctions * force-field * immobile * model * crystallization * refinement * software
Obor OECD: Inorganic and nuclear chemistry
Impakt faktor: 16.6, rok: 2022 ; AIS: 5.767, rok: 2022
Způsob publikování: Open access
https://www.nature.com/articles/s41467-022-30779-6
Stephanopoulos, N.
- Yan, H.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0339549

0574511 - BFÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Stadlbauer, Petr - Mlýnský, Vojtech - Krepl, Miroslav - Šponer, Jiří
Complexity of Guanine Quadruplex Unfolding Pathways Revealed by Atomistic Pulling Simulations.
Journal of Chemical Information and Modeling. Roč. 63, č. 15 (2023), s. 4716-4731. ISSN 1549-9596. E-ISSN 1549-960X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-23718S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: TELOMERIC G-QUADRUPLEX * DNA G-QUADRUPLEXES * MOLECULAR-DYNAMICS
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.7, rok: 2023 ; AIS: 1.425, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.3c00171
Stadlbauer, Petr
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0350040

0574517 - BFÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Voegele, J. - Duchardt-Ferner, E. - Kruse, Holger - Zhang, Zhengyue - Šponer, Jiří - Krepl, Miroslav - Woehnert, J.
Structural and dynamic effects of pseudouridine modifications on noncanonical interactions in RNA.
RNA. Roč. 29, č. 6 (2023), s. 790-807. ISSN 1355-8382. E-ISSN 1469-9001
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05639S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: pseudouridine * RNA structure * U-turn * U base pair * nmr * MD simulations
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 4.2, rok: 2023 ; AIS: 2.26, rok: 2023
Způsob publikování: Omezený přístup
https://rnajournal.cshlp.org/content/29/6/790
Krepl, Miroslav
- Woehnert, J.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0350076

0587348 - BFÚ 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Voegele, J. - Duchardt-Ferner, E. - Bains, J. K. - Knezic, B. - Wacker, A. - Sich, C. - Weigand, J. E. - Šponer, Jiří - Schwalbe, H. - Krepl, Miroslav - Woehnert, J.
Structure of an internal loop motif with three consecutive U•U mismatches from stem-loop 1 in the 3′-UTR of the SARS-CoV-2 genomic RNA.
Nucleic Acids Research. Roč. 52, č. 11 (2024), s. 6687-6706. ISSN 0305-1048. E-ISSN 1362-4962
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA23-05639S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: 5s ribosomal-rna * triple-resonance experiments * metal-ion binding * force-field * nmr-spectroscopy * water suppression * crystal-structure
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 13.1, rok: 2024 ; AIS: 5.99, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://academic.oup.com/nar/article/52/11/6687/7680630?login=true
Krepl, Miroslav
- Woehnert, J.
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0355471

0572134 - BFÚ 2024 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Zhang, Zhengyue - Šponer, Jiří - Bussi, G. - Mlýnský, Vojtech - Sulc, P. - Simmons, Ch. R. - Stephanopoulos, N. - Krepl, Miroslav
Atomistic Picture of Opening-Closing Dynamics of DNA Holliday Junction Obtained by Molecular Simulations.
Journal of Chemical Information and Modeling. Roč. 63, č. 9 (2023), s. 2794-2809. ISSN 1549-9596. E-ISSN 1549-960X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-23718S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: FORCE-FIELD * BRANCH MIGRATION * NUCLEIC-ACIDS
Obor OECD: Inorganic and nuclear chemistry
Impakt faktor: 5.7, rok: 2023 ; AIS: 1.425, rok: 2023
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.3c00358
Krepl, Miroslav
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0349995

0586249 - BFÚ 2025 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Zhang, Zhengyue - Mlýnský, Vojtech - Krepl, Miroslav - Šponer, Jiří - Stadlbauer, Petr
Mechanical Stability and Unfolding Pathways of Parallel Tetrameric G-Quadruplexes Probed by Pulling Simulations.
Journal of Chemical Information and Modeling. Roč. 64, č. 9 (2024), s. 3896-3911. ISSN 1549-9596. E-ISSN 1549-960X
Grant CEP: GA ČR(CZ) GA21-23718S
Institucionální podpora: RVO:68081707
Klíčová slova: molecular-dynamics simulations * telomeric g-quadruplex * monovalent ion parameters * particle mesh ewald * c-myc promoter * crystal-structure * force spectroscopy
Obor OECD: Biochemistry and molecular biology
Impakt faktor: 5.3, rok: 2024 ; AIS: 1.526, rok: 2024
Způsob publikování: Open access
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.4c00227
Stadlbauer, Petr
Trvalý odkaz: https://hdl.handle.net/11104/0355225